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- PDB-8z5n: Cryo-EM structure of the LPHT ring -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z5n
タイトルCryo-EM structure of the LPHT ring
要素
  • Component of sodium-driven polar flagellar motor
  • Flagella basal-body protein
  • Flagellar L-ring protein
  • Flagellar P-ring protein
  • Flagellar assembly lipoprotein FlgP
  • Sodium-type flagellar motor component
  • The N-terminus of Flagellar L-ring protein
キーワードMOTOR PROTEIN / Polar flagellum / Polar flagellar motor / LPHT ring / Bushing
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Flagellar protein FlgP ...Flagellar assembly protein T, N-terminal / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal / FlgT, C-terminal domain superfamily / MotY N-terminal domain / Flagellar assembly protein T, C-terminal domain / Flagellar assembly protein T, middle domain / Flagellar assembly protein T, N-terminal domain / MotY N-terminal domain / Flagellar protein FlgP / : / FlgT, N-terminal domain superfamily / Outer membrane protein, OmpA-like, conserved site / OmpA-like domain. / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar assembly lipoprotein FlgP / : / : / Flagella basal-body protein / Component of sodium-driven polar flagellar motor / Sodium-type flagellar motor component
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Zhang, L. / Tan, J.X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81925024 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U23A20163 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503900 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the LPHT ring
著者: Zhang, L. / Tan, J.X. / Zhou, Y. / Zhu, Y.Q.
履歴
登録2024年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年10月22日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Component of sodium-driven polar flagellar motor
B: Component of sodium-driven polar flagellar motor
C: Sodium-type flagellar motor component
D: Sodium-type flagellar motor component
E: Component of sodium-driven polar flagellar motor
F: Component of sodium-driven polar flagellar motor
G: Sodium-type flagellar motor component
H: Sodium-type flagellar motor component
I: Component of sodium-driven polar flagellar motor
J: Component of sodium-driven polar flagellar motor
K: Sodium-type flagellar motor component
L: Sodium-type flagellar motor component
M: Component of sodium-driven polar flagellar motor
N: Component of sodium-driven polar flagellar motor
O: Sodium-type flagellar motor component
P: Sodium-type flagellar motor component
Q: Component of sodium-driven polar flagellar motor
R: Component of sodium-driven polar flagellar motor
S: Sodium-type flagellar motor component
T: Sodium-type flagellar motor component
U: Component of sodium-driven polar flagellar motor
V: Component of sodium-driven polar flagellar motor
W: Sodium-type flagellar motor component
X: Sodium-type flagellar motor component
Y: Component of sodium-driven polar flagellar motor
Z: Component of sodium-driven polar flagellar motor
a: Sodium-type flagellar motor component
b: Sodium-type flagellar motor component
c: Component of sodium-driven polar flagellar motor
d: Component of sodium-driven polar flagellar motor
e: Sodium-type flagellar motor component
f: Sodium-type flagellar motor component
g: Component of sodium-driven polar flagellar motor
h: Component of sodium-driven polar flagellar motor
i: Sodium-type flagellar motor component
j: Sodium-type flagellar motor component
k: Component of sodium-driven polar flagellar motor
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m: Sodium-type flagellar motor component
n: Sodium-type flagellar motor component
o: Component of sodium-driven polar flagellar motor
p: Component of sodium-driven polar flagellar motor
q: Sodium-type flagellar motor component
r: Sodium-type flagellar motor component
s: Component of sodium-driven polar flagellar motor
t: Component of sodium-driven polar flagellar motor
u: Sodium-type flagellar motor component
v: Sodium-type flagellar motor component
w: Component of sodium-driven polar flagellar motor
x: Component of sodium-driven polar flagellar motor
y: Sodium-type flagellar motor component
z: Sodium-type flagellar motor component
1: Flagellar L-ring protein
2: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
3: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
4: Flagellar P-ring protein
5: Flagella basal-body protein
6: Flagellar L-ring protein
7: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
8: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
9: Flagellar P-ring protein
0: Flagella basal-body protein
AA: Flagellar L-ring protein
AB: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
AC: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
AD: Flagellar P-ring protein
AE: Flagella basal-body protein
AF: Flagellar L-ring protein
AG: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
AH: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
AI: Flagellar P-ring protein
AJ: Flagella basal-body protein
AK: Flagellar L-ring protein
AL: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
AM: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
AN: Flagellar P-ring protein
AO: Flagella basal-body protein
AP: Flagellar L-ring protein
AQ: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
AR: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
AS: Flagellar P-ring protein
AT: Flagella basal-body protein
AU: Flagellar L-ring protein
AV: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
AW: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
AX: Flagellar P-ring protein
AY: Flagella basal-body protein
AZ: Flagellar L-ring protein
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Ab: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
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Ad: Flagella basal-body protein
Ae: Flagellar L-ring protein
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Ah: Flagellar P-ring protein
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Aj: Flagellar L-ring protein
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Am: Flagellar P-ring protein
An: Flagella basal-body protein
Ao: Flagellar L-ring protein
Ap: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Aq: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Ar: Flagellar P-ring protein
As: Flagella basal-body protein
At: Flagellar L-ring protein
Au: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Av: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Aw: Flagellar P-ring protein
Ax: Flagella basal-body protein
Ay: Flagellar L-ring protein
Az: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
A1: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
A2: Flagellar P-ring protein
A3: Flagella basal-body protein
A4: Flagellar L-ring protein
A5: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
A6: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
A7: Flagellar P-ring protein
A8: Flagella basal-body protein
A9: Flagellar L-ring protein
A0: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BA: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
BB: Flagellar P-ring protein
BC: Flagella basal-body protein
BD: Flagellar L-ring protein
BE: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BF: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
BG: Flagellar P-ring protein
BH: Flagella basal-body protein
BI: Flagellar L-ring protein
BJ: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BK: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
BL: Flagellar P-ring protein
BM: Flagella basal-body protein
BN: Flagellar L-ring protein
BO: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BP: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
BQ: Flagellar P-ring protein
BR: Flagella basal-body protein
BS: Flagellar L-ring protein
BT: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BU: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
BV: Flagellar P-ring protein
BW: Flagella basal-body protein
BX: Flagellar L-ring protein
BY: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
BZ: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Ba: Flagellar P-ring protein
Bb: Flagella basal-body protein
Bc: Flagellar L-ring protein
Bd: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Be: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Bf: Flagellar P-ring protein
Bg: Flagella basal-body protein
Bh: Flagellar L-ring protein
Bi: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Bj: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Bk: Flagellar P-ring protein
Bl: Flagella basal-body protein
Bm: Flagellar L-ring protein
Bn: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Bo: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Bp: Flagellar P-ring protein
Bq: Flagella basal-body protein
Br: Flagellar L-ring protein
Bs: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
Bt: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Bu: Flagellar P-ring protein
Bv: Flagella basal-body protein
Bw: Flagellar L-ring protein
Bx: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
By: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
Bz: Flagellar P-ring protein
B1: Flagella basal-body protein
B2: Flagellar L-ring protein
B3: Flagellar assembly lipoprotein FlgP
B4: The N-terminus of Flagellar L-ring protein
B5: Flagellar P-ring protein
B6: Flagella basal-body protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,773,869182
ポリマ－4,773,869182
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 156分子 ABEFIJMNQRUVYZcdghklopstwxCDGH...

