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万見
- PDB-9b6g: Cryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b6g
タイトルCryo-EM structure of the mouse TRPM8 channel in complex with the antagonist AMTB
要素Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPM8 / menthol receptor / cold receptor / PI(4 / 5)P2 / cooling agonists / temperature sensing / ion channel / sensory transduction / transient receptor potential ion channel / TRPM8 activation / TRPM8 inhibition / TRPM8 desensitization / TRPM8 antagonists
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / thermoception / response to temperature stimulus / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / monoatomic ion channel activity ...ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / thermoception / response to temperature stimulus / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / monoatomic ion channel activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / membrane raft / external side of plasma membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LQ7 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Yin, Y. / Park, C.-G. / Zhang, F. / Fedor, J. / Feng, S. / Suo, Y. / Im, W. / Lee, S.-Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Mechanisms of sensory adaptation and inhibition of the cold and menthol receptor TRPM8.
著者: Ying Yin / Cheon-Gyu Park / Feng Zhang / Justin G Fedor / Shasha Feng / Yang Suo / Wonpil Im / Seok-Yong Lee /
要旨: Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and ...Our sensory adaptation to cold and chemically induced coolness is mediated by the intrinsic property of TRPM8 channels to desensitize. TRPM8 is also implicated in cold-evoked pain disorders and migraine, highlighting its inhibitors as an avenue for pain relief. Despite the importance, the mechanisms of TRPM8 desensitization and inhibition remained unclear. We found, using cryo-electron microscopy, electrophysiology, and molecular dynamics simulations, that TRPM8 inhibitors bind selectively to the desensitized state of the channel. These inhibitors were used to reveal the overlapping mechanisms of desensitization and inhibition and that cold and cooling agonists share a common desensitization pathway. Furthermore, we identified the structural determinants crucial for the conformational change in TRPM8 desensitization. Our study illustrates how receptor-level conformational changes alter cold sensation, providing insights into therapeutic development.
履歴
登録2024年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
C: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
D: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)538,39132
ポリマ－526,1934
非ポリマー12,19728
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8 / Long transient receptor potential channel 6 / LTrpC-6 / LTrpC6 / Transient receptor potential p8 / Trp-p8


分子量: 131548.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpm8, Ltrpc6, Trpp8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8R4D5
#2: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#3: 化合物
ChemComp-LQ7 / N-(3-aminopropyl)-2-[(3-methylphenyl)methoxy]-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide / AMTB


分子量: 394.530 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C23H26N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 10053
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
画像処理
IDImage recording-ID
11
21
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択
IDImage processing-ID選択した粒子像数
113194454
223194454
対称性
IDImage processing-IDEntry-ID点対称性
119B6GC4 (4回回転対称)
219B6GC4 (4回回転対称)
329B6GC4 (4回回転対称)
429B6GC4 (4回回転対称)
3次元再構成
ID解像度 (Å)解像度の算出法粒子像の数Image processing-IDEntry-ID対称性のタイプ
12.81FSC 0.143 CUT-OFF6787119B6GPOINT
22.81FSC 0.143 CUT-OFF6787119B6GPOINT
32.81FSC 0.143 CUT-OFF6787129B6GPOINT
42.81FSC 0.143 CUT-OFF6787129B6GPOINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Another structural model from this study was used as the initial model for model building.
Source name: Other / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 2.81 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00229232
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66539996
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.6839556
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0374692
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0024904

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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