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- PDB-9gux: 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gux
タイトル30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 17
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 4
  • 16S ribosomal RNA
  • Non-Template DNA strand
  • Template DNA strand
  • Transcription termination/antitermination protein NusG
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / Transcription / translation / coupling
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic translation / RNA polymerase complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding ...positive regulation of cytoplasmic translation / RNA polymerase complex / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / regulation of mRNA stability / DNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / cell motility / DNA-templated transcription initiation / DNA-templated transcription termination / : / : / : / maintenance of translational fidelity / : / : / mRNA 5'-UTR binding / : / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / ribosome biogenesis / regulation of translation / response to heat / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / protein-containing complex assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasmic translation / tRNA binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S1 / : / Ribosomal protein S1-like / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal ...: / Ribosomal protein S1 / : / Ribosomal protein S1-like / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / S1 domain profile. / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein S21 superfamily / S1 domain / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S18
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 ...: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Small ribosomal subunit protein uS15 / Transcription termination/antitermination protein NusG / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS1 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein bS6
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Rahil, H. / Weixlbaumer, A. / Webster, M.W.
資金援助European Union, フランス, 米国, 英国, 6件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)679734European Union
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-LABX-0030-INRT フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-IDEX-0002-02 フランス
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131922 米国
Wellcome Trust203149 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of mRNA delivery to the bacterial ribosome.
著者: Michael W Webster / Adrien Chauvier / Huma Rahil / Andrea Graziadei / Kristine Charles / Nataliya Miropolskaya / Maria Takacs / Charlotte Saint-André / Juri Rappsilber / Nils G Walter / Albert Weixlbaumer /
要旨: Protein synthesis begins with the formation of a ribosome-messenger RNA (mRNA) complex. In bacteria, the small ribosomal subunit (30) is recruited to many mRNAs through base pairing with the Shine- ...Protein synthesis begins with the formation of a ribosome-messenger RNA (mRNA) complex. In bacteria, the small ribosomal subunit (30) is recruited to many mRNAs through base pairing with the Shine-Dalgarno (SD) sequence and RNA binding by ribosomal protein bS1. Translation can initiate on nascent mRNAs, and RNA polymerase (RNAP) can promote the recruitment of the pioneering 30. Here, we examined 30 recruitment to nascent mRNAs using cryo-electron microscopy, single-molecule fluorescence colocalization, and in-cell cross-linking mass spectrometry. We show that bS1 delivers the mRNA to the ribosome for SD duplex formation and 30 activation. Additionally, bS1 and RNAP stimulate translation initiation. Our work provides a mechanistic framework for how the SD duplex, ribosomal proteins, and RNAP cooperate in 30 recruitment to mRNAs and establish transcription-translation coupling.
履歴
登録2024年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: 30S ribosomal protein S1
C: 30S ribosomal protein S2
D: Small ribosomal subunit protein uS3
E: Small ribosomal subunit protein uS4
F: 30S ribosomal protein S5
G: Small ribosomal subunit protein bS6
H: 30S ribosomal protein S7
I: 30S ribosomal protein S8
J: 30S ribosomal protein S9
K: 30S ribosomal protein S10
L: 30S ribosomal protein S11
M: 30S ribosomal protein S12
N: 30S ribosomal protein S13
O: 30S ribosomal protein S14
P: Small ribosomal subunit protein uS15
Q: 30S ribosomal protein S16
R: 30S ribosomal protein S17
S: 30S ribosomal protein S18
T: 30S ribosomal protein S19
U: 30S ribosomal protein S20
V: 30S ribosomal protein S21
X: mRNA
1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
Z: Transcription termination/antitermination protein NusG
6: Non-Template DNA strand
7: Template DNA strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,300,742165
ポリマ－1,297,40331
非ポリマー3,339134
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AX

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 499778.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1929590828
#23: RNA鎖 mRNA


分子量: 17060.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
30S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 BCFHIJKLMNOQRSTUV

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S1 / Bacteriophage Q beta RNA-directed RNA polymerase subunit I / Small ribosomal subunit protein bS1


分子量: 61238.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsA, ssyF, b0911, JW0894 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG67
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsB, b0169, JW0164 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsE, spc, b3303, JW3265 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17637.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsG, b3341, JW3303 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsH, b3306, JW3268 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsI, b3230, JW3199 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription termination/antitermination protein NusE


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsJ, nusE, b3321, JW3283 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsK, b3297, JW3259 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsL, strA, b3342, JW3304 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsM, b3298, JW3260 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsN, b3307, JW3269 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsP, b2609, JW2590 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsQ, neaA, b3311, JW3273 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsR, b4202, JW4160 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsS, b3316, JW3278 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsT, b0023, JW0022 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsU, b3065, JW3037 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