#1: タンパク質 ...
Component of sodium-driven polar flagellar motor / Sodium-type flagellar protein MotY


分子量: 33528.008 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: P74944
#2: タンパク質 ...
Sodium-type flagellar motor component / Sodium-type polar flagellar protein MotX


分子量: 24088.613 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: Q93R25
#3: タンパク質 ...
Flagellar L-ring protein / Basal body L-ring protein


分子量: 27929.951 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4BB53
#4: タンパク質 ...
Flagellar assembly lipoprotein FlgP / Flagellar biosynthesis protein FlgP


分子量: 16303.760 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A0H0Y943
#6: タンパク質 ...
Flagellar P-ring protein / Basal body P-ring protein


分子量: 37892.234 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: A0A9W4BSQ4
#7: タンパク質 ...
Flagella basal-body protein


分子量: 42417.168 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148 / 参照: UniProt: D9N551

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タンパク質・ペプチド , 1種, 26分子 38ACAHAMARAWAbAgAlAqAvA1A6BABFBKBPBUBZBeBjBoBtByB4

#5: タンパク質・ペプチド ...
The N-terminus of Flagellar L-ring protein


分子量: 1450.630 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The polar flagellar motor-hook complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio alginolyticus (バクテリア) / 株: KK148
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 329955
対称性点対称性: C13 (13回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45233 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: ModelAngelo / Source name: Other / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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