PDB-9clz: Novel designed icosahedral nanoparticle I3-A6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9clz

タイトル

Novel designed icosahedral nanoparticle I3-A6

要素

I3-A6

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / Thermophile / nanoparticle / icosahedron / dehydratase

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Haas, C.M. / Jasti, N. / Dosey, A.M. / Gillespie, R. / Allen, J.D. / Leaf, E.M. / Crispin, M. / DeForest, C. / Kanekiyo, M. / King, N.P.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: From sequence to scaffold: computational design of protein nanoparticle vaccines from AlphaFold2-predicted building blocks
著者: Haas, C.M. / Jasti, N. / Dosey, A.M. / Allen, J.D. / Gillespie, R. / McGowan, J. / Leaf, E.M. / Crispin, M. / DeForest, C. / Kanekiyo, M. / King, N.P.

履歴

登録	2024年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年7月16日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9clz.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9clz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9clz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9clz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9clz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9clz_validation.xml.gz	158.3 KB	表示
CIF形式データ	9clz_validation.cif.gz	280.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/9clz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/9clz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45734MC 45735C 9cm0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

0: I3-A6

1: I3-A6

2: I3-A6

3: I3-A6

4: I3-A6

5: I3-A6

6: I3-A6

7: I3-A6

8: I3-A6

9: I3-A6

A: I3-A6

B: I3-A6

C: I3-A6

D: I3-A6

E: I3-A6

F: I3-A6

G: I3-A6

H: I3-A6

I: I3-A6

J: I3-A6

K: I3-A6

L: I3-A6

M: I3-A6

N: I3-A6

O: I3-A6

P: I3-A6

Q: I3-A6

R: I3-A6

S: I3-A6

T: I3-A6

U: I3-A6

V: I3-A6

W: I3-A6

X: I3-A6

Y: I3-A6

Z: I3-A6

c: I3-A6

d: I3-A6

e: I3-A6

f: I3-A6

g: I3-A6

h: I3-A6

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j: I3-A6

k: I3-A6

l: I3-A6

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n: I3-A6

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s: I3-A6

t: I3-A6

u: I3-A6

v: I3-A6

w: I3-A6

x: I3-A6

y: I3-A6

z: I3-A6

1.26 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... I3-A6 分子量: 20963.756 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21 (大腸菌) / プラスミド: pET29b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Novel designed icosahedral nanoparticle I3-A6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影	電子線照射量: 52 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 290122 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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