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- PDB-9ql1: Cryo-EM structure of the CDK11B-cyclin L2-SAP30BP bound to OTS964... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ql1
タイトルCryo-EM structure of the CDK11B-cyclin L2-SAP30BP bound to OTS964 (conformation 2)
要素
  • Cyclin-L2
  • Cyclin-dependent kinase 11B
  • SAP30-binding protein
キーワードSPLICING / kinase / cyclin-dependent kinase / inhibitor / transcription / molecular complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of mRNA processing / regulation of centrosome cycle / intermediate filament cytoskeleton / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of RNA splicing / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex ...mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of mRNA processing / regulation of centrosome cycle / intermediate filament cytoskeleton / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of RNA splicing / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / regulation of cell growth / NoRC negatively regulates rRNA expression / response to virus / mitotic cell cycle / regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAP30-binding protein / HCNGP-like protein / Cyclin-dependent kinase 11/PITSLRE, catalytic domain / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like ...SAP30-binding protein / HCNGP-like protein / Cyclin-dependent kinase 11/PITSLRE, catalytic domain / Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
OTS964 / Cyclin-dependent kinase 11B / Cyclin-L2 / SAP30-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者McGeoch, A.J.S. / Cushing, V.I. / Cronin, N.B. / Alfieri, C. / Greber, B.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V009354/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures of the CDK11-cyclin L-SAP30BP complex reveal mechanisms of CDK11 regulation
著者: McGeoch, A.J.S. / Cushing, V.I. / Roumeliotis, T.I. / Cronin, N.B. / Alfieri, C. / Greber, B.J. / Choudhary, J.
履歴
登録2025年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAP30-binding protein
C: Cyclin-L2
B: Cyclin-dependent kinase 11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,3204
ポリマ－119,9283
非ポリマー3931
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 SAP30-binding protein / Transcriptional regulator protein HCNGP


分子量: 34186.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAP30BP, HCNGP, HTRG, HTRP / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UHR5
#2: タンパク質 Cyclin-L2 / Paneth cell-enhanced expression protein


分子量: 35690.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNL2, SB138 / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96S94
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 11B / Cell division cycle 2-like protein kinase 1 / CLK-1 / Cell division protein kinase 11B / ...Cell division cycle 2-like protein kinase 1 / CLK-1 / Cell division protein kinase 11B / Galactosyltransferase-associated protein kinase p58/GTA / PITSLRE serine/threonine-protein kinase CDC2L1 / p58 CLK-1


分子量: 50050.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK11B, CDC2L1, CDK11, PITSLREA, PK58 / 細胞株 (発現宿主): High5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P21127, cyclin-dependent kinase
#4: 化合物 ChemComp-NK3 / OTS964


分子量: 392.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CDK11B-cyclin L2-SAP30BP-OTS964 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.12 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
140 mMHEPES-KOH1
22 mMMagnesium chlorideMgCl21
3200 mMPotassium chlorideKCl1
45 mMbeta-mercaptoethanol1
50.025 mMOTS9641
60.2 mM21-mer cryo-peptide1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 13829
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
5RELION5.0-betaCTF補正
8Chimモデルフィッティング
10RELION5.0-beta初期オイラー角割当
11RELION5.0-beta最終オイラー角割当
12RELION5.0-beta分類
13RELION5.0-beta３次元再構成
14PHENIX1.21rc1_4985モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 286108 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 9QKZ

9qkz


Accession code: 9QKZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.4 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0025698
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4857696
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.641752
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038836
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004977

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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