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- PDB-9syr: Human quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9syr
タイトルHuman quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatD
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 23
  • (60S ribosomal protein ...) x 36
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 5
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 6
  • (Ubiquitin-like ...) x 2
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • Green fluorescent protein,Small ubiquitin-related modifier 1,Green fluorescent protein,Small ubiquitin-related modifier 1,Histone H4,X-box-binding protein 1,X-box-binding protein 1
  • Isoform 2 of Transcription factor BTF3
  • Isoform 3 of Small ribosomal subunit protein eS24
  • Methionine aminopeptidase 1
  • Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / translation / NAC / N-terminal acetyltransferase / NatD / MetAP1
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal L-serine Nalpha-acetyltransferase NatD / histone H2A acetyltransferase activity / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle fiber development / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / cardiac ventricle development ...N-terminal L-serine Nalpha-acetyltransferase NatD / histone H2A acetyltransferase activity / negative regulation of striated muscle cell apoptotic process / regulation of skeletal muscle fiber development / protein N-terminal-serine acetyltransferase activity / positive regulation of cell proliferation involved in heart morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / negative regulation of protein localization to endoplasmic reticulum / nascent polypeptide-associated complex / cardiac ventricle development / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / SUMOylation of transcription cofactors / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / histone H4 acetyltransferase activity / SUMOylation of DNA replication proteins / heart trabecula morphogenesis / metalloexopeptidase activity / skeletal muscle tissue regeneration / embryonic brain development / SUMOylation of SUMOylation proteins / translation at presynapse / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / exit from mitosis / optic nerve development / regulation of translation involved in cellular response to UV / SUMOylation of RNA binding proteins / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / axial mesoderm development / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / ribosomal protein import into nucleus / regulation of G1 to G0 transition / retinal ganglion cell axon guidance / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of gastrulation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein tyrosine kinase inhibitor activity / 90S preribosome assembly / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / nucleolus organization / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / alpha-beta T cell differentiation / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / GAIT complex / negative regulation of RNA splicing / TORC2 complex binding / neural crest cell differentiation / supercoiled DNA binding / NF-kappaB complex / negative regulation of DNA repair / G1 to G0 transition / muscle organ development / cytoplasmic translational initiation / oxidized purine DNA binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / middle ear morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / rRNA modification in the nucleus and cytosol / negative regulation of bicellular tight junction assembly / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / metalloaminopeptidase activity / ion channel inhibitor activity / laminin receptor activity / protein kinase A binding / homeostatic process / pigmentation / Ribosomal scanning and start codon recognition / positive regulation of mitochondrial depolarization / Translation initiation complex formation / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of natural killer cell proliferation / fibroblast growth factor binding / monocyte chemotaxis / BH3 domain binding / Protein hydroxylation
類似検索 - 分子機能
N-alpha-acetyltransferase 40 / : / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Zinc finger C6H2-type profile. / Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain ...N-alpha-acetyltransferase 40 / : / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like, UBA domain / HYPK UBA domain / MYND-like zinc finger / zf-MYND-like zinc finger, mRNA-binding / Zinc finger C6H2-type profile. / Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex NAC domain / NAC A/B domain superfamily / NAC domain / NAC A/B domain profile. / NAC / Methionine aminopeptidase subfamily 1 signature. / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 1 / Basic region leucine zipper / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Acetyltransferase (GNAT) family / 40S ribosomal protein SA / Ribosomal protein L6, N-terminal / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / : / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / GNAT domain / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / : / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / X-box-binding protein 1 / 40S ribosomal protein S15 ...COENZYME A / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / X-box-binding protein 1 / 40S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Transcription factor BTF3 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Green fluorescent protein / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Methionine aminopeptidase 1 / Small ubiquitin-related modifier 1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ubiquitin-related modifier / Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / N-alpha-acetyltransferase 40 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Yudin, D. / Jaskolowski, M. / Scaiola, A. / Ban, N.