-
Small ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 DEGP

#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: rpsC, A5U30_004548, A8502_004027, ACN81_25500, ACU57_20980, AW118_24880, AWP47_12665, B6R15_004073, B6R31_004972, BANRA_01945, BANRA_04324, BCB93_004289, BE932_15515, BER14_25170, BG944_ ...遺伝子: rpsC, A5U30_004548, A8502_004027, ACN81_25500, ACU57_20980, AW118_24880, AWP47_12665, B6R15_004073, B6R31_004972, BANRA_01945, BANRA_04324, BCB93_004289, BE932_15515, BER14_25170, BG944_001129, BGM66_003597, BGZ_02594, BGZ_04121, BJI68_08695, BK292_20485, BK383_24665, BKL28_004547, BR158_003786, BTB68_004360, BTQ06_10670, BvCmsKKP061_03026, BvCmsSIP010_02681, BXT93_05495, C0P57_002664, C1Q91_004908, C2121_004166, C2M16_25425, C2R31_004629, C3F40_19740, C9Z68_22615, CF22_004853, CG704_20890, CIG67_10695, CQ842_14345, CQ842_22325, CTR35_003626, CV83915_02784, D3C88_13310, D3G36_23070, D4M65_20635, D4N09_20235, D9D43_22570, D9E49_05220, D9J61_16715, DD762_23610, DIV22_15195, DNQ45_03820, DNX30_25415, DS732_24325, DTL43_20935, DU321_12065, E2865_04467, E4K51_21555, E5H86_24460, E6D34_21695, EAI46_07540, ECs4179, EIA08_24020, EIZ93_12405, EN85_004353, EPS76_07150, EPS97_20030, EWK56_25060, ExPECSC038_03644, F7F11_22660, F7N46_23945, F9413_21170, F9461_25590, F9B07_24620, FGAF848_25890, FIJ20_21130, FJQ40_18370, FKO60_25700, FOI11_019195, FOI11_03985, FPI65_20370, FPS11_25365, FVB16_04935, FWK02_12630, FZU14_21885, G3V95_19910, G3W53_21020, G4A38_21575, G4A47_20845, G5603_24650, GAI89_24765, GAJ12_24655, GFY48_21635, GGB84_004455, GKF66_21610, GNW61_16695, GNZ05_25920, GOP25_22770, GP711_23370, GP954_00880, GP965_04360, GP975_01250, GP979_01940, GQA06_03885, GQE86_20145, GQM04_10630, GQM13_25265, GQM21_11295, GQN34_23330, GQW07_21485, GRO95_20750, GRW05_09125, GRW24_04690, GUC01_21245, H0O53_20765, H0O72_19480, HEP30_018700, HEP34_004758, HHH44_004523, HI055_004152, HIE29_005199, HJQ60_004999, HLX92_10010, HLZ50_22115, HMV95_19670, HMW38_23170, HV109_02125, HV209_14650, HVV39_09330, HVW04_17470, HVW43_18605, HVY77_02110, I6H00_20860, I6H02_12055, J0541_004409, J5U05_004075, JNP96_25370, NCTC10082_02827, NCTC10089_00490, NCTC10429_01082, NCTC10764_03851, NCTC10767_01504, NCTC10974_00537, NCTC11126_02758, NCTC11181_02726, NCTC11341_01901, NCTC7922_04054, NCTC7927_00539, NCTC7928_02529, NCTC8009_01498, NCTC8179_05929, NCTC8333_00477, NCTC8500_00322, NCTC8621_00496, NCTC8622_00518, NCTC8959_03273, NCTC8960_03058, NCTC9001_04242, NCTC9045_00553, NCTC9075_00712, NCTC9077_00592, NCTC9081_00905, NCTC9117_00744, NCTC9702_00525, NCTC9706_02725, NCTC9962_06785, OGM49_22395, P6223_003995, QDW62_02130, RZR61_12955, SAMEA3472112_00681, SAMEA3752557_01964, WR15_19670
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQX2
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4 / 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsD, BWG_2987 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: C4ZUF1
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15197.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: rpsF, BANRA_02890, BGM66_001638, BJI68_10200, C0P57_000210, CIG67_23060, CTR35_001516, CV83915_01828, E6D34_03615, G4A38_03220, G4A47_10770, GNW61_00195, GQM21_23655, GRW05_28450, HVY77_ ...遺伝子: rpsF, BANRA_02890, BGM66_001638, BJI68_10200, C0P57_000210, CIG67_23060, CTR35_001516, CV83915_01828, E6D34_03615, G4A38_03220, G4A47_10770, GNW61_00195, GQM21_23655, GRW05_28450, HVY77_22975, J0541_002297, JNP96_03175, NCTC8500_05020, NCTC9045_05184, NCTC9706_01764, P6223_000651, SAMEA3752557_01699
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: W8T6F0
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpsO, secC, b3165, JW3134 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 12345

#24: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase
#25: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#26: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155237.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T8, DNA-directed RNA polymerase
#27: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 1種, 1分子 Z

#28: タンパク質 Transcription termination/antitermination protein NusG


分子量: 20431.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: nusG, b3982, JW3945 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AFG0

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DNA鎖 , 2種, 2分子 67

#29: DNA鎖 Non-Template DNA strand


分子量: 11759.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#30: DNA鎖 Template DNA strand


分子量: 11890.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 134分子

#31: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#32: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
130S ribosomal subunit boud to TECRIBOSOME#1-#300RECOMBINANT
2TECCOMPLEX#23-#301RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
22
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
32Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
32Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 49.95 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11965 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00785919
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.859123848
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.21448396
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05915176
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0069997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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