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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9b8p | ||||||
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タイトル | Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTON TRANSPORT / Mmebrane / Synaptic / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / clathrin-coated vesicle membrane ...Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / protein localization to cilium / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / regulation of cellular pH / vacuolar acidification / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / microvillus / cilium assembly / transmembrane transporter complex / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / ruffle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / secretory granule / cilium / synaptic vesicle membrane / melanosome / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / endosome / apical plasma membrane / centrosome / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Coupland, E.M. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: High-resolution electron cryomicroscopy of V-ATPase in native synaptic vesicles. 著者: Claire E Coupland / Ryan Karimi / Stephanie A Bueler / Yingke Liang / Gautier M Courbon / Justin M Di Trani / Cassandra J Wong / Rayan Saghian / Ji-Young Youn / Lu-Yang Wang / John L Rubinstein / 要旨: Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or ...Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or vacuolar-type ATPase (V-ATPase) powers neurotransmitter loading into synaptic vesicles (SVs), with the V complex dissociating from the membrane region of the enzyme before exocytosis. We isolated SVs from rat brain using SidK, a V-ATPase-binding bacterial effector protein. Single-particle electron cryomicroscopy allowed high-resolution structure determination of V-ATPase within the native SV membrane. In the structure, regularly spaced cholesterol molecules decorate the enzyme's rotor and the abundant SV protein synaptophysin binds the complex stoichiometrically. ATP hydrolysis during vesicle loading results in a loss of the V region of V-ATPase from the SV membrane, suggesting that loading is sufficient to induce dissociation of the enzyme. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9b8p.cif.gz | 966.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9b8p.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9b8p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9b8p_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9b8p_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9b8p_validation.xml.gz | 129.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9b8p_validation.cif.gz | 199.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/9b8p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 44351MC 9b8oC 9b8qC 9brbC 9brcC 9brdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 7分子 ABCHQRS
#1: タンパク質 | 分子量: 71483.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D4A133, H+-transporting two-sector ATPase #3: タンパク質 | | 分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503 #7: タンパク質 | 分子量: 65505.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 遺伝子: lpg0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZWW6 |
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-V-type proton ATPase subunit ... , 4種, 10分子 DEFIJKLMNO
#2: タンパク質 | 分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62815 #4: タンパク質 | 分子量: 26167.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PCU2 #5: タンパク質 | | 分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408 #6: タンパク質 | 分子量: 13690.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q8R2H0 |
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-非ポリマー , 1種, 1分子
#8: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, V1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 37.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198533 / 対称性のタイプ: POINT |