PDB-9bh5: High-resolution C. elegans 80S ribosome structure - class 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bh5

タイトル

High-resolution C. elegans 80S ribosome structure - class 1

要素

(Large ribosomal subunit protein ...) x 37
(Small ribosomal subunit protein ...) x 28
(Ubiquitin-like ...) x 2
18S rRNA
28S rRNA
5.8S rRNA
5S rRNA
60S ribosomal protein L29
Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein
Ribosomal Protein, Small subunit
Ribosomal protein L37
Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
eL41
mRNA
tRNA

キーワード

RIBOSOME / Caenorhabditis elegans / high-resolution single-particle analysis / endogenous purified 80S ribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / mTORC1-mediated signalling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition ...Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / mTORC1-mediated signalling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / ABC-family proteins mediated transport / Degradation of DVL / Regulation of FZD by ubiquitination / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Hedgehog ligand biogenesis / Hedgehog 'on' state / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Negative regulation of MAPK pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cyclin D associated events in G1 / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Interleukin-1 signaling / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Protein hydroxylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Downregulation of ERBB4 signaling / Formation of Incision Complex in GG-NER / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Neddylation / Aggrephagy / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Orc1 removal from chromatin / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Stimuli-sensing channels / Regulation of TNFR1 signaling / Metalloprotease DUBs / Downregulation of ERBB2 signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RAS processing / KEAP1-NFE2L2 pathway / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Iron uptake and transport / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Ovarian tumor domain proteases / Peroxisomal protein import / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Regulation of signaling by CBL / Clathrin-mediated endocytosis / Ub-specific processing proteases / polarity specification of anterior/posterior axis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / determination of adult lifespan / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis
類似検索 - 分子機能

Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30e / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily ...Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L30e / : / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / : / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / : / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / : / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L40e superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性

Chem-3HE / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL34 ...Chem-3HE / SPERMIDINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Ribosomal Protein, Small subunit / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / 60S ribosomal protein L29 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Ribosomal protein L37 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Ubiquitin-like protein 1-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquitin-like domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL5B / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL23B / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL30
類似検索 - 構成要素

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Sehgal, E. / Serrao, V.H.B. / Arribere, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2024
タイトル: High-Resolution Reconstruction of a C. elegans Ribosome Sheds Light on Evolutionary Dynamics and Tissue Specificity.
著者: Enisha Sehgal / Chloe Wohlenberg / Evan M Soukup / Marcus J Viscardi / Vitor Hugo Balasco Serrão / Joshua A Arribere /

要旨: Caenorhabditis elegans is an important model organism for human health and disease, with foundational contributions to the understanding of gene expression and tissue patterning in animals. An ...

履歴

登録	2024年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.2	2024年9月25日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bh5.cif.gz	7.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bh5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9bh5_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9bh5_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	9bh5_validation.xml.gz	319.3 KB	表示
CIF形式データ	9bh5_validation.cif.gz	552.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44533MC 45392C 9caiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.6019/EMPIAR-12219 / データの種類: EMPIAR / 詳細: EMPIAR-12219

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (75) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (3) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (76) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (7) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (222) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (101) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (2) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (75)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (3)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (76)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (7)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (222)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (101)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (2)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

