[日本語] English
万見
- PDB-9f33: Cryo-EM structure of Dopamine 3 Receptor:Go complex bound to bito... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9f33
タイトルCryo-EM structure of Dopamine 3 Receptor:Go complex bound to bitopic FOB02-04A - Conformation A
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Antibody scFv16
  • Green fluorescent protein,D(3) dopamine receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / dopamine / bitopic / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


musculoskeletal movement, spinal reflex action / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / response to histamine / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / regulation of potassium ion transport / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway ...musculoskeletal movement, spinal reflex action / acid secretion / dopamine neurotransmitter receptor activity, coupled via Gi/Go / response to histamine / adenylate cyclase-inhibiting dopamine receptor signaling pathway / regulation of potassium ion transport / Dopamine receptors / regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G protein-coupled receptor internalization / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / vesicle docking involved in exocytosis / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / arachidonate secretion / photoreceptor outer segment membrane / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / response to morphine / spectrin binding / positive regulation of cytokinesis / regulation of heart contraction / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / dopamine metabolic process / parallel fiber to Purkinje cell synapse / regulation of dopamine secretion / social behavior / negative regulation of protein secretion / photoreceptor outer segment / prepulse inhibition / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of blood pressure / behavioral response to cocaine / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase regulator activity / positive regulation of mitotic nuclear division / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / muscle contraction / bioluminescence / learning / response to cocaine / generation of precursor metabolites and energy / circadian regulation of gene expression / locomotory behavior / negative regulation of insulin secretion / visual learning / G protein-coupled receptor activity / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / intracellular calcium ion homeostasis / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding
類似検索 - 分子機能
Dopamine D3 receptor / Dopamine receptor family / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion ...Dopamine D3 receptor / Dopamine receptor family / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / D(3) dopamine receptor / Green fluorescent protein / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Arroyo-Urea, S. / Garcia-Nafria, J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-113359GA-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A bitopic agonist bound to the dopamine 3 receptor reveals a selectivity site.
著者: Sandra Arroyo-Urea / Antonina L Nazarova / Ángela Carrión-Antolí / Alessandro Bonifazi / Francisco O Battiti / Jordy Homing Lam / Amy Hauck Newman / Vsevolod Katritch / Javier García-Nafría /
要旨: Although aminergic GPCRs are the target for ~25% of approved drugs, developing subtype selective drugs is a major challenge due to the high sequence conservation at their orthosteric binding site. ...Although aminergic GPCRs are the target for ~25% of approved drugs, developing subtype selective drugs is a major challenge due to the high sequence conservation at their orthosteric binding site. Bitopic ligands are covalently joined orthosteric and allosteric pharmacophores with the potential to boost receptor selectivity and improve current medications by reducing off-target side effects. However, the lack of structural information on their binding mode impedes rational design. Here we determine the cryo-EM structure of the hDR:Gαβγ complex bound to the DR selective bitopic agonist FOB02-04A. Structural, functional and computational analyses provide insights into its binding mode and point to a new TM2-ECL1-TM1 region, which requires the N-terminal ordering of TM1, as a major determinant of subtype selectivity in aminergic GPCRs. This region is underexploited in drug development, expands the established secondary binding pocket in aminergic GPCRs and could potentially be used to design novel and subtype selective drugs.
履歴
登録2024年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年9月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
E: Antibody scFv16
R: Green fluorescent protein,D(3) dopamine receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,4286
ポリマ－190,9955
非ポリマー4341
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha


分子量: 40097.500 Da / 分子数: 1 / 変異: S47N, G204A, E246A, M249K,A326S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAO1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P09471
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 39373.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P54311
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7845.078 Da / 分子数: 1 / 変異: C68S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

-
抗体 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 3分子 ER

#4: 抗体 Antibody scFv16


分子量: 28944.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#5: タンパク質 Green fluorescent protein,D(3) dopamine receptor / Dopamine D3 receptor


分子量: 74733.945 Da / 分子数: 1 / 変異: L119W / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HASS-FLAG-eGFP-D3R,HASS-FLAG-eGFP-D3R,HASS-FLAG-eGFP-D3R,HASS-FLAG-eGFP-D3R
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: GFP, DRD3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: P35462
#6: 化合物 ChemComp-A1H9N / N-[2-[(1R,2S)-2-[[(2S,5S)-2-(6-azanylpyridin-3-yl)-5-methyl-morpholin-4-yl]methyl]cyclopropyl]ethyl]-1H-indole-2-carboxamide


分子量: 433.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: D3R:Go protein complex with bitopic FOB02-04A-Conformation A
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.190 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 22655
画像スキャン動画フレーム数/画像: 50

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 19414230
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 275383 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038849
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51312013
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.7473156
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041382
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041515

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る