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- PDB-9bdp: 80S ribosome bound with angiogenin and complex of eEF1A and Ala-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bdp
タイトル80S ribosome bound with angiogenin and complex of eEF1A and Ala-tRNAAla
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 23
  • (60S ribosomal protein ...) x 28
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 10
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 4
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 40S_SA_C domain-containing protein
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Angiogenin
  • Elongation factor 1-alpha
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • eL41
  • eL42
  • eS21
  • eS26
  • mRNA
  • tRNAAla
  • tRNAfMet
  • uL11
キーワードRIBOSOME / Angiogenin / RNase
機能・相同性
機能・相同性情報


Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / melatonin binding / HSF1 activation / cell communication ...Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / melatonin binding / HSF1 activation / cell communication / tRNA export from nucleus / ribosomal subunit / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / fungal-type vacuole membrane / Adherens junctions interactions / Protein methylation / GAIT complex / oocyte maturation / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / homeostatic process / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / rRNA transcription / actin filament bundle assembly / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / translational elongation / basement membrane / 90S preribosome / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / T cell proliferation involved in immune response / RNA nuclease activity / protein-RNA complex assembly / erythrocyte development / translation elongation factor activity / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / positive regulation of phosphorylation / ovarian follicle development / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / maturation of LSU-rRNA / positive regulation of endothelial cell proliferation / Neutrophil degranulation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / cytosolic ribosome / RNA endonuclease activity / activation of protein kinase B activity / actin filament polymerization / cellular response to amino acid starvation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / response to hormone / negative regulation of protein phosphorylation / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of translation / small-subunit processome / positive regulation of protein secretion / protein kinase C binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / peptide binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / cellular response to type II interferon / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / GDP binding / ribosomal small subunit biogenesis / actin filament binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rhythmic process
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain ...Translation elongation factor EF1A, eukaryotic/archaeal / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / : / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L18e / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / : / Ribosomal protein S26e signature. / metallochaperone-like domain / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / TRASH domain / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein L30e signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL4 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / 40S ribosomal protein S4 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / 40S ribosomal protein SA / Small ribosomal subunit protein eS8 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Elongation factor 1-alpha / Angiogenin / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Loveland, A.B. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM127094 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural mechanism of angiogenin activation by the ribosome.
著者: Anna B Loveland / Cha San Koh / Robin Ganesan / Allan Jacobson / Andrei A Korostelev /
