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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zne | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of W89F mutated Glutamate dehydrogenase from Thermococcus profundus in complex with NADP and GLU in the steady stage of reaction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Glutamate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Complex / NADP / Glutamate / Mutant | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / amino acid metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Thermococcus profundus (古細菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wakabayashi, T. / Nakasako, M. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 13件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Mechanism for drastic reduction in catalytic activity of Trp89Phe-mutated glutamate dehydrogenase revealed by cryoEM-sampling metastable conformation in action 著者: Wakabayashi, T. / Oide, M. / Matsui, Y. / Nakasako, M. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8zne.cif.gz | 86 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8zne.ent.gz | 62.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8zne.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8zne_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8zne_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8zne_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8zne_validation.cif.gz | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8zne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/8zne | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 60269MC 8zmuC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46360.004 Da / 分子数: 1 / 変異: W89F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus profundus (古細菌) / 遺伝子: gdhA, gdh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74024, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 化合物 | ChemComp-GLU / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexamer of W89F mutated glutamate dehydrogenase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.280 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Thermococcus profundus (古細菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 0.5 mM NADP, 100 mM Glutamate in 5 mM Tris-HCl at pH7.5. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 8.96 mg/mL GDH W89F | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Both sides of the grid were glow-discharged for 45 s at 20 mA and 20 Pa. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K 詳細: The sample solution was flash-frozen 2-h after mixing the protein solution and buffer solution. |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 350 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7651 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3534400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119274 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |