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- PDB-9fe1: Cryo-EM structure of the ternary DARPin NY_1/HLA-A0201/NY-ESO1 co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9fe1
タイトルCryo-EM structure of the ternary DARPin NY_1/HLA-A0201/NY-ESO1 complex.
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Cancer/testis antigen 1
  • DARPin NY_1
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / DARPin targeting MHC molecules in complex with tumor-associated peptide antigens
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway ...tRNA threonylcarbamoyladenosine metabolic process / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Cancer/testis antigen 1 / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Schulte, T. / Wallden, K. / Carroni, M. / Sandalova, T. / Walser, M. / Mueller, S. / Venetz, N. / Achour, A.
資金援助 スウェーデン, 3件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Cancerfonden スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Development of highly specific and potent HLA/peptide-targeting DARPin T cell engagers
著者: Venetz, N. / Schulte, T. / Mueller, S. / Wallden, K. / Fischer, S. / Kadri, N. / Paladino, M. / Pina, N. / Radom, F. / Villemagne, D. / Bruckmaier, S. / Cornelius, A. / Hospodarsch, T. / Sun, ...著者: Venetz, N. / Schulte, T. / Mueller, S. / Wallden, K. / Fischer, S. / Kadri, N. / Paladino, M. / Pina, N. / Radom, F. / Villemagne, D. / Bruckmaier, S. / Cornelius, A. / Hospodarsch, T. / Sun, R. / Chambers, B.J. / Carroni, M. / Levitsky, V. / Sandalova, T. / Walser, M. / Achour, A.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Cancer/testis antigen 1
D: DARPin NY_1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1074
ポリマ－65,1074
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable, gel filtration, Complex isolated from Superdex 200 GL 10/300 SEC in 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4; eluted at retention volume corresponding to the expected MW.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 33541.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WLS4
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Cancer/testis antigen 1 / Autoimmunogenic cancer/testis antigen NY-ESO-1 / Cancer/testis antigen 6.1 / CT6.1 / L antigen ...Autoimmunogenic cancer/testis antigen NY-ESO-1 / Cancer/testis antigen 6.1 / CT6.1 / L antigen family member 2 / LAGE-2


分子量: 1090.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P78358
#4: タンパク質 DARPin NY_1


分子量: 18596.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex formed between the DARPin NY_1 and HLA-A0201/hb2m/NY-ESO1_157-165(9V)
タイプ: COMPLEX
詳細: Size-exclusion chromatography (SEC) was used to purify refolded complexes of HLA-A0201 with human beta-2-microglobulin (hb2m) and the peptide NY-ESO1157-165(9V). Strep-Tactin Superflow high ...詳細: Size-exclusion chromatography (SEC) was used to purify refolded complexes of HLA-A0201 with human beta-2-microglobulin (hb2m) and the peptide NY-ESO1157-165(9V). Strep-Tactin Superflow high capacity columns (1 mL, IBA lifescience) run in 20 mM HEPES, 300 mM NaCl pH 7.5 were used for further purification. After a column wash, the protein was eluted using the same buffer supplemented with 2.5 mM desthiobiotin. TEV-cleaved DARPin NY_1 was reverse-purified via IMAC and the monomer was isolated from Superdex 200 equilibrated in 20 mM HEPES, 150 mM NaCl pH 7.5. For cross-linking, HLA-A0201/NY-ESO1157-165(9V) was mixed in a 1:2 molar ratio with NY_1, concentrated to an absorbance at 280 nm (Abs280) of 2.3, and incubated for 45 min in 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, supplemented with 1.4 mM BS(PEG)5 (BS5) (ThermoScientific). The cross-linker was quenched by addition of 25 mM Tris. Samples for grid screening were isolated from Superdex 200 GL 10/300 SEC in 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4, and concentrated to Abs280 values of 2.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.06 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH 7.4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.3 sec. / 電子線照射量: 57.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10855
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.3.1粒子像選択Template picker
2EPU2.8.1画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.1.1モデルフィッティング
8ISOLDE1.1.0モデルフィッティング
9Coot0.9.5モデルフィッティング
11PHENIX1.19モデル精密化
12cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.3.1分類
15cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7726585
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 204743 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
詳細: The crystal structures of NY_1 and HLA-A0201/NY-ESO1 (PDB 1S9W) were placed into the initial map in ChimeraX. The model was iteratively refined by model building in Coot and ChimeraX-Isolde, ...詳細: The crystal structures of NY_1 and HLA-A0201/NY-ESO1 (PDB 1S9W) were placed into the initial map in ChimeraX. The model was iteratively refined by model building in Coot and ChimeraX-Isolde, as well as Phenix real space refinement with integrated amber force field with Ramachandran, secondary structure and reference structure restraints
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource name詳細
11S9W

1s9w

1S9W1PDB
2OtherNY_1 crystal structure, PDB code given in publication
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0054400
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8515967
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.2041600
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051641
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012777

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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