要旨: Angiogenin, an RNase-A-family protein, promotes angiogenesis and has been implicated in cancer, neurodegenerative diseases and epigenetic inheritance. After activation during cellular stress, ...Angiogenin, an RNase-A-family protein, promotes angiogenesis and has been implicated in cancer, neurodegenerative diseases and epigenetic inheritance. After activation during cellular stress, angiogenin cleaves tRNAs at the anticodon loop, resulting in translation repression. However, the catalytic activity of isolated angiogenin is very low, and the mechanisms of the enzyme activation and tRNA specificity have remained a puzzle. Here we identify these mechanisms using biochemical assays and cryogenic electron microscopy (cryo-EM). Our study reveals that the cytosolic ribosome is the activator of angiogenin. A cryo-EM structure features angiogenin bound in the A site of the 80S ribosome. The C-terminal tail of angiogenin is rearranged by interactions with the ribosome to activate the RNase catalytic centre, making the enzyme several orders of magnitude more efficient in tRNA cleavage. Additional 80S-angiogenin structures capture how tRNA substrate is directed by the ribosome into angiogenin's active site, demonstrating that the ribosome acts as the specificity factor. Our findings therefore suggest that angiogenin is activated by ribosomes with a vacant A site, the abundance of which increases during cellular stress. These results may facilitate the development of therapeutics to treat cancer and neurodegenerative diseases.
履歴
登録2024年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A18S: 18S rRNA
A28S: 28S rRNA
A58S: 5.8S rRNA
A5S: 5S rRNA
AL02: 60S ribosomal protein L8
AL03: 60S ribosomal protein L3
AL04: 60S ribosomal protein L4
AL05: 60S ribosomal protein L5
AL06: 60S ribosomal protein L6
AL07: 60S ribosomal protein L7
AL08: Large ribosomal subunit protein eL8
AL09: 60S ribosomal protein L9
AL10: Ribosomal protein L10
AL11: 60S ribosomal protein L11
AL12: uL11
AL13: Large ribosomal subunit protein eL13
AL14: 60S ribosomal protein L14
AL15: 60S ribosomal protein L15
AL16: Large ribosomal subunit protein uL13
AL17: 60S ribosomal protein L17
AL18: Large ribosomal subunit protein eL18
AL19: 60S ribosomal protein L19
AL20: 60S ribosomal protein L18a
AL21: 60S ribosomal protein L21
AL22: Large ribosomal subunit protein eL22
AL23: 60S ribosomal protein L23
AL24: Ribosomal protein L24
AL25: Large ribosomal subunit protein uL23
AL26: 60S ribosomal protein L26
AL27: 60S ribosomal protein L27
AL28: 60S ribosomal protein L27a
AL29: Large ribosomal subunit protein eL29
AL30: 60S ribosomal protein L30
AL31: 60S ribosomal protein L31
AL32: Large ribosomal subunit protein eL32
AL33: 60S ribosomal protein L35a
AL34: 60S ribosomal protein L34
AL35: 60S ribosomal protein L35
AL36: 60S ribosomal protein L36
AL37: 60S ribosomal protein L37
AL38: Large ribosomal subunit protein eL38
AL39: 60S ribosomal protein L39
AL40: Large ribosomal subunit protein eL40
AL41: eL41
AL42: eL42
AL43: 60S ribosomal protein L37a
ALNW: 60S ribosomal protein L28
ALP0: 60S acidic ribosomal protein P0
ANG: Angiogenin
ARAC: Receptor of activated protein C kinase 1
AS00: 40S_SA_C domain-containing protein
AS01: 40S ribosomal protein S3a
AS02: 40S ribosomal protein S2
AS03: 40S ribosomal protein S3
AS04: 40S ribosomal protein S4
AS05: Ribosomal protein S5
AS06: 40S ribosomal protein S6
AS07: Small ribosomal subunit protein eS7
AS08: 40S ribosomal protein S8
AS09: 40S ribosomal protein S9
AS10: 40S ribosomal protein S10
AS11: 40S ribosomal protein S11
AS12: 40S ribosomal protein S12
AS13: 40S ribosomal protein S13
AS14: Small ribosomal subunit protein uS11
AS15: 40S ribosomal protein S15
AS16: Small ribosomal subunit protein uS9
AS17: 40S ribosomal protein S17
AS18: 40S ribosomal protein S18
AS19: Small ribosomal subunit protein eS19
AS20: 40S ribosomal protein S20
AS21: eS21
AS22: 40S ribosomal protein S15a
AS23: 40S ribosomal protein S23
AS24: 40S ribosomal protein S24
AS25: 40S ribosomal protein S25
AS26: eS26
AS27: 40S ribosomal protein S27
AS28: 40S ribosomal protein S28
AS29: 40S ribosomal protein S29
AS30: 40S ribosomal protein S30
EF1A: Elongation factor 1-alpha
ETRN: tRNAfMet
MRNA: mRNA
PTRN: tRNAfMet
TIRN: tRNAAla