資金援助European Union, スイス, ドイツ, 米国, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)101072047European Union
Swiss National Science Foundation310030_212308 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40-205601 スイス
German Research Foundation (DFG)537004599 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136321 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Mechanism of cotranslational modification of histones H2A and H4 by MetAP1 and NatD.
著者: Denis Yudin / Mateusz Jaskolowski / Ziyi Fan / Nicolas Burg / Sowmya Chandrasekar / Alfred M Lentzsch / Alain Scaiola / Adrian Bothe / Elke Deuerling / Martin Gamerdinger / Shu-Ou Shan / Nenad Ban /
要旨: The replication-dependent histones H2A and H4 are among the most highly expressed proteins in eukaryotes during the S phase to ensure packaging of replicated chromosomes. Nearly all newly synthesized ...The replication-dependent histones H2A and H4 are among the most highly expressed proteins in eukaryotes during the S phase to ensure packaging of replicated chromosomes. Nearly all newly synthesized H2A and H4 are N-terminally acetylated by N-terminal acetyltransferase D (NatD) following excision of the initiator methionine by methionine aminopeptidases (MetAPs). These modifications influence chromatin function, but how they occur cotranslationally on these exceptionally abundant and small proteins was not understood. Here, we show that the nascent polypeptide-associated complex controls the cotranslational modification of histones H2A and H4 by recruiting NatD and the upstream enzyme MetAP1 to ribosomes. MetAP1 and NatD cooperate on the ribosome to create a confined environment for the efficient sequential modification of the nascent histone chain. Our work provides a mechanistic model for the early steps of histone maturation.
履歴
登録2025年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年12月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月31日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_admin
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp_atom.atom_id ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22026年1月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.22026年1月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L1: 28S rRNA
Lc: 60S ribosomal protein L4
Ld: 60S ribosomal protein L5
Le: Large ribosomal subunit protein eL6
Lf: Large ribosomal subunit protein uL13
Lg: 60S ribosomal protein L17
Lh: 60S ribosomal protein L18
Li: 60S ribosomal protein L19
Lj: 60S ribosomal protein L18a
Lk: 60S ribosomal protein L21
Ll: 60S ribosomal protein L22
Lm: 60S ribosomal protein L23
Ln: 60S ribosomal protein L24
Lo: 60S ribosomal protein L23a
Lp: 60S ribosomal protein L26
Lq: 60S ribosomal protein L27
Lr: 60S ribosomal protein L27a
Ls: 60S ribosomal protein L29
Lt: 60S ribosomal protein L30
Lu: 60S ribosomal protein L31
Lv: 60S ribosomal protein L32
Lw: 60S ribosomal protein L35a
Lx: 60S ribosomal protein L34
Ly: 60S ribosomal protein L35
Lz: 60S ribosomal protein L36
Na: Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha
Nb: Isoform 2 of Transcription factor BTF3
Nd: Ubiquitin-like protein SMT3,N-alpha-acetyltransferase 40
Nm: Methionine aminopeptidase 1
S1: 18S rRNA
S2: mRNA
S3: tRNA
SA: 40S ribosomal protein S8
SB: 40S ribosomal protein S9
SC: 40S ribosomal protein S5
SD: 40S ribosomal protein S11
SE: 40S ribosomal protein S10
SF: 40S ribosomal protein S13
SG: 40S ribosomal protein S14
SH: 40S ribosomal protein S12
Sa: 40S ribosomal protein S15
Sb: 40S ribosomal protein S17
Sc: 40S ribosomal protein S16
Sd: Small ribosomal subunit protein uS13
Se: Small ribosomal subunit protein eS21
Sf: 40S ribosomal protein S15a
Sg: Small ribosomal subunit protein uS12
L2: 5S rRNA
Sh: Isoform 3 of Small ribosomal subunit protein eS24
Si: Small ribosomal subunit protein eS19
Sj: 40S ribosomal protein S26
Sk: 40S ribosomal protein S27
Sl: 40S ribosomal protein S20
Sm: 40S ribosomal protein S25
Sn: Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein
So: 40S ribosomal protein S28
Sp: 40S ribosomal protein S29
Sq: 60S ribosomal protein L41
Sr: Ubiquitin
Ss: Receptor of activated protein C kinase 1
St: Small ribosomal subunit protein uS2
Su: 40S ribosomal protein S3a
Sv: 40S ribosomal protein S2
Sw: Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform
Sx: 40S ribosomal protein S3
Sy: 40S ribosomal protein S6
Sz: 40S ribosomal protein S7
L3: 5.8S rRNA
LA: Large ribosomal subunit protein eL37
LB: 60S ribosomal protein L38
LC: 60S ribosomal protein L39
LD: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
LE: 60S ribosomal protein L36a
LF: 60S ribosomal protein L37a
LG: 60S ribosomal protein L28
LH: 60S ribosomal protein L15
LI: Large ribosomal subunit protein uL30
LJ: 60S ribosomal protein L7a
LK: 60S ribosomal protein L9
LM: 60S ribosomal protein L10
LN: Green fluorescent protein,Small ubiquitin-related modifier 1,Green fluorescent protein,Small ubiquitin-related modifier 1,Histone H4,X-box-binding protein 1,X-box-binding protein 1
LO: 60S ribosomal protein L11
LP: Large ribosomal subunit protein eL13
LQ: 60S ribosomal protein L14
La: 60S ribosomal protein L8
Lb: 60S ribosomal protein L3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,575,49898
ポリマ－4,573,55386
非ポリマー1,94512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 L1S1S2S3L2L3

