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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9nrn | |||||||||||||||
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タイトル | Lipoprotein Lipase Helical Filament with 11 nm diameter | |||||||||||||||
![]() | Lipoprotein lipase | |||||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Lipase / Filament / Helical Complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / Chylomicron remodeling / Retinoid metabolism and transport / lipoprotein lipase / low-density lipoprotein particle mediated signaling / lipoprotein lipase activity / chylomicron remodeling / positive regulation of cholesterol storage / phospholipase A1 / phospholipase activity ...Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / Chylomicron remodeling / Retinoid metabolism and transport / lipoprotein lipase / low-density lipoprotein particle mediated signaling / lipoprotein lipase activity / chylomicron remodeling / positive regulation of cholesterol storage / phospholipase A1 / phospholipase activity / phospholipase A1 activity / triglyceride catabolic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / very-low-density lipoprotein particle clearance / chylomicron / cellular response to nutrient / high-density lipoprotein particle remodeling / triacylglycerol lipase activity / very-low-density lipoprotein particle / heparan sulfate proteoglycan binding / cellular response to fatty acid / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / triglyceride homeostasis / triglyceride metabolic process / lipoprotein particle binding / apolipoprotein binding / catalytic complex / positive regulation of fat cell differentiation / response to glucose / retinoid metabolic process / phospholipid metabolic process / positive regulation of adipose tissue development / cholesterol homeostasis / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to bacterium / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / fatty acid biosynthetic process / heparin binding / signaling receptor binding / calcium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
![]() | Gunn, K.H. / Wheless, A. / Neher, S.B. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryogenic Electron Tomography Reveals Helical Organization of Lipoprotein Lipase in Storage Vesicles 著者: Gunn, K.H. / Wheless, A. / Calcraft, T. / Kreutzberger, M. / El-Houshy, K. / Egelman, E.H. / Rosental, P.B. / Neher, S.B. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 208.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 314.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 49738MC ![]() 49737 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48901.438 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P11151, lipoprotein lipase, phospholipase A1 Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Helical filament of lipoprotein lipase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4 500 mM NaCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1250 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 250 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 2952 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -65.95 ° / 軸方向距離/サブユニット: 23.7 Å / らせん対称軸の対称性: D1 | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 251000 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45000 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6U7M PDB chain-ID: c / Accession code: 6U7M / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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