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万見
- PDB-9pln: Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9pln
タイトルLocally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905)
要素Alpha-2A adrenergic receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Receptor / Drug / Complex / GPCR / G-protein / scFv16
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion ...negative regulation of uterine smooth muscle contraction / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion / heterotrimeric G-protein binding / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Surfactant metabolism / positive regulation of potassium ion transport / dopaminergic synapse / thermoception / fear response / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / norepinephrine binding / Adrenoceptors / intestinal absorption / response to alcohol / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to morphine / positive regulation of wound healing / adrenergic receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion transport / regulation of vasoconstriction / negative regulation of lipid catabolic process / Rho protein signal transduction / cellular response to hormone stimulus / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / presynaptic active zone membrane / axon terminus / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cytokine production / female pregnancy / negative regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / postsynaptic density membrane / GABA-ergic synapse / platelet activation / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / glucose homeostasis / actin cytoskeleton organization / G alpha (i) signalling events / basolateral plasma membrane / Ras protein signal transduction / DNA replication / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / glutamatergic synapse / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alpha-2A adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Srinivasan, K. / Xu, X. / Mailhot, O. / Manglik, A. / Shoichet, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toward a Random Background for Ligand Optimization
著者: Xu, X. / Mailhot, O. / Correy, G. / Huang, X.P. / Braz, J. / Shi, D. / Srinivasan, K. / Holota, Y. / Kuziv, Y. / Tsoutsouvas, C. / Levinzon, N. / Doruk, Y.U. / Rachman, M. / Diolaiti, M. / ...著者: Xu, X. / Mailhot, O. / Correy, G. / Huang, X.P. / Braz, J. / Shi, D. / Srinivasan, K. / Holota, Y. / Kuziv, Y. / Tsoutsouvas, C. / Levinzon, N. / Doruk, Y.U. / Rachman, M. / Diolaiti, M. / Stevens, M. / Liu, F. / Hubner, H. / Wang, J. / Wu, Y. / Ashworth, A. / Makriyannis, A. / Zhang, Y. / Moroz, Y. / Gmeiner, P. / Abel, R. / Manglik, A. / Basbaum, A. / Roth, B. / Fraser, J. / Shoichet, B.
履歴
登録2025年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Alpha-2A adrenergic receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8782
ポリマ－53,6441
非ポリマー2341
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Alpha-2A adrenergic receptor / Alpha-2 adrenergic receptor subtype C10 / Alpha-2A adrenoreceptor / Alpha-2A adrenoceptor / Alpha-2AAR


分子量: 53643.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADRA2A, ADRA2R, ADRAR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08913
#2: 化合物 ChemComp-A1CIU / N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine


分子量: 234.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: CHS was solubilized in LMNG and GDN prior to diluting into buffers.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
30.0075 % w/vLauryl Maltose Neopentyl GlycolC47H88O221
40.0025 % w/vGlyco-diosgeninC56H92O251
50.001 % w/vCholesteryl hemisuccinateC31H50O41
60.01 mMN-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amineC16H14N21
試料濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA current / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 0.596 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10305

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIX1.21.2_5419:モデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6609807
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 323827 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 110.6 / プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 7EJ8

7ej8


Accession code: 7EJ8 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.8 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038833
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55711963
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1721195
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391353
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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