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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9swj | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Succinate / Complex / ATP / ADP / Coenzyme A | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() succinyl-CoA pathway / succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA metabolic process ...succinyl-CoA pathway / succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) / succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity / succinate-CoA ligase complex (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase complex / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / succinyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA metabolic process / succinate metabolic process / Citric acid cycle (TCA cycle) / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial matrix / nucleotide binding / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Bailey, H.J. / McCorvie, T.J. / Shrestha, L. / Rembeza, E. / Strain-Damerell, C. / Burgess-Brown, N. / Yue, W.W. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human ADP-forming succinyl-CoA ligase complex SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A 著者: Bailey, H.J. / McCorvie, T.J. / Yue, W.W. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 484.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 402 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 95.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 137.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 55309MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32161.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P53597, succinate-CoA ligase (GDP-forming), succinate-CoA ligase (ADP-forming) #2: タンパク質 | 分子量: 47757.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-COA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Tetramer of heterodimers of SUCLG1-SUCLA2 bound to coenzyme A タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.313 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 52.56 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4100 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 320000 | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44786 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Initially flexible fitting used the Namdinator server | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6G4Q Accession code: 6G4Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.7 Å / 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS) |