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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fls | |||||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the fragment-3 (2061-2397) in the grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1 | |||||||||||||||||||||
![]() | The grappling hook protein A (GhpA) in the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1 | |||||||||||||||||||||
![]() | CELL ADHESION / ixotrophy / type 9 secretion system / cryoEM / surface protein / predation | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Lien, Y.-W. / Amendola, D. / Lee, K.S. / Bartlau, N. / Xu, J. / Furusawa, G. / Polz, M.F. / Stocker, R. / Weiss, G.L. / Pilhofer, M. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy. 著者: Yun-Wei Lien / Davide Amendola / Kang Soo Lee / Nina Bartlau / Jingwei Xu / Go Furusawa / Martin F Polz / Roman Stocker / Gregor L Weiss / Martin Pilhofer / ![]() ![]() ![]() 要旨: Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be ...Ixotrophy is a contact-dependent predatory strategy of filamentous bacteria in aquatic environments for which the molecular mechanism remains unknown. We show that predator-prey contact can be established by gliding motility or extracellular assemblages we call "grappling hooks." Cryo-electron microscopy identified the grappling hooks as heptamers of a type IX secretion system substrate. After close predator-prey contact is established, cryo-electron tomography and functional assays showed that puncturing by a type VI secretion system mediated killing. Single-cell analyses with stable isotope-labeled prey revealed that prey components are taken up by the attacker. Depending on nutrient availability, insertion sequence elements toggle the activity of ixotrophy. A marine metagenomic time series shows coupled dynamics of ixotrophic bacteria and prey. We found that the mechanism of ixotrophy involves multiple cellular machineries, is conserved, and may shape microbial populations in the environment. #1: ![]() タイトル: Mechanism of bacterial predation via ixotrophy 著者: Lien, Y.W. / Amendola, D. / Lee, K.S. / Bartlau, N. / Xu, J. / Furusawa, G. / Polz, M.F. / Stocker, R. / Weiss, G.L. / Pilhofer, M. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 962.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 463.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 67.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 610114.375 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 詳細: The structure of the fragment-3 covers the amino acid residues 2061-2397 of the GhpA protein. 由来: (天然) ![]() Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Crude purification of the grappling hooks from the surface of the bacterium Aureispira sp. CCB-QB1. タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 151084 / 対称性のタイプ: POINT |