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万見
- PDB-9hqo: Cryo-EM structure of bovine TMEM206-YFP purified and plunged usin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hqo
タイトルCryo-EM structure of bovine TMEM206-YFP purified and plunged using MISO (micro-purification)
要素Proton-activated chloride channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / pH-gated chloride channel
機能・相同性pH-gated chloride channel activity / TMEM206 protein / TMEM206 protein family / chloride transport / chloride channel complex / plasma membrane / Proton-activated chloride channel
機能・相同性情報
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者De Gieter, S. / Eluru, G. / Schenck, S. / Stroobants, A. / Efremov, R.G. / Brunner, J.D.
資金援助 ベルギー, European Union, 3件
組織認可番号国
Other governmentG0H5916N
Research Foundation - Flanders (FWO)G054617N ベルギー
European Research Council (ERC)726436European Union
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2025
タイトル: MISO: microfluidic protein isolation enables single-particle cryo-EM structure determination from a single cell colony.
著者: Gangadhar Eluru / Steven De Gieter / Stephan Schenck / Annelore Stroobants / Binesh Shrestha / Paul Erbel / Janine D Brunner / Rouslan G Efremov /
要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) enables reconstruction of atomic-resolution 3D maps of proteins by visualizing thousands to millions of purified protein particles embedded in ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) enables reconstruction of atomic-resolution 3D maps of proteins by visualizing thousands to millions of purified protein particles embedded in vitreous ice. This corresponds to picograms of purified protein, which can potentially be isolated from a few thousand cells. Hence, cryo-EM holds the potential of a very sensitive analytical method for delivering high-resolution protein structure as a readout. In practice, millions of times more starting biological material is required to prepare cryo-EM grids. Here we show that using a micro isolation (MISO) method, which combines microfluidics-based protein purification with cryo-EM grid preparation, cryo-EM structures of soluble bacterial and eukaryotic membrane proteins can be solved starting from less than 1 µg of a target protein and progressing from cells to cryo-EM grids within a few hours. This scales down the amount of starting biological material hundreds to thousands of times, opening possibilities for the structural characterization of hitherto inaccessible proteins.
履歴
登録2024年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02025年11月5日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年12月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月24日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-activated chloride channel
B: Proton-activated chloride channel
C: Proton-activated chloride channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1283
ポリマ－91,1283
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Proton-activated chloride channel / PAC / Transmembrane protein 206


分子量: 30375.881 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PACC1, TMEM206 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2KHV2
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bos taurus Proton-activated chloride channel with C-terminal venus GFP
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.6
詳細: 150 mM NaCl, 30 mM HEPES-Na, pH 7.6, 0.0063% GDN, 10 mM D-(+)-biotin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Au-flat 1.2/1.3
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: MISO Chip: 3 ul single column chip filled with Pierce High-capacity streptavidin agarose resin Plunging: 80 nl

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2PHENIX1.19_4092モデル精密化
5cryoSPARC4.6.2CTF補正
10cryoSPARC4.6.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.6.2最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.6.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87106 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.97 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036522
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5368847
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.329858
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041966
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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