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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f6j | ||||||
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タイトル | Human DNA Polymerase epsilon bound to T-C mismatched DNA (Polymerase Arrest state) | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / DNA / polymerase / epsilon / PCNA / leading strand / human / replisome / proofreading | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / DNA synthesis involved in DNA repair / leading strand elongation / Activation of the pre-replicative complex / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair ...DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / DNA synthesis involved in DNA repair / leading strand elongation / Activation of the pre-replicative complex / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / embryonic organ development / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / base-excision repair, gap-filling / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / Dual incision in TC-NER / G1/S transition of mitotic cell cycle / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mitotic cell cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Roske, J.J. / Yeeles, J.T.P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural basis for processive daughter-strand synthesis and proofreading by the human leading-strand DNA polymerase Pol epsilon. 著者: Roske, J.J. / Yeeles, J.T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9f6j.cif.gz | 233.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9f6j.ent.gz | 177.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9f6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9f6j_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9f6j_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9f6j_validation.xml.gz | 41.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9f6j_validation.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/9f6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/9f6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 50226MC 9f6dC 9f6eC 9f6fC 9f6iC 9f6kC 9f6lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 138137.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLE, POLE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q07864, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 9489.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 9458.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 36.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44918 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 交差検証法: NONE |