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- PDB-8z5u: Cryo-EM structure of the rod-export apparatus with partial hook w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z5u
タイトルCryo-EM structure of the rod-export apparatus with partial hook within the polar flagellar motor
要素
  • (Flagellar basal-body rod protein ...) x 3
  • (Flagellar biosynthetic protein ...) x 4
  • Flagellar M-ring protein
  • Flagellar basal body rod protein FlgB
  • Flagellar hook protein FlgE
  • Flagellar hook-basal body complex protein FliE
  • Leucine-rich repeat protein
キーワードMOTOR PROTEIN / Polar flagellum / Polar flagellar motor / Rod
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum basal body, rod / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / protein targeting / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar basal-body rod FlgF / Flagellar basal-body rod FlgG / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgB / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Type III secretion system inner membrane R protein ...Flagellar basal-body rod FlgF / Flagellar basal-body rod FlgG / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgB / Flagellar biosynthesis protein FliR / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export proteins, family 1 / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / Flagellar M-ring protein FliF / Flagellar M-ring C-terminal / Flagellar M-ring protein C-terminal / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar basal body rod protein FlgB / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgF / Flagellar basal-body rod protein FlgG / Flagellar biosynthetic protein FliR / : / : / : / : / : ...Flagellar basal body rod protein FlgB / Flagellar basal-body rod protein FlgC / Flagellar basal-body rod protein FlgF / Flagellar basal-body rod protein FlgG / Flagellar biosynthetic protein FliR / : / : / : / : / : / : / Flagellar M-ring protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Zhang, L. / Tan, J.X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81925024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U23A20163 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the rod-export apparatus with partial hook within the polar flagellar motor
著者: Zhang, L. / Tan, J.X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Flagellar hook protein FlgE
E: Flagellar hook protein FlgE
F: Flagellar hook protein FlgE
G: Flagellar hook protein FlgE
H: Flagellar hook protein FlgE
I: Flagellar hook protein FlgE
J: Flagellar hook protein FlgE
K: Flagellar hook protein FlgE
L: Flagellar hook protein FlgE
M: Flagellar hook protein FlgE
N: Flagellar hook protein FlgE
O: Flagellar hook protein FlgE
0: Leucine-rich repeat protein
1: Flagellar biosynthetic protein FliP
2: Flagellar biosynthetic protein FliP
3: Flagellar biosynthetic protein FliP
4: Flagellar biosynthetic protein FliQ
5: Flagellar biosynthetic protein FliQ
6: Flagellar biosynthetic protein FliQ
7: Flagellar biosynthetic protein FliQ
8: Flagellar biosynthetic protein FliR
9: Leucine-rich repeat protein
A: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AA: Flagellar M-ring protein
AB: Flagellar M-ring protein
AC: Flagellar M-ring protein
AD: Flagellar M-ring protein
AE: Flagellar M-ring protein
AF: Flagellar M-ring protein
AG: Flagellar M-ring protein
AH: Flagellar M-ring protein
AI: Flagellar M-ring protein
AJ: Flagellar M-ring protein
AK: Flagellar M-ring protein
AL: Flagellar M-ring protein
AM: Flagellar M-ring protein
AN: Flagellar M-ring protein
AO: Flagellar M-ring protein
B: Flagellar basal-body rod protein FlgG
C: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AP: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AQ: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AR: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AS: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AT: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AU: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AV: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AW: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AX: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AY: Flagellar basal-body rod protein FlgG
AZ: Flagellar basal-body rod protein FlgG
Aa: Flagellar basal-body rod protein FlgG
P: Flagellar basal-body rod protein FlgG
Q: Flagellar basal-body rod protein FlgG
R: Flagellar basal-body rod protein FlgG
S: Flagellar basal-body rod protein FlgG
T: Flagellar basal-body rod protein FlgG
U: Flagellar basal-body rod protein FlgG
V: Flagellar basal-body rod protein FlgG
W: Flagellar basal-body rod protein FlgG
X: Flagellar basal-body rod protein FlgG
Y: Flagellar basal-body rod protein FlgG
Z: Flagellar basal-body rod protein FlgG
a: Flagellar basal-body rod protein FlgG
b: Flagellar basal body rod protein FlgB
c: Flagellar basal body rod protein FlgB
d: Flagellar basal body rod protein FlgB
e: Flagellar basal body rod protein FlgB
f: Flagellar basal body rod protein FlgB
g: Flagellar basal-body rod protein FlgC
h: Flagellar basal-body rod protein FlgC
i: Flagellar basal-body rod protein FlgC
j: Flagellar basal-body rod protein FlgC
k: Flagellar basal-body rod protein FlgC
l: Flagellar basal-body rod protein FlgC
m: Flagellar basal-body rod protein FlgF
n: Flagellar basal-body rod protein FlgF
o: Flagellar basal-body rod protein FlgF
p: Flagellar basal-body rod protein FlgF
q: Flagellar basal-body rod protein FlgF
r: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
s: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
t: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
u: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
v: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
w: Flagellar hook-basal body complex protein FliE
x: Flagellar biosynthetic protein FlhB
y: Flagellar biosynthetic protein FliP
z: Flagellar biosynthetic protein FliP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,955,34789
ポリマ－2,955,34789
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 40分子 DEFGHIJKLMNO09AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOb...

#1: タンパク質
Flagellar hook protein FlgE


分子量: 47434.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4FJD7
#2: タンパク質 Leucine-rich repeat protein


分子量: 21518.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4FN72
#7: タンパク質
Flagellar M-ring protein


分子量: 63915.605 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: Q75N27
#8: タンパク質
Flagellar basal body rod protein FlgB


分子量: 14239.950 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0G9LZG6
#11: タンパク質
Flagellar hook-basal body complex protein FliE


分子量: 11135.679 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4FKP9

-
Flagellar biosynthetic protein ... , 4種, 11分子 123yz45678x

#3: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliP


分子量: 31314.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4BDZ6
#4: タンパク質
Flagellar biosynthetic protein FliQ


分子量: 10329.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4FKL4
#5: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FliR


分子量: 28905.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0YFV7
#12: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein FlhB


分子量: 42197.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4FKP7

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Flagellar basal-body rod protein ... , 3種, 38分子 ABCAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaPQRSTUVWXYZaghi...

#6: タンパク質 ...
Flagellar basal-body rod protein FlgG / Distal rod protein


分子量: 27908.943 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0YB44
#9: タンパク質
Flagellar basal-body rod protein FlgC


分子量: 14812.569 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0G9LZH2
#10: タンパク質
Flagellar basal-body rod protein FlgF


分子量: 26987.387 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0G9M4M9

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The polar flagellar motor-hook complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
11cryoSPARC初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
14cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 329955
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58418 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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