#1: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1641159.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#30: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 603609.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#31: RNA鎖 mRNA


分子量: 588968.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#32: RNA鎖 tRNA


分子量: 24452.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#48: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 23898
#68: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50463.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 555853

+
60S ribosomal protein ... , 36種, 36分子 LcLdLgLhLiLjLkLlLmLnLoLpLqLrLsLtLuLvLwLxLyLzSqLBLCLELFLGLHLJ...

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83731
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#58: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 ...60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#79: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#80: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein ...Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein L10 / Tumor suppressor QM


分子量: 24630.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27635
#82: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#84: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#85: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#86: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023

-
Large ribosomal subunit protein ... , 5種, 5分子 LeLfLALILP

#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6 / 60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding ...60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 23 kDa highly basic protein / 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23202.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#69: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37 / 60S ribosomal protein L37 / G1.16


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#77: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 60S ribosomal protein L7


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#83: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13 / 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373

-
タンパク質 , 8種, 8分子 NaNbNmShSrSsLDLN

#26: タンパク質 Nascent polypeptide-associated complex subunit alpha / NAC-alpha / Alpha-NAC


分子量: 25857.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NACA, HSD48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13765
#27: タンパク質 Isoform 2 of Transcription factor BTF3 / Nascent polypeptide-associated complex subunit beta / NAC-beta / RNA polymerase B transcription factor 3


分子量: 17724.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTF3, NACB, OK/SW-cl.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20290
#29: タンパク質 Methionine aminopeptidase 1 / MAP 1 / MetAP 1 / Peptidase M 1


分子量: 43274.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP1, KIAA0094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53582, methionyl aminopeptidase
#49: タンパク質 Isoform 3 of Small ribosomal subunit protein eS24 / 40S ribosomal protein S24


分子量: 15237.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#59: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#60: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#72: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 11470.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#81: タンパク質 Green fluorescent protein,Small ubiquitin-related modifier 1,Green fluorescent protein,Small ubiquitin-related modifier 1,Histone H4,X-box-binding protein 1,X-box-binding protein 1 / OsSUMO1 / Ubiquitin-like protein SMT3


分子量: 45314.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: GFP, SUMO1, SMT3, SUM1, Os01g0918300, LOC_Os01g68950, OsJ_04555, P0413C03.34-1, P0678F11.1-1, XBP1
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: P55857, UniProt: B1AHH2

-
Ubiquitin-like ... , 2種, 2分子 NdSn

#28: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,N-alpha-acetyltransferase 40 / N-acetyltransferase 11 / N-alpha-acetyltransferase D / NatD / hNatD / Protein acetyltransferase 1


分子量: 41585.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, NAA40, NAT11, PATT1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q12306, UniProt: Q86UY6, N-terminal L-serine Nalpha-acetyltransferase NatD
#55: タンパク質 Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / FAU ubiquitin like and ribosomal protein S30 fusion


分子量: 14415.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861

+
40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 SASBSCSDSESFSGSHSaSbScSfSjSkSlSmSoSpSuSvSxSySz

#33: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17759.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K7ELC2
#42: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#67: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081

-
Small ribosomal subunit protein ... , 6種, 6分子 SdSeSgSiStSw

#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3


分子量: 17654.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#45: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9150.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#47: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12 / 40S ribosomal protein S23


分子量: 15860.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266
#50: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 16104.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#61: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 40S ribosomal protein SA / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4


分子量: 32778.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#64: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / 40S ribosomal protein S4 / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#87: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#88: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#89: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatDRIBOSOME#1-#860RECOMBINANT
260S subunitCOMPLEX#1-#25, #48, #68-#80, #82-#861RECOMBINANT
340S subunitCOMPLEX#33-#47, #49-#671RECOMBINANT
4mRNACOMPLEX#311RECOMBINANT
5tRNACOMPLEX#321RECOMBINANT
6nascent chainCOMPLEX#811RECOMBINANT
7NACCOMPLEX#26-#271RECOMBINANT
8MetAP1COMPLEX#291RECOMBINANT
9NatDCOMPLEX#281RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
44
51NO
66
77
88
99
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
43Homo sapiens (ヒト)9606
54Homo sapiens (ヒト)9606
65Homo sapiens (ヒト)9606
76Homo sapiens (ヒト)9606
87Homo sapiens (ヒト)9606
98Homo sapiens (ヒト)9606
109Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562
43Escherichia coli (大腸菌)562
54Escherichia coli (大腸菌)562
65Escherichia coli (大腸菌)562
76Escherichia coli (大腸菌)562
87Escherichia coli (大腸菌)562
98Escherichia coli (大腸菌)562
109Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
5cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11206 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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