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万見
- PDB-8ysx: canine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ysx
タイトルcanine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 2
要素(Proteasome subunit ...) x 14
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / Proteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of NF-kappaB in B cells / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Downstream TCR signaling ...Activation of NF-kappaB in B cells / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Downstream TCR signaling / Separation of Sister Chromatids / FCERI mediated NF-kB activation / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Hedgehog 'on' state / Regulation of RAS by GAPs / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of RUNX3 expression and activity / Regulation of PTEN stability and activity / Neddylation / Interleukin-1 signaling / KEAP1-NFE2L2 pathway / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / MAPK6/MAPK4 signaling / spermatoproteasome complex / proteasome core complex / immune system process / fat cell differentiation / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / threonine-type endopeptidase activity / T cell proliferation / proteolysis involved in protein catabolic process / P-body / response to virus / cell morphogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / : / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Proteasome subunit alpha 1 / : / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type ...: / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta type-8
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kashima, A. / Arai, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg Med Chem / 年: 2024
タイトル: Optimization of α-amido boronic acids via cryo-electron microscopy analysis: Discovery of a novel highly selective immunoproteasome subunit LMP7 (β5i)/LMP2 (β1i) dual inhibitor.
著者: Yuuki Arai / Hiroaki Shitama / Masahito Yamagishi / Satoshi Ono / Akiko Kashima / Masahiro Hiraizumi / Naoki Tsuda / Koushirou Katayama / Kouji Tanaka / Yuzo Koda / Sayuka Kato / Kei Sakata / ...著者: Yuuki Arai / Hiroaki Shitama / Masahito Yamagishi / Satoshi Ono / Akiko Kashima / Masahiro Hiraizumi / Naoki Tsuda / Koushirou Katayama / Kouji Tanaka / Yuzo Koda / Sayuka Kato / Kei Sakata / Osamu Nureki / Hiroshi Miyazaki /
要旨: The immunoproteasome subunit LMP7 (β5i)/LMP2 (β1i) dual blockade has been reported to suppress B cell differentiation and activation, suggesting that the dual inhibition of LMP7/LMP2 is a promising ...The immunoproteasome subunit LMP7 (β5i)/LMP2 (β1i) dual blockade has been reported to suppress B cell differentiation and activation, suggesting that the dual inhibition of LMP7/LMP2 is a promising approach for treating autoimmune diseases. In contrast, the inhibition of the constitutive proteasome subunit β5c correlates with cytotoxicity against non-immune cells. Therefore, LMP7/LMP2 dual inhibitors with high selectivity over β5c may be desirable for treating autoimmune diseases. In this study, we present the optimization and discovery of α-amido boronic acids using cryo-electron microscopy (cryo-EM). The exploitation of structural differences between the proteasome subunits led to the identification of a highly selective LMP7/LMP2 dual inhibitor 19. Molecular dynamics simulation based on cryo-EM structures of the proteasome subunits complexed with 19 explained the inhibitory activity profile. In mice immunized with 4-hydroxy-3-nitrophenylacetyl conjugated to ovalbumin, results indicate that 19 is orally bioavailable and shows promise as potential treatment for autoimmune diseases.
履歴
登録2024年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit alpha type
M: Proteasome subunit alpha type
N: Proteasome subunit alpha type
O: Proteasome subunit alpha type
R: Proteasome subunit alpha type
T: Proteasome subunit beta
U: Proteasome subunit beta
a: Proteasome subunit beta
C: Proteasome subunit beta type-8
b: Proteasome subunit alpha type
X: Proteasome subunit beta
H: Proteasome subunit alpha type
I: Proteasome subunit alpha type
J: Proteasome subunit alpha type
V: Proteasome subunit beta
Y: Proteasome subunit beta
Z: Proteasome subunit alpha type
G: Proteasome subunit alpha type
E: Proteasome subunit beta
W: Proteasome subunit beta
B: Proteasome subunit beta
Q: Proteasome subunit alpha type
A: Proteasome subunit beta
K: Proteasome subunit alpha type
D: Proteasome subunit beta type-8
P: Proteasome subunit alpha type
S: Proteasome subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,37432
ポリマ－730,61728
非ポリマー1,7574
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

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要素

-
Proteasome subunit ... , 14種, 28分子 FALGMHNIOZRKTVUYaWCDbPXSJQEB

#1: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 21134.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0T7K4
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 29523.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8I3PML0
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 26435.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0NHD1
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 27911.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0TD63
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 29524.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0TIY6
#6: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 27418.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0SR54
#7: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22808.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0QE86
#8: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 23002.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0M3N7
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 29191.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0MRG6
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit beta-5i


分子量: 22629.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: Q5W416, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 25927.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0QRK5
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 26431.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0N5D2
#13: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 28484.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0R9W7
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 24884.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0SLB3

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非ポリマー , 2種, 20分子

#15: 化合物
ChemComp-A1L0D / [(2~{R},3~{R})-3-azanyl-4-oxidanyl-butan-2-yl]oxy-[(~{R})-cyclohexyl-[(1-cyclohexyl-1,2,3-triazol-4-yl)carbonylamino]methyl]-$l^{3}-oxidanyl-oxidanyl-boron


分子量: 439.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38BN5O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 20S immunoproteasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9, #11-#14 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 56.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0257 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 304965 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.2→2.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.789 / SU B: 7.471 / SU ML: 0.162 / ESU R: 0.263
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3041 --
obs0.3041 532172 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 47.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å2-0.92 Å20 Å2
2---0.21 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 47972
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0120.01248838
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.9381.63666020
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.58756132
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.8922.0162490
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg18.715158474
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg20.53415330
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1270.26406
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0110.0236998
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.4774.01824626
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it9.0976.03830724
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it10.5845.22724212
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined19.08479.918200967
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11E13590
12B13590
21F12812
22A12812
31L15432
32G15432
41M14438
42H14438
51N14768
52I14768
61O15494
62Z15494
71P14862
72b14862
81Q15754
82J15754
91R15228
92K15228
101T13146
102V13146
111U13500
112Y13500
121a14134
122W14134
131C13680
132D13680
141X13856
142S13856
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.615 39576 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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