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万見
- PDB-9syu: shutdown state non-muscle myosin 2A heads region -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9syu
タイトルshutdown state non-muscle myosin 2A heads region
要素
  • (Isoform 1 of ...) x 2
  • Myosin regulatory light polypeptide 9
キーワードMOTOR PROTEIN / Myosin / coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


Ephrin signaling / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of actin filament severing / uropod organization / regulation of plasma membrane repair / establishment of meiotic spindle localization / cytokinetic process / myosin II filament / cortical granule exocytosis / establishment of T cell polarity ...Ephrin signaling / Smooth Muscle Contraction / negative regulation of actin filament severing / uropod organization / regulation of plasma membrane repair / establishment of meiotic spindle localization / cytokinetic process / myosin II filament / cortical granule exocytosis / establishment of T cell polarity / myofibril assembly / cortical granule / blood vessel endothelial cell migration / actomyosin contractile ring / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / uropod / regulated exocytosis / myosin II binding / actin filament-based movement / muscle myosin complex / meiotic spindle organization / lysosome localization / plasma membrane repair / actomyosin / myosin filament / myoblast fusion / RHO GTPases activate CIT / RHO GTPases Activate ROCKs / actomyosin structure organization / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / myosin II complex / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / structural constituent of muscle / platelet formation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / leukocyte migration / phagocytosis, engulfment / EPHA-mediated growth cone collapse / myosin heavy chain binding / microfilament motor activity / endodermal cell differentiation / cell leading edge / RHO GTPases activate PAKs / cleavage furrow / brush border / membrane protein ectodomain proteolysis / cytoskeletal motor activity / monocyte differentiation / immunological synapse / RHO GTPases activate PKNs / stress fiber / protein-membrane adaptor activity / ruffle / integrin-mediated signaling pathway / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / FCGR3A-mediated phagocytosis / adherens junction / neuromuscular junction / ADP binding / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / platelet aggregation / spindle / cytoplasmic side of plasma membrane / integrin binding / actin filament binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / protein transport / regulation of cell shape / actin cytoskeleton / actin binding / virus receptor activity / actin cytoskeleton organization / cell cortex / angiogenesis / in utero embryonic development / calmodulin binding / nuclear body / cadherin binding / protein domain specific binding / focal adhesion / calcium ion binding / symbiont entry into host cell / magnesium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain / : / RGS domain superfamily / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. ...DJBP, EF-hand domain / EF-hand domain / : / RGS domain superfamily / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Myosin light polypeptide 6 / Myosin-9 / Myosin regulatory light polypeptide 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Peckham, M. / Carrington, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustRGIMCB124415 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of shutdown non-muscle myosin 2A
著者: Casas-Mao, D. / Carrington, G. / Peckham, M.
履歴
登録2025年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 1 of Myosin-9
B: Isoform 1 of Myosin-9
C: Isoform 1 of Myosin light polypeptide 6
D: Isoform 1 of Myosin light polypeptide 6
E: Myosin regulatory light polypeptide 9
F: Myosin regulatory light polypeptide 9
G: Isoform 1 of Myosin-9
H: Isoform 1 of Myosin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)982,48616
ポリマ－981,3448
非ポリマー1,1428
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Isoform 1 of ... , 2種, 6分子 ABGHCD

#1: タンパク質
Isoform 1 of Myosin-9 / Cellular myosin heavy chain / type A / Myosin heavy chain 9 / Myosin heavy chain / non-muscle IIa / ...Cellular myosin heavy chain / type A / Myosin heavy chain 9 / Myosin heavy chain / non-muscle IIa / Non-muscle myosin heavy chain A / NMMHC-A / Non-muscle myosin heavy chain IIa / NMMHC II-a / NMMHC-IIA


分子量: 226888.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYH9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35579
#2: タンパク質 Isoform 1 of Myosin light polypeptide 6 / G2 catalytic / LC17-GI / LC17-NM / Myosin light chain alkali smooth-muscle/non-muscle isoforms


分子量: 17004.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MYL6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P02607

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タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Myosin regulatory light polypeptide 9 / Myosin regulatory light chain 2 / smooth muscle isoform / Myosin regulatory light chain 9


分子量: 19890.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: MYL9, MYRL2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5E9E2

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非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NM2A complex with essential and regulatory light chains in the shutdown state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.527 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.2
詳細: 140 mM KCl, 10 mM MOPS pH 7.2, 0.1 mM EGTA, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP. 1 mM Bissulfosuccinimidyl suberate
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.42 sec. / 電子線照射量: 36.94 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 27549

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4.7.0粒子像選択
2EPU3.3画像取得
4cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 186265 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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