[日本語] English
万見
- PDB-9i3s: Photosynthetic A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase fr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9i3s
タイトルPhotosynthetic A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase from Spinacia oleracea.
要素
  • Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
  • Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Photosynthesis / Calvin-Benson cycle / redox regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / chloroplast / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Marotta, R. / Fermani, S. / Sparla, F. / Del Giudice, A.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
iNEXT-Discovery22228European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Photosynthetic A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase from Spinacia oleracea.
著者: Marotta, R. / Fermani, S. / Sparla, F.
履歴
登録2025年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月4日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
I: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
J: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
K: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
L: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
M: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
N: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
S: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
T: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
P: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
Q: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)769,87240
ポリマ－756,60320
非ポリマー13,26920
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Negative staining clearly shows the presence of the A10B10 oligomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic


分子量: 39403.957 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P12860
#2: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic


分子量: 36256.391 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 参照: UniProt: P19866
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase hetero-icosamer complexed with NAD.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM potassium phosphate buffer pH 7.5 1mM NAD
緩衝液成分濃度: 25 mM / 名称: potassium phosphate buffer / 式: K2PO4
試料濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample contained several photosynthetic AB-GAPDH oligomers.
試料支持詳細: Using GATAN SOLARUS plasma cleaner. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.65 K
詳細: Vitrification carried out in conventional atmosphere.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: Preliminary grid screening was performed on a FEI Tecnai G2 F20 TEM equipped with cryo-box and direct electron detector.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 23000
詳細: The images were corrected in movie mode. Each movie contained 702 EER frames.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris
画像スキャン横: 16384 / 縦: 16384

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.7モデルフィッティング
12RELION4３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化real space refinement
画像処理詳細: The selected images were motion-corrected, ctf-corrected, and normalized.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3156722
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26638 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: RELION was used for the reconstruction. / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Initial local fitting was done suing ChimeraX starting from the crystallographic model PDB ID 2PKQ. Refinement was obtained trough several iterative cycles of COOT manual adjustment and ...詳細: Initial local fitting was done suing ChimeraX starting from the crystallographic model PDB ID 2PKQ. Refinement was obtained trough several iterative cycles of COOT manual adjustment and Phenix real space refinement.
原子モデル構築PDB-ID: 2PKQ

2pkq


PDB chain-ID: RSPQ / Accession code: 2PKQ / Chain residue range: 1-2115
詳細: The initial model consisted of the complete biological assembly for PDB entry 7Q57
Pdb chain residue range: 1-2115 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 7.2 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00454868
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67874724
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.4447818
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0478850
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0059498

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る