PDB-9bzp: Homomeric alpha3 glycine receptor in the presence of 0.1 millimol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bzp

タイトル

Homomeric alpha3 glycine receptor in the presence of 0.1 millimolar glycine and 1 micromolar zinc in a desensitized state

要素

Glycine receptor subunit alpha-3

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Glycine / Ion Channel / Ligand-Gated / Pentameric

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine-gated chloride ion channel activity / glycine-gated chloride channel complex / Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / neurotransmitter receptor activity / glycine binding / transmembrane transporter complex / chloride transmembrane transport / protein homooligomerization / transmembrane signaling receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Kindig, K. / Gibbs, E. / Chakrapani, S.

資金援助

米国, 6件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM131216	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM134896	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	3R01GM108921-03S1	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM108921-5S1	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	3R01GM131216-1S1	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD032437	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Physiological modulation of alpha3 glycine receptors
著者: Kindig, K. / Gibbs, E. / Chakrapani, S.

履歴

登録	2024年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bzp.cif.gz	468.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bzp.ent.gz	347 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bzp_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bzp_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9bzp_validation.xml.gz	66.8 KB	表示
CIF形式データ	9bzp_validation.cif.gz	87.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/9bzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45073MC 44900C 44933C 44934C 44963C 44964C 44970C 44974C 44976C 9bu3C 9bvhC 9bvjC 9bwbC 9bwcC 9bweC 9bwgC 9bwjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (11) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (9) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (11)
#71 - 2005年11月
アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor)
類似性 (9)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (1)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycine receptor subunit alpha-3

B: Glycine receptor subunit alpha-3

C: Glycine receptor subunit alpha-3

D: Glycine receptor subunit alpha-3

E: Glycine receptor subunit alpha-3

ヘテロ分子

313 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 10分子 ABCDE

#1: タンパク質

Glycine receptor subunit alpha-3

分子量: 55581.066 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLRA3
発現宿主:

Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: O75311

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 65分子

#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	... ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸分子量: 746.566 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₉O₁₉P₃
#6: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Pentameric Assembly of Human Glycine Receptor Subtype Alpha3 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: .25 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性	点対称性: C₅ (5回回転対称)
3次元再構成	解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21478 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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