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- PDB-9e6q: Cryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 50S ribosomal s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9e6q
タイトルCryo-EM structure of the Pyrobaculum calidifontis 50S ribosomal subunit in complex with Dri
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 30
  • 23S rRNA
  • 50S ribosomal protein L15e
  • 5S rRNA
  • DJ-1/PfpI domain-containing protein
  • LSU ribosomal protein L38E
  • PaREP1 domain containing protein
  • Putative signal-transduction protein with CBS domains
  • eL14
  • eL42
キーワードRIBOSOME / Translation / Hibernation / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea ...: / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L19e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L32e, archaeal / : / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / Ribosomal protein L30e / CBS domain / CBS domain / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / CBS domain profile. / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L23 / : / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Class I glutamine amidotransferase-like / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L19 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L18e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL32 ...SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL22 / DJ-1/PfpI domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL13 / LSU ribosomal protein L38E / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L15e / PaREP1 domain containing protein / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Putative signal-transduction protein with CBS domains / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Nissley, A.J. / Cate, J.H.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2002182 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2025
タイトル: Structure of an archaeal ribosome reveals a divergent active site and hibernation factor.
著者: Amos J Nissley / Yekaterina Shulgina / Roan W Kivimae / Blake E Downing / Petar I Penev / Jillian F Banfield / Dipti D Nayak / Jamie H D Cate /
要旨: Ribosomes translate mRNA into protein. Despite divergence in ribosome structure over the course of evolution, the catalytic site, known as the peptidyl transferase centre (PTC), is thought to be ...Ribosomes translate mRNA into protein. Despite divergence in ribosome structure over the course of evolution, the catalytic site, known as the peptidyl transferase centre (PTC), is thought to be nearly universally conserved. Here we identify clades of archaea that have highly divergent ribosomal RNA sequences in the PTC. To understand how these PTC sequences fold, we determined cryo-EM structures of the 70S and 50S ribosomes to 2.4 Å and 2 Å, respectively, from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum calidifontis. PTC sequence variation leads to the rearrangement of key base triples, and differences between archaeal and bacterial ribosomal proteins enable sequence variation in archaeal PTCs. Finally, we identify an archaeal ribosome hibernation factor, Dri, that differs from known bacterial and eukaryotic hibernation factors and is found in multiple archaeal phyla. Overall, this work identifies factors that regulate ribosome function in archaea and reveals a larger diversity of the most ancient sequences in the ribosome.
履歴
登録2024年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 23S rRNA
2: 5S rRNA
3: Putative signal-transduction protein with CBS domains
AA: Large ribosomal subunit protein uL2
AB: Large ribosomal subunit protein uL3
AC: Large ribosomal subunit protein uL4
AD: Large ribosomal subunit protein uL5
AE: Large ribosomal subunit protein uL6
AF: Large ribosomal subunit protein eL8
AG: Large ribosomal subunit protein uL13
AH: Large ribosomal subunit protein eL13
AI: Large ribosomal subunit protein uL14
AJ: eL14
AK: eL14
AL: Large ribosomal subunit protein uL15
AM: 50S ribosomal protein L15e
AN: Large ribosomal subunit protein uL16
AO: Large ribosomal subunit protein uL18
AP: Large ribosomal subunit protein eL18
AQ: Large ribosomal subunit protein eL19
AR: Large ribosomal subunit protein eL20
AS: Large ribosomal subunit protein eL21
AT: Large ribosomal subunit protein uL22
AU: Large ribosomal subunit protein uL23
AV: Large ribosomal subunit protein uL24
AW: Large ribosomal subunit protein eL24
AX: Large ribosomal subunit protein uL29
AY: Large ribosomal subunit protein uL30
AZ: Large ribosomal subunit protein eL30
Aa: Large ribosomal subunit protein eL31
Ab: Large ribosomal subunit protein eL32
Ac: Large ribosomal subunit protein eL34
Ad: Large ribosomal subunit protein eL37
Ae: LSU ribosomal protein L38E
Af: Large ribosomal subunit protein eL39
Ag: Large ribosomal subunit protein eL40
Ah: eL42
Ai: Large ribosomal subunit protein eL43
Aj: DJ-1/PfpI domain-containing protein
Ak: PaREP1 domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,688,693264
ポリマ－1,674,85440
非ポリマー13,839224
水144,0127994
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 12

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 984007.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 41803.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: GenBank: 126248349

-
タンパク質 , 7種, 8分子 3AJAKAMAeAhAjAk

#3: タンパク質 Putative signal-transduction protein with CBS domains


分子量: 72127.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX58
#13: タンパク質 eL14


分子量: 11470.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L15e


分子量: 22623.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWR6
#33: タンパク質 LSU ribosomal protein L38E


分子量: 7954.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTT1
#36: タンパク質 eL42


分子量: 10603.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
#38: タンパク質 DJ-1/PfpI domain-containing protein


分子量: 20956.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTM7
#39: タンパク質 PaREP1 domain containing protein


分子量: 10938.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWU0

+
Large ribosomal subunit protein ... , 30種, 30分子 AAABACADAEAFAGAHAIALANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAfAgAi

#4: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 26240.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MS41
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3 / 50S ribosomal protein L3


分子量: 37240.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWI4
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 31602.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWI5
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20156.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXP8
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWV5
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 16013.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTA9
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 21736.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ7
#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 17939.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTP8
#12: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 15768.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX34
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L15


分子量: 17525.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUZ1
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16 / 50S ribosomal protein L10e


分子量: 19893.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXP3
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 23424.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ3
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 13224.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ6
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 17414.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ4
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20 / 50S ribosomal protein L18Ae / 50S ribosomal protein L20e / 50S ribosomal protein LX


分子量: 8929.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX77
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21 / 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11319.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWX9
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 21309.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTL6
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 9307.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWI6
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 14588.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MWZ8
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24 / 50S ribosomal protein L24e


分子量: 7102.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTA8
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 9158.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MTL2
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 20287.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MU87
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30 / 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10886.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MXZ2
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31 / 50S ribosomal protein L31e


分子量: 10668.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX75
#30: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 18172.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MSJ5
#31: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34 / 50S ribosomal protein L34e


分子量: 9373.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MV68
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 6174.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MY38
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39 / 50S ribosomal protein L39e


分子量: 6030.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUU4
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 50S ribosomal protein L40e


分子量: 6356.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MX99
#37: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 11387.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
参照: UniProt: A3MUM7

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非ポリマー , 4種, 8218分子

#40: 化合物...
ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#41: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#42: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#43: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7994 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#39 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 (古細菌)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
210 mMPotassium ChlorideKCl1
320 mMMagnesium AcetateMg(CH3COO)21
43 mMSpermineC10H26N41
52 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7318

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
13Cootモデル精密化
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2360632
3次元再構成解像度: 1.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183467 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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