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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 9lut | ||||||||||||||||||||||||
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| タイトル | PSI-LHCI supercomplex binding with 4 Lhcas from M. polymorpha | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / light-harvasting complex | ||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center ...photosynthetic NADP+ reduction / photosystem I stabilization / chloroplast photosystem I / response to low light intensity stimulus / plastid thylakoid membrane / thylakoid membrane / response to high light intensity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / response to cold / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / protein stabilization / protein domain specific binding / mRNA binding / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) | ||||||||||||||||||||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.94 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tsai, P.-C. / La Rocca, R. / Shen, J.-R. / Akita, F. | ||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2026タイトル: Structural study of monomeric and dimeric photosystem I-LHCI supercomplexes from a bryophyte. 著者: Pi-Cheng Tsai / Romain La Rocca / Hiroyasu Motose / Jian-Ren Shen / Fusamichi Akita / ![]() 要旨: Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems conserved from cyanobacteria to vascular plants, and associates with multiple light-harvesting complexes (LHCs) that capture and transfer solar ...Photosystem I (PSI) is one of the two photosystems conserved from cyanobacteria to vascular plants, and associates with multiple light-harvesting complexes (LHCs) that capture and transfer solar energy. Liverworts such as Marchantia polymorpha occupy an early evolutionary position among land plants and faced major challenges during terrestrial adaptation, including desiccation, strong light, and UV radiation. We reveal the cryo-electron microscopic structures of PSI-LHCI monomer and homodimer from the liverwort M. polymorpha at resolutions of 1.94 and 2.52 Å, respectively. The high-resolution map allows identification of the cofactors of the monomer and reveal differences between the liverwort and moss, another clade of bryophytes. The PSI-LHCI monomer-monomer is stabilized by PsaG and PsaH interactions on the stromal side, which causes the bending and twisting of the homodimer. PsaM interacts with PsaB tightly, indicating a key role of PsaM in mediating the dimerization. | ||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 9lut.cif.gz | 937.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb9lut.ent.gz | 801.4 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 9lut.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/9lut ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/9lut | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 63404MC ![]() 9luuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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要素
-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 4種, 4分子 6235
| #1: タンパク質 | 分子量: 26038.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: I7JWJ2 |
|---|---|
| #2: タンパク質 | 分子量: 28576.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: I7JD56 |
| #3: タンパク質 | 分子量: 30133.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: I7KJM4 |
| #4: タンパク質 | 分子量: 27114.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: I7IIM0 |
-Photosystem I ... , 11種, 11分子 ABCDEFGIJMH
| #5: タンパク質 | 分子量: 83299.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A3Q9R2J6, photosystem I |
|---|---|
| #6: タンパク質 | 分子量: 82484.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A3Q9R072, photosystem I |
| #7: タンパク質 | 分子量: 8866.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A3Q9R1I6, photosystem I |
| #8: タンパク質 | 分子量: 22614.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A2R6W6G7 |
| #9: タンパク質 | 分子量: 13821.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A2R6WSQ6 |
| #10: タンパク質 | 分子量: 26025.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A2R6WM91 |
| #11: タンパク質 | 分子量: 16912.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A2R6X3Q4 |
| #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4017.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: P12185 |
| #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4778.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: P12191 |
| #15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3568.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: P31590 |
| #16: タンパク質 | 分子量: 14660.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A2R6XLB4 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 KL
| #14: タンパク質 | 分子量: 13483.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A2R6W993 |
|---|---|
| #17: タンパク質 | 分子量: 23152.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) / 参照: UniProt: A0A2R6WE99 |
-糖 , 2種, 5分子 


| #27: 糖 | ChemComp-LMU / #28: 糖 | ChemComp-DGD / | |
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-非ポリマー , 11種, 808分子 




















| #18: 化合物 | ChemComp-CHL / #19: 化合物 | ChemComp-CLA / #20: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #21: 化合物 | ChemComp-XAT / ( | #22: 化合物 | ChemComp-LHG / #23: 化合物 | ChemComp-BCR / #24: 化合物 | ChemComp-CL0 / | #25: 化合物 | #26: 化合物 | #29: 化合物 | #30: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
| 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
| 構成要素 | 名称: Photosystem I-4 LHCI supercomplex from liverwort / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL |
|---|---|
| 分子量 | 実験値: NO |
| 由来(天然) | 生物種: Marchantia polymorpha (ゼニゴケ) |
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
| 試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 1.5 mg Chl a per mL |
| 試料支持 | 詳細: 7 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
| 急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
|---|---|
| 顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
| 電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
| 試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
| 撮影 | 平均露光時間: 3.57 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9576 |
| 電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
| 画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
| EMソフトウェア |
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| CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
| 粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1078038 | ||||||||||||||||||||||||||||
| 3次元再構成 | 解像度: 1.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157685 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
| 原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
| 原子モデル構築 | PDB-ID: 6L35 Accession code: 6L35 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
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ムービー
コントローラー
万見について




Marchantia polymorpha (ゼニゴケ)
日本, 1件
引用



PDBj











FIELD EMISSION GUN
