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- PDB-9oa2: Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9oa2
タイトルEcoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:6 stoichiometry ratio.
要素
  • Helicase loader
  • Replicative DNA helicase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Hexameric DnaB helicase / Phage Lambda P helicase loader / bacterial DNA replication initiation intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / DNA helicase complex / primosome complex / DNA 5'-3' helicase / bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA replication, synthesis of primer ...DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / DNA helicase complex / primosome complex / DNA 5'-3' helicase / bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA replication, synthesis of primer / replisome / response to ionizing radiation / replication fork processing / DNA replication initiation / DNA helicase activity / helicase activity / 5'-3' DNA helicase activity / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication P / Replication protein P / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. ...Replication P / Replication protein P / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Helicase loader / Replicative DNA helicase DnaB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia phage Lambda (λファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Shatarupa, A. / Brown, D. / Olinares, P.D.B. / Chase, J. / Isiorho, E. / Chait, B.T. / Jeruzalmi, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1818255 米国
引用
ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Distinct Quaternary States, Intermediates, and Autoinhibition During Loading of the DnaB-Replicative Helicase by the Phage λP Helicase Loader.
著者: Abhipsa Shatarupa / Dhanjai Brown / Paul Dominic B Olinares / Jillian Chase / Eta Isiorho / Brian T Chait / David Jeruzalmi
要旨: Replicative helicases require loader proteins for assembly at the origins of DNA replication. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind to and load the DnaB (B) replicative helicase ...Replicative helicases require loader proteins for assembly at the origins of DNA replication. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind to and load the DnaB (B) replicative helicase on replication-origin-derived single-stranded DNA. We find that the DnaB•λP complex exists in two forms: B P and B P . In the 2.66 Å cryo-EM model of B P , five copies of the λP loader assemble into a crown-like shape that tightly grips DnaB. In this complex, closed planar DnaB is reconfigured into an open spiral with a sufficiently sized breach to permit ssDNA to enter an internal chamber. The transition to the open spiral involves λP-mediated changes to the Docking Helix (DH)-Linker Helix (LH) interface. The loader directly stabilizes the open spiral. Unexpectedly, one λP chain in B P is bound across the breach, precluding entry of replication-origin-derived ssDNA into DnaB's central chamber. We suggest that the B P complex is an early intermediate in the helicase activation pathway wherein neither the DnaB helicase nor the λP loader has attained its final form. DnaB in this complex adopts a partially open planar configuration, termed ajar planar. The partially ordered λP loader assembly features a much looser interaction with DnaB. The ssDNA and ATP sites in both complexes are in a configuration ill-suited for binding or hydrolysis. Our work specifies the conformational changes required for the intermediate B P to transition to B P on the pathway to recruitment by the initiator protein complex to the replication origin.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: An Autoinhibited Conformation of the DnaB-Replicative Helicase- phage LP Helicase Loader Complex
著者: Brown, D. / Shatarupa, A. / Olinares, P.D.B. / Chase, J. / Isiorho, E. / Chait, B.T. / Jeruzalmi, D.
履歴
登録2025年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicative DNA helicase
B: Replicative DNA helicase
C: Replicative DNA helicase
D: Replicative DNA helicase
E: Replicative DNA helicase
F: Replicative DNA helicase
U: Helicase loader
V: Helicase loader
W: Helicase loader
X: Helicase loader
Y: Helicase loader
Z: Helicase loader
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)476,72324
ポリマ－474,01412
非ポリマー2,70912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Replicative DNA helicase


分子量: 52450.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaB, groP, grpA, b4052, JW4012 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACB0, DNA helicase
#2: タンパク質
Helicase loader / Lambda P helicase loader / Replication protein P


分子量: 26551.326 Da / 分子数: 6 / Mutation: K2E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03689
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Replication initiation intermediate with Escherichia coli DnaB helicase and Phage Lambda loader P in a 6:6 stoichiometry ratioCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Ecoli DnaB helicaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Phage Lambda loader PCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.4734 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia phage Lambda (λファージ)2681611
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES-Sodium saltNaC8H17N2O4S1
2450 mMSodium ChlorideNaCl1
32 mMDithiothreitol (DTT)C4H10O2S21
40.5 mMMagnesium ChlorideMgCl21
50.2 mMAdenosine triphosphate (ATP)C10H16N5O13P31
60.25 %GlycerolC3H8O31
試料濃度: 4.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Protein BP (1.5 uM), ssDNA (1.875 uM), and LO-156-299-NHis (2.25 uM) was mixed at 1.25 and 1.5 molar excess, respectively. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees ...詳細: Protein BP (1.5 uM), ssDNA (1.875 uM), and LO-156-299-NHis (2.25 uM) was mixed at 1.25 and 1.5 molar excess, respectively. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51.19 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6479
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC4CTF補正
7PHENIX1.21.2_5419モデルフィッティング
12cryoSPARC4３次元再構成
13PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2315940
詳細: Particle picking was performed using Topaz in CryoSPARC.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 572557 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 153.98 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Chain-ID: A

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain residue rangeInitial refinement model-IDPdb chain residue rangeSource nameタイプ
11B79

1b79

A1B7924-127124-127PDBexperimental model
2128-471AlphaFoldin silico model
32-118AlphaFoldin silico model
48V9S

8v9s

A8V9S119-1923119-192PDBexperimental model
5193-233AlphaFoldin silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 153.99 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002525320
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.578534259
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04063851
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00454510
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.31079701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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