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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9cai | ||||||
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タイトル | High-resolution C. elegans 80S ribosome structure - class 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / endogenous purified 80S ribosome | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / mTORC1-mediated signalling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition ...Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / mTORC1-mediated signalling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / ABC-family proteins mediated transport / Degradation of DVL / Regulation of FZD by ubiquitination / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cyclin D associated events in G1 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interleukin-1 signaling / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Protein hydroxylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Downregulation of ERBB4 signaling / Formation of Incision Complex in GG-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / Aggrephagy / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Orc1 removal from chromatin / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Stimuli-sensing channels / Regulation of TNFR1 signaling / Metalloprotease DUBs / Downregulation of ERBB2 signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RAS processing / KEAP1-NFE2L2 pathway / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Iron uptake and transport / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Ovarian tumor domain proteases / Peroxisomal protein import / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Regulation of signaling by CBL / Clathrin-mediated endocytosis / Ub-specific processing proteases / polarity specification of anterior/posterior axis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / determination of adult lifespan / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å | ||||||
データ登録者 | Sehgal, E. / Serrao, V.H.B. / Arribere, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2024 タイトル: High-Resolution Reconstruction of a C. elegans Ribosome Sheds Light on Evolutionary Dynamics and Tissue Specificity. 著者: Enisha Sehgal / Chloe Wohlenberg / Evan M Soukup / Marcus J Viscardi / Vitor Hugo Balasco Serrão / Joshua A Arribere / 要旨: Caenorhabditis elegans is an important model organism for human health and disease, with foundational contributions to the understanding of gene expression and tissue patterning in animals. An ...Caenorhabditis elegans is an important model organism for human health and disease, with foundational contributions to the understanding of gene expression and tissue patterning in animals. An invaluable tool in modern gene expression research is the presence of a high-resolution ribosome structure, though no such structure exists for C. elegans. Here we present a high-resolution single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) reconstruction and molecular model of a C. elegans ribosome, revealing a significantly streamlined animal ribosome. Many facets of ribosome structure are conserved in C. elegans, including overall ribosomal architecture and the mechanism of cycloheximide, while other facets such as expansion segments and eL28 are rapidly evolving. We identify uL5 and uL23 as two instances of tissue-specific ribosomal protein paralog expression conserved in Caenorhabditis, suggesting that C. elegans ribosomes vary across tissues. The C. elegans ribosome structure will provide a basis for future structural, biochemical, and genetic studies of translation in this important animal system. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9cai.cif.gz | 9.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9cai.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9cai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9cai_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9cai_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9cai_validation.xml.gz | 314.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9cai_validation.cif.gz | 542.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/9cai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/9cai | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45392MC 9bh5C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.6019/EMPIAR-12219 / データの種類: EMPIAR / 詳細: EMPIAR-12219 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+Small ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 AAABACADAEARASATAaAOAIAFAMAVANAZAdAYAUAGAbAPAcAXALAJAQAH
+Large ribosomal subunit protein ... , 37種, 37分子 CACBCFCSCVCUCLCGCICOCCChCECoCfCiClCNCaCpCMCcCHCYCRCQCTCDCZCP...
-RNA鎖 , 6種, 6分子 DAA7A8B2A5DC
#3: RNA鎖 | 分子量: 24533.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 351064414 |
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#9: RNA鎖 | 分子量: 38254.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 6842 |
#10: RNA鎖 | 分子量: 49250.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 6830 |
#11: RNA鎖 | 分子量: 565164.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 25167357 |
#12: RNA鎖 | 分子量: 1132082.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 2112362711 |
#79: RNA鎖 | 分子量: 3016.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
-タンパク質 , 5種, 5分子 AKAWCbCmCj
#14: タンパク質 | 分子量: 16897.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O01869 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 14758.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O17218 |
#63: タンパク質 | 分子量: 7249.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O45226 |
#72: タンパク質 | 分子量: 14680.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49632 |
#76: タンパク質 | 分子量: 10536.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O62388 |
-Ubiquitin-like ... , 2種, 2分子 AfAe
#19: タンパク質 | 分子量: 18135.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P37165 |
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#34: タンパク質 | 分子量: 14058.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q18231 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Cn
#69: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3012.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#80: 化合物 | ChemComp-SPD / |
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#81: 化合物 | ChemComp-3HE / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Caenorhabditis elegans 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40.94 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8337 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 695837 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145659 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 59.4 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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