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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9fac | ||||||
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タイトル | Additional cryo-EM structure of cardiac amyloid AL59 - mixed polymorph | ||||||
要素 | Monoclonal immunoglobulin light chains (LC) | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / systemic AL amyloid fibril | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Schulte, T. / Speranzini, V. / Chaves-Sanjuan, A. / Milazzo, M. / Ricagno, S. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Helical superstructures between amyloid and collagen in cardiac fibrils from a patient with AL amyloidosis. 著者: Schulte, T. / Chaves-Sanjuan, A. / Speranzini, V. / Sicking, K. / Milazzo, M. / Mazzini, G. / Rognoni, P. / Caminito, S. / Milani, P. / Marabelli, C. / Corbelli, A. / Diomede, L. / ...著者: Schulte, T. / Chaves-Sanjuan, A. / Speranzini, V. / Sicking, K. / Milazzo, M. / Mazzini, G. / Rognoni, P. / Caminito, S. / Milani, P. / Marabelli, C. / Corbelli, A. / Diomede, L. / Fiordaliso, F. / Anastasia, L. / Pappone, C. / Merlini, G. / Bolognesi, M. / Nuvolone, M. / Fernandez-Busnadiego, R. / Palladini, G. / Ricagno, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9fac.cif.gz | 186.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9fac.ent.gz | 152.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9fac.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9fac_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9fac_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9fac_validation.xml.gz | 35.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9fac_validation.cif.gz | 51.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/9fac | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13923.335 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) #2: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Monoclonal immunoglobulin light chains (LC), fibrillar form タイプ: TISSUE 詳細: Amyloid fibrils extracted ex vivo from cardiac tissue of AL patient Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 2049 |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -0.7381 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.9058 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12355 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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