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,385,48186
ポリマ－3,385,48186
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
RNA鎖 , 7種, 8分子 A18SA28SA58SA5SETRNPTRNMRNATIRN

#1: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 602777.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte
#2: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1166972.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: GenBank: X06789.1
#83: RNA鎖 tRNAfMet


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1848934315
#84: RNA鎖 mRNA


分子量: 8591.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#85: RNA鎖 tRNAAla


分子量: 24486.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1163001469

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60S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 AL02AL03AL04AL05AL06AL07AL09AL11AL14AL15AL17AL19AL20AL21AL23AL26AL27AL28AL30AL31AL33AL34AL35AL36AL37AL39AL43ALNW

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 26998.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TT27
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 45119.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TL06
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 41101.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: A0A5F9DCT1
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34077.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: P19949
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 28818.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SKF7
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 26658.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SV32
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21627.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SWI6
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 19399.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TUB8
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 16217.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SZ12
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1T0C1
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SCJ6
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 21613.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TYL6
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20827.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TTY7
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SHQ2
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 13972.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1T6D1
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 15891.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SQH0
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TXF6
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16489.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SNY0
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 10914.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TDL2
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 12635.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SHG0
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SF08
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TXG5
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14435.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SIT5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11888.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TTQ5
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 10090.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: U3KPD5
#42: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39


分子量: 6324.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TTN1
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SY53
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 14220.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1U7L1

-
Large ribosomal subunit protein ... , 10種, 10分子 AL08AL13AL16AL18AL22AL25AL29AL32AL38AL40

#11: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / 60S ribosomal protein L7a


分子量: 27351.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1STW0
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13 / 60S ribosomal protein L13


分子量: 24200.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TKB3
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23144.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TVS8
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18 / 60S ribosomal protein L18


分子量: 21568.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TFE0
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L22


分子量: 11495.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TSG1
#28: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 60S ribosomal protein L23a


分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SE76
#32: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL29 / 60S ribosomal protein L29


分子量: 26708.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SGR6
#35: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32 / 60S ribosomal protein L32


分子量: 15022.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TUN8
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1U001
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL40 / 60S ribosomal protein L40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: P0DXC2

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 AL10AL24AS05

#13: タンパク質 Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10 (Predicted)


分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: B7NZQ2
#27: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 14131.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SE28
#56: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TFM5

-
タンパク質 , 9種, 9分子 AL12AL42ALP0ANGARACAS00AS21AS26EF1A

#15: タンパク質 uL11


分子量: 16561.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SMR7
#45: タンパク質 eL42


分子量: 12198.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: A0A5F9D391
#48: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0


分子量: 21521.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SPK4
#49: タンパク質 Angiogenin / Ribonuclease 5 / RNase 5


分子量: 16576.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANG, RNASE5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03950, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#50: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SJB4
#51: タンパク質 40S_SA_C domain-containing protein


分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TJH8
#72: タンパク質 eS21 / 40S ribosomal protein S21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TM82
#77: タンパク質 eS26 / 40S ribosomal protein S26


分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TFE8
#82: タンパク質 Elongation factor 1-alpha / EF-1-alpha / Eukaryotic elongation factor 1A / eEF1A / Translation elongation factor 1A


分子量: 50110.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ2168 / 参照: UniProt: P02994

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AL41

#44: タンパク質・ペプチド eL41 / 60s ribosomal protein l41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: A0A087WNH4

+
40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 AS01AS02AS03AS04AS06AS08AS09AS10AS11AS12AS13AS15AS17AS18AS20AS22AS23AS24AS25AS27AS28AS29AS30

#52: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 24759.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SS70
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 24441.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: O18789
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 25215.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte
参照: UniProt: G1TNM3, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29523.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TA47
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TM55
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TJW1
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 21649.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: B7NZS8
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 11529.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TPV3
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 17586.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TRM4
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 13048.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SFR8
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17057.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SP51
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 14246.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1U0Q2
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15250.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TU13
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 16898.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TPG3
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 11395.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SIZ2
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TG89
#74: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15626.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SZ47
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 14432.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1T3D8
#76: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 29512.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9348.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TZ76
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7007.069 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TIB4
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6559.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1U7M4
#81: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6317.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1T8A2

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Small ribosomal subunit protein ... , 4種, 4分子 AS07AS14AS16AS19

#58: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS7 / 40S ribosomal protein S7


分子量: 21629.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SVB0
#65: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14


分子量: 14431.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1T1F0
#67: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 16032.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1SGX4
#70: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 15611.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte / 参照: UniProt: G1TN62

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S ribosome bound with angiogenin and complex of eEF1A and Ala-tRNAAla
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 4.5 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cisTEM粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cisTEMCTF補正
10cisTEM初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
12FREALIGN分類
13FREALIGN３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 273774
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3604 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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