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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9e6q | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 50S ribosomal subunit in complex with Dri | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Translation / Hibernation / RNA | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
![]() | Nissley, A.J. / Cate, J.H.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of an Archaeal Ribosome with a Divergent Active Site 著者: Nissley, A.J. / Shulgina, Y. / Kivimae, R.W. / Downing, B.E. / Penev, P.I. / Banfield, J.F. / Nayak, D.D. / Cate, J.H.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 184.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 355.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 47578MC ![]() 9e71C ![]() 9e7fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 12
#1: RNA鎖 | 分子量: 984007.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 41803.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 126248349 |
-タンパク質 , 7種, 8分子 3AJAKAMAeAhAjAk
#3: タンパク質 | 分子量: 72127.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MX58 | ||||||||||
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#13: タンパク質 | 分子量: 11470.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | | 分子量: 22623.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MWR6 #33: タンパク質 | | 分子量: 7954.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MTT1 #36: タンパク質 | | 分子量: 10603.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #38: タンパク質 | | 分子量: 20956.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MTM7 #39: タンパク質 | | 分子量: 10938.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A3MWU0 |
+Large ribosomal subunit protein ... , 30種, 30分子 AAABACADAEAFAGAHAIALANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAfAgAi
-非ポリマー , 4種, 8218分子 






#40: 化合物 | ChemComp-SPM / #41: 化合物 | ChemComp-MG / #42: 化合物 | ChemComp-ZN / #43: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#39 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7318 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2360632 | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183467 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |