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- EMDB-52614: Photosynthetic A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52614
タイトルPhotosynthetic A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase from Spinacia oleracea.
マップデータA10B10 photosynthetic glyceralhide-3-phosphate dehydrogenase cryo-EM map.
試料
  • 複合体: A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase hetero-icosamer complexed with NAD.
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
キーワードPhotosynthesis / Calvin-Benson cycle / redox regulation / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / chloroplast / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Marotta R / Fermani S / Sparla F / Del Giudice A
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
iNEXT-Discovery22228European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Photosynthetic A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase from Spinacia oleracea.
著者: Marotta R / Fermani S / Sparla F
履歴
登録2025年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52614.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 266.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A10B10 photosynthetic glyceralhide-3-phosphate dehydrogenase cryo-EM map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 412 pix.
= 301.172 Å		0.73 Å/pix.
x 412 pix.
= 301.172 Å		0.73 Å/pix.
x 412 pix.
= 301.172 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.731 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.010126107 - 0.020909581
平均 (標準偏差)0.00028104938 (±0.0014562483)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ412412412
Spacing412412412
セルA=B=C: 301.172 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: A10B10 photosynthetic glyceralhide-3-phosphate dehydrogenase half1 cryo-EM map....

ファイルemd_52614_half_map_1.map
注釈A10B10 photosynthetic glyceralhide-3-phosphate dehydrogenase half1 cryo-EM map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: A10B10 photosynthetic glyceralhide-3-phosphate dehydrogenase half2 cryo-EM map....

ファイルemd_52614_half_map_2.map
注釈A10B10 photosynthetic glyceralhide-3-phosphate dehydrogenase half2 cryo-EM map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase hetero-icosamer c...

全体名称: A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase hetero-icosamer complexed with NAD.
要素
  • 複合体: A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase hetero-icosamer complexed with NAD.
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase hetero-icosamer c...

超分子名称: A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase hetero-icosamer complexed with NAD.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

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分子 #1: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic

分子名称: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 39.403957 KDa
配列文字列: KLKVAINGFG RIGRNFLRCW HGRKDSPLDV VVVNDSGGVK SATHLLKYDS ILGTFKADVK IIDNETFSID GKPIKVVSNR DPLKLPWAE LGIDIVIEGT GVFVDGPGAG KHIQAGAKKV IITAPAKGSD IPTYVVGVNE KDYGHDVANI ISNASCTTNC L APFVKVLD ...文字列:
KLKVAINGFG RIGRNFLRCW HGRKDSPLDV VVVNDSGGVK SATHLLKYDS ILGTFKADVK IIDNETFSID GKPIKVVSNR DPLKLPWAE LGIDIVIEGT GVFVDGPGAG KHIQAGAKKV IITAPAKGSD IPTYVVGVNE KDYGHDVANI ISNASCTTNC L APFVKVLD EELGIVKGTM TTTHSYTGDQ RLLDASHRDL RRARAAALNI VPTSTGAAKA VSLVLPQLKG KLNGIALRVP TP NVSVVDL VVNIEKVGVT AEDVNNAFRK AAAGPLKGVL DVCDIPLVSV DFRCSDFSST IDSSLTMVMG GDMVKVVAWY DNE WGYSQR VVDLADLVAN KWPGLEGSVA SGDPLEDFCK DNPADEECKL YE

UniProtKB: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase B, chloroplastic

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分子 #2: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic

分子名称: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 36.256391 KDa
配列文字列: KLKVAINGFG RIGRNFLRCW HGRKDSPLDV VVINDTGGVK QASHLLKYDS ILGTFDADVK TAGDSAISVD GKVIKVVSDR NPVNLPWGD MGIDLVIEGT GVFVDRDGAG KHLQAGAKKV LITAPGKGDI PTYVVGVNEE GYTHADTIIS NASCTTNCLA P FVKVLDQK ...文字列:
KLKVAINGFG RIGRNFLRCW HGRKDSPLDV VVINDTGGVK QASHLLKYDS ILGTFDADVK TAGDSAISVD GKVIKVVSDR NPVNLPWGD MGIDLVIEGT GVFVDRDGAG KHLQAGAKKV LITAPGKGDI PTYVVGVNEE GYTHADTIIS NASCTTNCLA P FVKVLDQK FGIIKGTMTT THSYTGDQRL LDASHRDLRR ARAACLNIVP TSTGAAKAVA LVLPNLKGKL NGIALRVPTP NV SVVDLVV QVSKKTFAEE VNAAFRESAD NELKGILSVC DEPLVSIDFR CTDVSSTIDS SLTMVMGDDM VKVIAWYDNE WGY SQRVVD LADIVANKWQ A

UniProtKB: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic

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分子 #3: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 20 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 25.0 mM / 構成要素 - 式: K2PO4 / 構成要素 - 名称: potassium phosphate buffer / 詳細: 25 mM potassium phosphate buffer pH 7.5 1mM NAD
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Using GATAN SOLARUS plasma cleaner.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.65 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vitrification carried out in conventional atmosphere..
詳細The sample contained several photosynthetic AB-GAPDH oligomers.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
詳細Preliminary grid screening was performed on a FEI Tecnai G2 F20 TEM equipped with cryo-box and direct electron detector.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 16384 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 16384 pixel / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 23000 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: The images were corrected in movie mode. Each movie contained 702 EER frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The selected images were motion-corrected, ctf-corrected, and normalized.
粒子像選択選択した数: 3156722
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ellipsoid as an unbiased initial model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 詳細: RELION was used for the reconstruction. / 使用した粒子像数: 26638
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 8
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2pkq


Chain - Chain ID: RSPQ / Chain - Residue range: 1-2115 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: The initial model consisted of the complete biological assembly for PDB entry 7Q57
詳細Initial local fitting was done suing ChimeraX starting from the crystallographic model PDB ID 2PKQ. Refinement was obtained trough several iterative cycles of COOT manual adjustment and Phenix real space refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9i3s:
Photosynthetic A10B10 glyceraldehyde-3-phospahte dehydrogenase from Spinacia oleracea.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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