PDB-9ko9: Cryo-EM structure of PsCas9-sgRNA binary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9ko9

タイトル

Cryo-EM structure of PsCas9-sgRNA binary complex

要素

CRISPR-associated endonuclease Cas9
RNA (131-MER)

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR-Cas9 / RNA / binary complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Parasutterella secunda (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Shen, P.P. / Lu, X.Y. / Huang, J.-W. / Chen, C.-C. / Gut, R.-T.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Structural and Mechanistic Investigations of a High-Fidelity Cas9 from Parasutterella secunda
著者: Shen, P. / Lu, X. / Wang, C. / Huang, J.W. / Min, J. / Luo, J. / Sun, Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.

履歴

登録	2024年11月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月30日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9ko9.cif.gz	348.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9ko9.ent.gz	271.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9ko9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9ko9_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9ko9_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9ko9_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	9ko9_validation.cif.gz	87.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9ko9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/9ko9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62471MC 62479C 63976C 9korC 9ua2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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エクスプレソーム (Expressome)
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#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR-associated endonuclease Cas9

B: RNA (131-MER)

207 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: not applicable

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas9 分子量: 165211.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parasutterella secunda (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: RNA鎖	RNA (131-MER) 分子量: 42108.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Parasutterella secunda (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: type II CRISPR RNA-guided endonuclease Cas9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.16 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Parasutterella secunda (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 52 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270781 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

精密化

最高解像度: 2.7 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	14343
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.593	19896
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	17.876	3167
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.037	2303
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2127

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関連情報:EMDBヘッダ

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