AD: Small ribosomal subunit protein uS3

AB: Small ribosomal subunit protein eS1

AC: Small ribosomal subunit protein uS5

AE: Small ribosomal subunit protein eS4

A7: 5S rRNA

A8: 5.8S rRNA

B2: 18S rRNA

A5: 28S rRNA

AR: Small ribosomal subunit protein eS17

AK: Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein

AW: Ribosomal Protein, Small subunit

AS: Small ribosomal subunit protein uS13

AT: Small ribosomal subunit protein eS19

Aa: Small ribosomal subunit protein eS26

Af: Ubiquitin-like protein 1-ribosomal protein eS31 fusion protein

AA: Small ribosomal subunit protein uS2

AO: Small ribosomal subunit protein uS11

AI: Small ribosomal subunit protein eS8

AF: Small ribosomal subunit protein uS7

AM: Small ribosomal subunit protein eS12

AV: Small ribosomal subunit protein eS21

AN: Small ribosomal subunit protein uS15

AZ: Small ribosomal subunit protein eS25

Ad: Small ribosomal subunit protein uS14

AY: Small ribosomal subunit protein eS24

AU: Small ribosomal subunit protein uS10

AG: Small ribosomal subunit protein eS6

Ab: Small ribosomal subunit protein eS27

AP: Small ribosomal subunit protein uS19

Ac: Small ribosomal subunit protein eS28

Ae: Ubiquitin-like domain-containing protein

AX: Small ribosomal subunit protein uS12

AL: Small ribosomal subunit protein uS17

AJ: Small ribosomal subunit protein uS4

AQ: Small ribosomal subunit protein uS9

AH: Small ribosomal subunit protein eS7

CF: Large ribosomal subunit protein uL30

CS: Large ribosomal subunit protein eL20

CV: Large ribosomal subunit protein uL14

CB: Large ribosomal subunit protein uL3

CU: Large ribosomal subunit protein eL22

CL: Large ribosomal subunit protein eL13

CA: Large ribosomal subunit protein uL2

CG: Large ribosomal subunit protein eL8

CI: Large ribosomal subunit protein uL16

CO: Large ribosomal subunit protein uL13

CC: Large ribosomal subunit protein uL4

Ch: Large ribosomal subunit protein uL29

CE: Large ribosomal subunit protein eL6

Co: Large ribosomal subunit protein eL42

Cf: Large ribosomal subunit protein eL33

Ci: Large ribosomal subunit protein eL36

Cl: Large ribosomal subunit protein eL39

CN: Large ribosomal subunit protein eL15

Ca: Large ribosomal subunit protein uL15

Cp: Large ribosomal subunit protein eL43

CM: Large ribosomal subunit protein eL14

Cc: Large ribosomal subunit protein eL30

CH: Large ribosomal subunit protein uL6

CY: Large ribosomal subunit protein uL24

CR: Large ribosomal subunit protein eL19

Cb: 60S ribosomal protein L29

CQ: Large ribosomal subunit protein eL18

CT: Large ribosomal subunit protein eL21

CD: Large ribosomal subunit protein uL18

CZ: Large ribosomal subunit protein eL27

CP: Large ribosomal subunit protein uL22

Cn: eL41

Cg: Large ribosomal subunit protein eL34

Ck: Large ribosomal subunit protein eL38

Cm: Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein

Cd: Large ribosomal subunit protein eL31

Ce: Large ribosomal subunit protein eL32

CW: Large ribosomal subunit protein eL24

Cj: Ribosomal protein L37

CJ: Large ribosomal subunit protein uL5B

CX: Large ribosomal subunit protein uL23B

DA: tRNA

DB: tRNA

DC: mRNA

ヘテロ分子

3.19 MDa, 80 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

+
Small ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 ADABACAEARASATAaAAAOAIAFAMAVANAZAdAYAUAGAbAPAcAXALAJAQAH

#1: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S3 分子量: 27356.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P48152
#2: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S3a 分子量: 29014.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P48154
#3: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2 分子量: 29011.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P51403
#4: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS4 / 40S ribosomal protein S4 分子量: 29101.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9N3X2
#9: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS17 / 40S ribosomal protein S17 分子量: 14966.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O01692
#12: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS13 / 40S ribosomal protein S18 分子量: 17809.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O18240
#13: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19 分子量: 16355.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O18650
#14: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS26 / 40S ribosomal protein S26 分子量: 13282.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O45499
#16: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein SA 分子量: 30735.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P46769
#17: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14 分子量: 16278.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P48150
#18: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS8 / 40S ribosomal protein S8 分子量: 23800.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P48156
#19: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS7 / 40S ribosomal protein S5 分子量: 23189.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49041
#20: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS12 / 40S ribosomal protein S12 分子量: 15092.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49196
#21: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21 分子量: 9688.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49197
#22: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS15 / 40S ribosomal protein S13 分子量: 17354.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P51404
#23: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS25 / 40S ribosomal protein S25 分子量: 12943.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P52821
#24: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS14 / 40S ribosomal protein S29 分子量: 6568.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P90983
#25: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS24 / 40S ribosomal protein S24 分子量: 14908.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q1XFY9
#26: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20 分子量: 13258.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q8WQA8
#27: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS6 / 40S ribosomal protein S6 分子量: 28201.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9NEN6
#28: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS27 / 40S ribosomal protein S27 分子量: 9364.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9TXP0
#29: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS19 / 40S ribosomal protein S15 分子量: 17279.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9XVP0
#30: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS28 / 40S ribosomal protein S28 分子量: 7449.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q95Y04
#32: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS12 / 40S ribosomal protein S23 分子量: 15909.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q19877
#33: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS17 / 40S ribosomal protein S11 分子量: 17782.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q20206
#34: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS4 / 40S ribosomal protein S9 分子量: 22006.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q20228
#35: タンパク質	Small ribosomal subunit protein uS9 / 40S ribosomal protein S16 分子量: 16348.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22054
#36: タンパク質	Small ribosomal subunit protein eS7 / 40S ribosomal protein S7 分子量: 22100.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q23312

