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- EMDB-48137: (+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G in a pre-open state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48137
タイトル(+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G in a pre-open state
マップデータ
試料
  • 複合体: (+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide
キーワードTRPML / calcium channel / ion transport / cryo-EM / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lysosome organization / calcium ion export / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / phagosome maturation / iron ion transmembrane transporter activity / ligand-gated calcium channel activity / iron ion transmembrane transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH ...positive regulation of lysosome organization / calcium ion export / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / phagosome maturation / iron ion transmembrane transporter activity / ligand-gated calcium channel activity / iron ion transmembrane transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / autophagosome maturation / monoatomic cation transport / potassium channel activity / monoatomic cation channel activity / phagocytic cup / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / transferrin transport / cell projection / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / protein homotetramerization / adaptive immune response / lysosome / receptor complex / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Schmiege P / Li X
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM149533 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: TRPML2 in distinct states reveals the activation and modulation principles of the TRPML family.
著者: Philip Schmiege / Dawid Jaślan / Michael Fine / Nidish Ponath Sadanandan / Alexandra Hatton / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Christian Grimm / Xiaochun Li /
要旨: TRPML2 activity is critical for endolysosomal integrity and chemokine secretion, and can be modulated by various ligands. Interestingly, two ML-SI3 isomers regulate TRPML2 oppositely. The molecular ...TRPML2 activity is critical for endolysosomal integrity and chemokine secretion, and can be modulated by various ligands. Interestingly, two ML-SI3 isomers regulate TRPML2 oppositely. The molecular mechanism underlying this unique isomeric preference as well as the TRPML2 agonistic mechanism remains unknown. Here, we present six cryo-EM structures of human TRPML2 in distinct states revealing that the π-bulge of the S6 undergoes a π-α transition upon agonist binding, highlighting the remarkable role of the π-bulge in ion channel regulation. Moreover, we identify that PI(3,5)P allosterically affects the pose of ML2-SA1, a TRPML2 specific activator, resulting in an open channel without the π-α transition. Functional and structural studies show that mutating the S5 of TRPML1 to that of TRPML2 enables the mutated TRPML1 to be activated by (+)ML-SI3 and ML2-SA1. Thus, our work elucidates the activation mechanism of TRPML channels and paves the way for the development of selective TRPML modulators.
履歴
登録2024年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2026年1月7日-
現状2026年1月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48137.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 360 pix.
= 265.68 Å		0.74 Å/pix.
x 360 pix.
= 265.68 Å		0.74 Å/pix.
x 360 pix.
= 265.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.738 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.065
最小 - 最大-0.13845989 - 0.32012257
平均 (標準偏差)0.00037001015 (±0.012111881)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 265.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48137_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48137_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : (+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G

全体名称: (+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G
要素
  • 複合体: (+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G
    • タンパク質・ペプチド: Mucolipin-1
  • リガンド: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide

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超分子 #1: (+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G

超分子名称: (+)ML-SI3 bound TRPML1-V432A/A433G / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mucolipin-1

分子名称: Mucolipin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.039883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKT APAGPRGSET ERLLTPNPGY GTQAGPSPAP PTPPEEEDLR RRLKYFFMSP CDKFRAKGRK PCKLMLQVVK ILVVTVQLI LFGLSNQLAV TFREENTIAF RHLFLLGYSD GADDTFAAYT REQLYQAIFH AVDQYLALPD VSLGRYAYVR G GGDPWTNG ...文字列:
MDYKDDDDKT APAGPRGSET ERLLTPNPGY GTQAGPSPAP PTPPEEEDLR RRLKYFFMSP CDKFRAKGRK PCKLMLQVVK ILVVTVQLI LFGLSNQLAV TFREENTIAF RHLFLLGYSD GADDTFAAYT REQLYQAIFH AVDQYLALPD VSLGRYAYVR G GGDPWTNG SGLALCQRYY HRGHVDPAND TFDIDPMVVT DCIQVDPPER PPPPPSDDLT LLESSSSYKN LTLKFHKLVN VT IHFRLKT INLQSLINNE IPDCYTFSVL ITFDNKAHSG RIPISLETQA HIQECKHPSV FQHGDNSFRL LFDVVVILTC SLS FLLCAR SLLRGFLLQN EFVGFMWRQR GRVISLWERL EFVNGWYILL VTSDVLTISG TIMKIGIEAK NLASYDVCSI LLGT STLLV WVGVIRYLTF FHNYNILIAT LRVALPSVMR FCCCAGVIYL GYCFCGWIVL GPYHVKFRSL SMVSECLFSL INGDD MFVT FAAMQAQQGR SSLVWLFSQL YLYSFISLFI YMVLSLFIAL ITGAYDTIKH PGGAGAEESE LQAYIAQCQD SPTSGK FRR GSGSACSLLC CCGRDPSEEH SLLVN

UniProtKB: Mucolipin-1

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分子 #2: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzen...

分子名称: N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZB4
分子量理論値: 429.576 Da
Chemical component information

ChemComp-ZB4:
N-{(1S,2S)-2-[4-(2-methoxyphenyl)piperazin-1-yl]cyclohexyl}benzenesulfonamide / チャネルブロッカー, アンタゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32819
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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