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- PDB-9r4i: An auto inhibitory loop in the MiDAC histone deacetylase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9r4i
タイトルAn auto inhibitory loop in the MiDAC histone deacetylase complex
要素
  • Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 1
  • Histone deacetylase 1
  • Mitotic deacetylase-associated SANT domain protein
キーワードGENE REGULATION / HDAC1 DNTTIP1 MIDEAS histone deacetylase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / NuRD complex ...Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / Krueppel-associated box domain binding / Repression of WNT target genes / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / protein lysine delactylase activity / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / epidermal cell differentiation / histone decrotonylase activity / fungiform papilla formation / NuRD complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell population maintenance / endoderm development / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / histone deacetylase / regulation of stem cell differentiation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / histone deacetylase activity / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / embryonic digit morphogenesis / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Notch-HLH transcription pathway / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression, epigenetic / G1/S-Specific Transcription / odontogenesis of dentin-containing tooth / Sin3-type complex / eyelid development in camera-type eye / histone deacetylase complex / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / E-box binding / oligodendrocyte differentiation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / G0 and Early G1 / host-mediated suppression of viral transcription / Regulation of MECP2 expression and activity / hair follicle placode formation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / NF-kappaB binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / nucleosome binding / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / heterochromatin / transcription repressor complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cell migration / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / hippocampus development / circadian regulation of gene expression / HDACs deacetylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / promoter-specific chromatin binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / histone deacetylase binding / neuron differentiation / p53 binding / transcription corepressor activity / heterochromatin formation / chromosome / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Terminal deoxynucleotidyltransferase-interacting factor 1 / DNTTIP1, dimerisation domain / : / DNTTIP1 dimerisation domain / TdIF1, C-terminal / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 ...Terminal deoxynucleotidyltransferase-interacting factor 1 / DNTTIP1, dimerisation domain / : / DNTTIP1 dimerisation domain / TdIF1, C-terminal / : / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone deacetylase / SANT domain profile. / SANT domain / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / : / Histone deacetylase 1 / Mitotic deacetylase-associated SANT domain protein / Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Fairall, L. / Schwabe, J.W.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust222493/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A de novo missense variant in MIDEAS results in increased deacetylase activity of the MiDAC HDAC complex causing a neurodevelopmental syndrome.
著者: Louise Fairall / Kristupas Sirvydis / Robert E Turnbull / Suzan Jg Knottnerus / Oksana Gonchar / Frederick W Muskett / Rebekah Jukes-Jones / Lonneke van Brussel / Ellen van de Geer / Koen van ...著者: Louise Fairall / Kristupas Sirvydis / Robert E Turnbull / Suzan Jg Knottnerus / Oksana Gonchar / Frederick W Muskett / Rebekah Jukes-Jones / Lonneke van Brussel / Ellen van de Geer / Koen van Gassen / Paul Badenhorst / Diana Johnson / Paulien A Terhal / Peter M van Hasselt / Richard H van Jaarsveld / John Wr Schwabe /
要旨: MIDEAS is a scaffold protein that, together with DNTTIP1, mediates assembly of the MiDAC histone deacetylase complex. Mice lacking MiDAC die before birth suggesting a key developmental function. ...MIDEAS is a scaffold protein that, together with DNTTIP1, mediates assembly of the MiDAC histone deacetylase complex. Mice lacking MiDAC die before birth suggesting a key developmental function. Here, we report two unrelated individuals, with a multisystem disorder characterised by delayed speech development, joint contractures, dysmorphic features and dysmotility of the gut. Both individuals have the same de novo heterozygous missense variant in MIDEAS (p.Tyr654Ser). A cryoEM structure of the MiDAC complex reveals that this amino acid is located in a conserved auto-inhibitory loop that covers the active site of the deacetylase enzyme. We suggest that the variant results in loop displacement leading to elevated deacetylase activity. In support, we observe reciprocal gene expression changes in patient fibroblasts compared with a cell line following rapid MiDAC degradation. Our results establish MIDEAS as a dominant monogenic disease gene and that hyperactivity of the MiDAC complex results in a characteristic multisystem disorder.
履歴
登録2025年5月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 1
B: Mitotic deacetylase-associated SANT domain protein
C: Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 1
D: Histone deacetylase 1
E: Mitotic deacetylase-associated SANT domain protein
F: Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,65114
ポリマ－243,0446
非ポリマー1,6078
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Histone deacetylase 1 / HD1


分子量: 55178.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC1, RPD3L1 / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13547, histone deacetylase
#2: タンパク質 Mitotic deacetylase-associated SANT domain protein / ELM2 and SANT domain-containing protein 1


分子量: 29268.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIDEAS, C14orf117, C14orf43, ELMSAN1 / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6PJG2
#3: タンパク質 Deoxynucleotidyltransferase terminal-interacting protein 1 / Terminal deoxynucleotidyltransferase-interacting factor 1 / TdIF1 / TdT-interacting factor 1


分子量: 37074.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNTTIP1, C20orf167, TDIF1 / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H147

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非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimeric complex of HDAC1:MIDEAS:DNTTIP1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.225 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F / プラスミド: pcDNA3
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES, 25 mM KCl, 1 micromolar Inositol Hexaphosphate
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESC8H18N2O4S1
225 mMPotassium ChlorideKCl1
31 micromolarInositol HexaphosphateC6H18O24P61
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Crosslinked with 0.1% formaldehyde and 0.0625% glutaraldehyde
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 46.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10709
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9PHENIX1.21.1_5286モデル精密化
11cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4.1分類
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3618574
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305895 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100.7 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: Initial model was built using Modelangelo and compared with PDB entry 6Z2J
原子モデル構築PDB-ID: 6Z2J

6z2j


Accession code: 6Z2J / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.92 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310722
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47514506
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.5581499
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371532
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041865

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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