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 A7A8B2A5DADBDC

#5: RNA鎖	5S rRNA 分子量: 38254.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 6842
#6: RNA鎖	5.8S rRNA 分子量: 49250.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 6830
#7: RNA鎖	18S rRNA 分子量: 565164.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: GenBank: 25167357
#8: RNA鎖	28S rRNA 分子量: 1132082.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#78: RNA鎖	tRNA 分子量: 24533.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#79: RNA鎖	mRNA 分子量: 3016.700 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
タンパク質 , 5種, 5分子 AKAWCbCmCj

#10: タンパク質	Plectin/S10 N-terminal domain-containing protein 分子量: 16897.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O01869
#11: タンパク質	Ribosomal Protein, Small subunit 分子量: 14758.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O17218
#62: タンパク質	60S ribosomal protein L29 分子量: 7249.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O45226
#71: タンパク質	Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / CEP52 分子量: 14680.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49632
#75: タンパク質	Ribosomal protein L37 分子量: 10536.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O62388

-
Ubiquitin-like ... , 2種, 2分子 AfAe

#15: タンパク質	Ubiquitin-like protein 1-ribosomal protein eS31 fusion protein 分子量: 18135.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P37165
#31: タンパク質	Ubiquitin-like domain-containing protein 分子量: 14058.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q18231

+
Large ribosomal subunit protein ... , 37種, 37分子 CFCSCVCBCUCLCACGCICOCCChCECoCfCiClCNCaCpCMCcCHCYCRCQCTCDCZCP...

#37: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL30 / 60S ribosomal protein L7 分子量: 28185.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O01802
#38: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL20 / 60S ribosomal protein L18a 分子量: 21001.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O44480
#39: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL14 / 60S ribosomal protein L23 分子量: 14979.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P48158
#40: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL3 / 60S ribosomal protein L3 分子量: 45759.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P50880
#41: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L22 分子量: 14979.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P52819
#42: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL13 / 60S ribosomal protein L13 分子量: 23809.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P91128
#43: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL2 / 60S ribosomal protein L8 分子量: 28267.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9XVF7
#44: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL8 / 60S ribosomal protein L7a 分子量: 30240.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q966C6
#45: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL16 / 60S ribosomal protein L10 / QM protein homolog 分子量: 24800.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q09533
#46: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL13 / 60S ribosomal protein L13a 分子量: 23044.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q27389
#47: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L4 分子量: 38735.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O02056
#48: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL29 / 60S ribosomal protein L35 分子量: 14232.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34662
#49: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL6 / 60S ribosomal protein L6 分子量: 24364.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P47991
#50: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL42 / 60S ribosomal protein L44 / L41 / Ribosomal protein rpl-36.A 分子量: 12403.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P48166
#51: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL33 / 60S ribosomal protein L35a 分子量: 13797.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49180
#52: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL36 / 60S ribosomal protein L36 分子量: 11916.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49181
#53: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L39 分子量: 6347.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P52814
#54: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL15 / 60S ribosomal protein L15 分子量: 24187.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P91374
#55: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL15 / 60S ribosomal protein L27a 分子量: 16245.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9BKU5
#56: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL43 / 60S ribosomal protein L37a 分子量: 10126.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9U2A8
#57: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL14 / 60S ribosomal protein L14 分子量: 15384.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9XVE9
#58: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL30 / 60S ribosomal protein L30 分子量: 12453.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9XWS4
#59: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL6 / 60S ribosomal protein L9 分子量: 21545.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q95Y90
#60: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL24 / 60S ribosomal protein L26 分子量: 16117.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q19869
#61: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL19 / 60S ribosomal protein L19 分子量: 23715.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O02639
#63: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL18 / 60S ribosomal protein L18 分子量: 21042.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O45946
#64: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL21 / 60S ribosomal protein L21 分子量: 18349.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34334
#65: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL18 / 60S ribosomal protein L5 分子量: 33451.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P49405
#66: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL27 / 60S ribosomal protein L27 分子量: 15765.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P91914
#67: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL22 / 60S ribosomal protein L17 分子量: 21560.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9BL19
#69: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL34 / 60S ribosomal protein L34 分子量: 12712.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: A3QMC5
#70: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L38 分子量: 8096.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O17570
#72: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL31 / 60S ribosomal protein L31 分子量: 14291.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9U332
#73: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal protein L32 分子量: 15554.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22716
#74: タンパク質	Large ribosomal subunit protein eL24 / 60S ribosomal protein L24 分子量: 17825.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O01868
#76: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL5B / 60S ribosomal protein L11-2 分子量: 22823.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q19162
#77: タンパク質	Large ribosomal subunit protein uL23B / 60S ribosomal protein L23a 2 分子量: 16320.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q20647

