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万見
- PDB-9ekw: Apo TRPML2 in a closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ekw
タイトルApo TRPML2 in a closed state
要素Mucolipin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPML / calcium channel / ion transport / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage migration / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / iron ion transmembrane transporter activity / neutrophil migration / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / TRP channels / calcium ion transmembrane transport ...macrophage migration / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / iron ion transmembrane transporter activity / neutrophil migration / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / TRP channels / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / recycling endosome membrane / late endosome membrane / protein transport / adaptive immune response / innate immune response / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mucolipin / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Schmiege, P. / Li, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM149533 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: TRPML2 in distinct states reveals the activation and modulation principles of the TRPML family.
著者: Philip Schmiege / Dawid Jaślan / Michael Fine / Nidish Ponath Sadanandan / Alexandra Hatton / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Christian Grimm / Xiaochun Li /
要旨: TRPML2 activity is critical for endolysosomal integrity and chemokine secretion, and can be modulated by various ligands. Interestingly, two ML-SI3 isomers regulate TRPML2 oppositely. The molecular ...TRPML2 activity is critical for endolysosomal integrity and chemokine secretion, and can be modulated by various ligands. Interestingly, two ML-SI3 isomers regulate TRPML2 oppositely. The molecular mechanism underlying this unique isomeric preference as well as the TRPML2 agonistic mechanism remains unknown. Here, we present six cryo-EM structures of human TRPML2 in distinct states revealing that the π-bulge of the S6 undergoes a π-α transition upon agonist binding, highlighting the remarkable role of the π-bulge in ion channel regulation. Moreover, we identify that PI(3,5)P allosterically affects the pose of ML2-SA1, a TRPML2 specific activator, resulting in an open channel without the π-α transition. Functional and structural studies show that mutating the S5 of TRPML1 to that of TRPML2 enables the mutated TRPML1 to be activated by (+)ML-SI3 and ML2-SA1. Thus, our work elucidates the activation mechanism of TRPML channels and paves the way for the development of selective TRPML modulators.
履歴
登録2024年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年1月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucolipin-2
B: Mucolipin-2
C: Mucolipin-2
D: Mucolipin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,0654
ポリマ－264,0654
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Mucolipin-2 / Transient receptor potential channel mucolipin 2 / TRPML2


分子量: 66016.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCOLN2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IZK6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Apo TRPML2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81285 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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