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- PDB-9hco: Outward-open structure of human serotonin transporter bound to vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hco
タイトルOutward-open structure of human serotonin transporter bound to vilazodone
要素
  • 15B8 Fab heavy chain
  • 15B8 Fab light chain
  • Sodium-dependent serotonin transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Monoamine transporter / LeuT fold / antidepressant binding / Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / serotonergic synapse / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cocaine binding / serotonin:sodium:chloride symporter activity / cellular response to cGMP / enteric nervous system development ...negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / serotonergic synapse / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cocaine binding / serotonin:sodium:chloride symporter activity / cellular response to cGMP / enteric nervous system development / negative regulation of organ growth / sodium ion binding / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin uptake / vasoconstriction / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / serotonin binding / brain morphogenesis / antiporter activity / syntaxin-1 binding / male mating behavior / negative regulation of neuron differentiation / neurotransmitter transport / nitric-oxide synthase binding / amino acid transport / conditioned place preference / membrane depolarization / monoatomic cation channel activity / behavioral response to cocaine / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / response to nutrient / endomembrane system / sodium ion transmembrane transport / circadian rhythm / response to toxic substance / platelet aggregation / memory / integrin binding / actin filament binding / response to estradiol / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / response to hypoxia / neuron projection / endosome membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / focal adhesion / synapse / positive regulation of gene expression / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, serotonin, N-terminal / Serotonin (5-HT) neurotransmitter transporter, N-terminus / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YG7 / Sodium-dependent serotonin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Kalenderoglou, I.E. / Tillmann, P. / Loland, C.J.
資金援助 デンマーク, European Union, 米国, 7件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0079091 デンマーク
Independent Research Fund Denmark - Medical Sciences1030-00036B デンマーク
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission860954European Union
The Carlsberg Foundation1030-00036B デンマーク
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)Z1A DA000389 米国
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0075808 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of serotonin reuptake inhibition by a dual mode orthosteric/allosteric antidepressant
著者: Kalenderoglou, I.E. / Nygaard, A. / Vogt, C.D. / Turaev, A. / Pape, T. / Adams, N. / Newman, A.H. / Loland, C.J.
履歴
登録2024年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年9月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium-dependent serotonin transporter
H: 15B8 Fab heavy chain
L: 15B8 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7157
ポリマ－124,1923
非ポリマー5234
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sodium-dependent serotonin transporter / SERT / 5HT transporter / 5HTT / Solute carrier family 6 member 4


分子量: 76116.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: human SERT full length with GGS linker, thromvin site, GGS linker, twinII site, GGS linker and His12-tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A4, HTT, SERT / プラスミド: pFastBac
詳細 (発現宿主): Baculovirus-derived vector with SLC6A4 gene insert
細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293 / 参照: UniProt: P31645

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 15B8 Fab heavy chain


分子量: 24516.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Murine monoclonal antibody (15B8) specific for the human serotonin transporter (SERT)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFastBac Dual
詳細 (発現宿主): Baculovirus expression vector used in BacMam system for protein expression in Sf9 cells.
Cell (発現宿主): Sf9 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 抗体 15B8 Fab light chain


分子量: 23558.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Murine monoclonal antibody (15B8) specific for the human serotonin transporter (SERT)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pFastBac Dual
詳細 (発現宿主): Baculovirus expression vector used in BacMam system for protein expression in Sf9 cells.
Cell (発現宿主): Sf9 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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非ポリマー , 4種, 16分子

#4: 化合物 ChemComp-YG7 / 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide


分子量: 441.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H27N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of the Serotonin Transporter with the antidepressant vilazodone
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293 / 細胞: Expi293 / プラスミド: pFastBac
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6000 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
3EPU3.2画像取得IMAGE ACQUISITION
4cryoSPARC3.3.2 - 4.4.1画像取得PARTICLE SELECTION AND 3D RECONSTRUCTION
5Coot0.9.8.6画像取得REAL SPACE REFINEMENT
6UCSF ChimeraX1.8画像取得STRUCTURE ALIGNMENT
7PHENIX1.21画像取得REAL SPACE REFINEMENT - VALIDATION - LIGAND PARAMETERIZATION
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 239223 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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