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Cn

#68: タンパク質・ペプチド	eL41 分子量: 3012.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#80: 化合物	ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₉N₃
#81: 化合物	ChemComp-3HE / 4-{(2R)-2-[(1S,3S,5S)-3,5-dimethyl-2-oxocyclohexyl]-2-hydroxyethyl}piperidine-2,6-dione / シクロヘキシミド分子量: 281.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃NO₄

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Caenorhabditis elegans 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#78 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 40.94 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8337

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	cryoSPARC	4.4.1	粒子像選択
2	SerialEM	v4.93	画像取得
4	cryoSPARC	4.4.1	CTF補正
7	Coot		モデルフィッティング
9	cryoSPARC	4.4.1	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	4.4.1	最終オイラー角割当
11	cryoSPARC	4.4.1	分類
12	cryoSPARC	4.4.1	３次元再構成
13	PHENIX	1.20.1_4487:	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 695837

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98135 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

B value: 59.4 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

+
Small ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 ADABACAEARASATAaAAAOAIAFAMAVANAZAdAYAUAGAbAPAcAXALAJAQAH

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 A7A8B2A5DADBDC

-
タンパク質 , 5種, 5分子 AKAWCbCmCj

-
Ubiquitin-like ... , 2種, 2分子 AfAe

+
Large ribosomal subunit protein ... , 37種, 37分子 CFCSCVCBCUCLCACGCICOCCChCECoCfCiClCNCaCpCMCcCHCYCRCQCTCDCZCP...

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Cn

-
非ポリマー , 2種, 2分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

+Small ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 ADABACAEARASATAaAAAOAIAFAMAVANAZAdAYAUAGAbAPAcAXALAJAQAH

-RNA鎖 , 6種, 7分子 A7A8B2A5DADBDC

-タンパク質 , 5種, 5分子 AKAWCbCmCj

-Ubiquitin-like ... , 2種, 2分子 AfAe

+Large ribosomal subunit protein ... , 37種, 37分子 CFCSCVCBCUCLCACGCICOCCChCECoCfCiClCNCaCpCMCcCHCYCRCQCTCDCZCP...

-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Cn

-非ポリマー , 2種, 2分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

+
Small ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 ADABACAEARASATAaAAAOAIAFAMAVANAZAdAYAUAGAbAPAcAXALAJAQAH

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 A7A8B2A5DADBDC

-
タンパク質 , 5種, 5分子 AKAWCbCmCj

-
Ubiquitin-like ... , 2種, 2分子 AfAe

+
Large ribosomal subunit protein ... , 37種, 37分子 CFCSCVCBCUCLCACGCICOCCChCECoCfCiClCNCaCpCMCcCHCYCRCQCTCDCZCP...

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Cn

-
非ポリマー , 2種, 2分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)