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- EMDB-52050: Outward-open structure of human serotonin transporter bound to vi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52050
タイトルOutward-open structure of human serotonin transporter bound to vilazodone
マップデータSharp EM map
試料
  • 複合体: Complex of the Serotonin Transporter with the antidepressant vilazodone
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent serotonin transporter
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab light chain
  • リガンド: 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードMonoamine transporter / LeuT fold / antidepressant binding / Inhibitor complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / serotonergic synapse / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cocaine binding / serotonin:sodium:chloride symporter activity / cellular response to cGMP / enteric nervous system development ...negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / serotonergic synapse / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / cocaine binding / serotonin:sodium:chloride symporter activity / cellular response to cGMP / enteric nervous system development / negative regulation of organ growth / sodium ion binding / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin uptake / vasoconstriction / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / serotonin binding / brain morphogenesis / antiporter activity / syntaxin-1 binding / male mating behavior / negative regulation of neuron differentiation / neurotransmitter transport / nitric-oxide synthase binding / amino acid transport / conditioned place preference / membrane depolarization / monoatomic cation channel activity / behavioral response to cocaine / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / response to nutrient / endomembrane system / sodium ion transmembrane transport / circadian rhythm / response to toxic substance / platelet aggregation / memory / integrin binding / actin filament binding / response to estradiol / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / response to hypoxia / neuron projection / endosome membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / focal adhesion / synapse / positive regulation of gene expression / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, serotonin, N-terminal / Serotonin (5-HT) neurotransmitter transporter, N-terminus / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent serotonin transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Kalenderoglou IE / Tillmann P / Loland CJ
資金援助 デンマーク, European Union, 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0079091 デンマーク
Independent Research Fund Denmark - Medical Sciences1030-00036B デンマーク
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission860954European Union
The Carlsberg Foundation1030-00036B デンマーク
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)Z1A DA000389 米国
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF22OC0075808 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of serotonin reuptake inhibition by a dual mode orthosteric/allosteric antidepressant
著者: Kalenderoglou IE / Nygaard A / Vogt CD / Turaev A / Pape T / Adams N / Newman AH / Loland CJ
履歴
登録2024年11月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月17日-
マップ公開2025年9月17日-
更新2025年9月17日-
現状2025年9月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52050.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharp EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.6 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.6 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.111
最小 - 最大-0.8270175 - 1.2207556
平均 (標準偏差)-0.0014238664 (±0.025303066)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: EM map

ファイルemd_52050_additional_1.map
注釈EM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half A

ファイルemd_52050_half_map_1.map
注釈Half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B

ファイルemd_52050_half_map_2.map
注釈Half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the Serotonin Transporter with the antidepressant vila...

全体名称: Complex of the Serotonin Transporter with the antidepressant vilazodone
要素
  • 複合体: Complex of the Serotonin Transporter with the antidepressant vilazodone
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent serotonin transporter
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 15B8 Fab light chain
  • リガンド: 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Complex of the Serotonin Transporter with the antidepressant vila...

超分子名称: Complex of the Serotonin Transporter with the antidepressant vilazodone
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium-dependent serotonin transporter

分子名称: Sodium-dependent serotonin transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: human SERT full length with GGS linker, thromvin site, GGS linker, twinII site, GGS linker and His12-tag
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.116453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METTPLNSQK QLSACEDGED CQENGVLQKV VPTPGDKVES GQISNGYSAV PSPGAGDDTR HSIPATTTTL VAELHQGERE TWGKKVDFL LSVIGYAVDL GNVWRFPYIC YQNGGGAFLL PYTIMAIFGG IPLFYMELAL GQYHRNGCIS IWRKICPIFK G IGYAICII ...文字列:
METTPLNSQK QLSACEDGED CQENGVLQKV VPTPGDKVES GQISNGYSAV PSPGAGDDTR HSIPATTTTL VAELHQGERE TWGKKVDFL LSVIGYAVDL GNVWRFPYIC YQNGGGAFLL PYTIMAIFGG IPLFYMELAL GQYHRNGCIS IWRKICPIFK G IGYAICII AFYIASYYNT IMAWALYYLI SSFTDQLPWT SCKNSWNTGN CTNYFSEDNI TWTLHSTSPA EEFYTRHVLQ IH RSKGLQD LGGISWQLAL CIMLIFTVIY FSIWKGVKTS GKVVWVTATF PYIILSVLLV RGATLPGAWR GVLFYLKPNW QKL LETGVW IDAAAQIFFS LGPGFGVLLA FASYNKFNNN CYQDALVTSV VNCMTSFVSG FVIFTVLGYM AEMRNEDVSE VAKD AGPSL LFITYAEAIA NMPASTFFAI IFFLMLITLG LDSTFAGLEG VITAVLDEFP HVWAKRRERF VLAVVITCFF GSLVT LTFG GAYVVKLLEE YATGPAVLTV ALIEAVAVSW FYGITQFCRD VKEMLGFSPG WFWRICWVAI SPLFLLFIIC SFLMSP PQL RLFQYNYPYW SIILGYCIGT SSFICIPTYI AYRLIITPGT FKERIIKSIT PETPTEIPCG DIRLNAVGGS LVPRGSG GS WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKGG SHHHHHHHHH HHH

UniProtKB: Sodium-dependent serotonin transporter

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分子 #2: 15B8 Fab heavy chain

分子名称: 15B8 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Antibody heavy chain Fab with His6 tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.51651 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: QVQLQQSGPE LVKLGASVRI SCKASGYRFS YSWMNWVKQR PGKGLEWIGR IYPGDGDTKY SGKFKGKATL TADKSSSTVY MQLSSLTSE DSAVYFCARS AYGSEGFAMD YWGQGTSVTV SSAKTTAPSV FPLAPVCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPEPVT L TWNSGSLS ...文字列:
QVQLQQSGPE LVKLGASVRI SCKASGYRFS YSWMNWVKQR PGKGLEWIGR IYPGDGDTKY SGKFKGKATL TADKSSSTVY MQLSSLTSE DSAVYFCARS AYGSEGFAMD YWGQGTSVTV SSAKTTAPSV FPLAPVCGDT TGSSVTLGCL VKGYFPEPVT L TWNSGSLS SGVHTFPAVL QSGLYTLSSS VTVTSSTWPS QSITCNVAHP ASSTKVDKKL VPRGSHHHHH H

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分子 #3: 15B8 Fab light chain

分子名称: 15B8 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Antibody ligh chain Fab / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.558977 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFLNWF QQKPGQPPKL LIYAASNQGS GVPARFSGSG SGTYFSLNIH PMEEDDTAV YFCQQTKGVS WTFGGGTKVE IKRADAAPTV SVFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPRDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFLNWF QQKPGQPPKL LIYAASNQGS GVPARFSGSG SGTYFSLNIH PMEEDDTAV YFCQQTKGVS WTFGGGTKVE IKRADAAPTV SVFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPRDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRG

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分子 #4: 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran...

分子名称: 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: YG7
分子量理論値: 441.525 Da
Chemical component information

ChemComp-YG7:
5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #6: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 12 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7lia

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 239223
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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