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万見
- PDB-8yvg: canine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yvg
タイトルcanine immunoproteasome 20S subunit in complex with compound 1
要素(Proteasome subunit ...) x 14
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / Immunoproteasome
機能・相同性
機能・相同性情報


Proteasome assembly / spermatoproteasome complex / proteasome core complex / fat cell differentiation / immune system process / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process ...Proteasome assembly / spermatoproteasome complex / proteasome core complex / fat cell differentiation / immune system process / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / T cell proliferation / proteolysis involved in protein catabolic process / P-body / cell morphogenesis / response to virus / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit ...Proteasome subunit alpha 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type ...: / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit alpha type / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-8
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kashima, A. / Arai, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg Med Chem / 年: 2024
タイトル: Optimization of α-amido boronic acids via cryo-electron microscopy analysis: Discovery of a novel highly selective immunoproteasome subunit LMP7 (β5i)/LMP2 (β1i) dual inhibitor.
著者: Yuuki Arai / Hiroaki Shitama / Masahito Yamagishi / Satoshi Ono / Akiko Kashima / Masahiro Hiraizumi / Naoki Tsuda / Koushirou Katayama / Kouji Tanaka / Yuzo Koda / Sayuka Kato / Kei Sakata / ...著者: Yuuki Arai / Hiroaki Shitama / Masahito Yamagishi / Satoshi Ono / Akiko Kashima / Masahiro Hiraizumi / Naoki Tsuda / Koushirou Katayama / Kouji Tanaka / Yuzo Koda / Sayuka Kato / Kei Sakata / Osamu Nureki / Hiroshi Miyazaki /
要旨: The immunoproteasome subunit LMP7 (β5i)/LMP2 (β1i) dual blockade has been reported to suppress B cell differentiation and activation, suggesting that the dual inhibition of LMP7/LMP2 is a promising ...The immunoproteasome subunit LMP7 (β5i)/LMP2 (β1i) dual blockade has been reported to suppress B cell differentiation and activation, suggesting that the dual inhibition of LMP7/LMP2 is a promising approach for treating autoimmune diseases. In contrast, the inhibition of the constitutive proteasome subunit β5c correlates with cytotoxicity against non-immune cells. Therefore, LMP7/LMP2 dual inhibitors with high selectivity over β5c may be desirable for treating autoimmune diseases. In this study, we present the optimization and discovery of α-amido boronic acids using cryo-electron microscopy (cryo-EM). The exploitation of structural differences between the proteasome subunits led to the identification of a highly selective LMP7/LMP2 dual inhibitor 19. Molecular dynamics simulation based on cryo-EM structures of the proteasome subunits complexed with 19 explained the inhibitory activity profile. In mice immunized with 4-hydroxy-3-nitrophenylacetyl conjugated to ovalbumin, results indicate that 19 is orally bioavailable and shows promise as potential treatment for autoimmune diseases.
履歴
登録2024年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Proteasome subunit alpha type
N: Proteasome subunit alpha type
O: Proteasome subunit alpha type
P: Proteasome subunit alpha type
Q: Proteasome subunit alpha type
T: Proteasome subunit beta
U: Proteasome subunit beta
C: Proteasome subunit beta type-8
S: Proteasome subunit beta
G: Proteasome subunit alpha type
H: Proteasome subunit alpha type
Z: Proteasome subunit alpha type
b: Proteasome subunit alpha type
J: Proteasome subunit alpha type
K: Proteasome subunit alpha type
V: Proteasome subunit beta
Y: Proteasome subunit beta
F: Proteasome subunit beta
E: Proteasome subunit beta
W: Proteasome subunit beta
A: Proteasome subunit beta
a: Proteasome subunit beta
L: Proteasome subunit alpha type
I: Proteasome subunit alpha type
R: Proteasome subunit alpha type
D: Proteasome subunit beta type-8
X: Proteasome subunit beta
B: Proteasome subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)741,12032
ポリマ－739,88728
非ポリマー1,2334
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
1313
1414

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

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要素

-
Proteasome subunit ... , 14種, 28分子 MHNIOZPbQJTVUYCDSXGLKRFAEBWa

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 26435.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0NHD1
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 27911.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0TD63
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 29524.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0TIY6
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 25927.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0QRK5
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 28484.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0R9W7
#6: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22808.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0QE86
#7: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 23002.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0M3N7
#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-8 / Proteasome subunit beta-5i


分子量: 22730.510 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: Q5W416, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 26431.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0N5D2
#10: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 29523.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8I3PML0
#11: タンパク質 Proteasome subunit alpha type


分子量: 27418.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0SR54
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 21235.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: Q5W412
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 29317.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0SLB3
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 29191.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canis lupus familiaris (イヌ) / 参照: UniProt: A0A8C0MRG6

-
非ポリマー , 1種, 4分子

#15: 化合物
ChemComp-A1L0C / [(1R)-1-[(1-cyclohexyl-1,2,3-triazol-4-yl)carbonylamino]-3-methyl-butyl]boronic acid


分子量: 308.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25BN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 20S immunoproteasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #10, #1-#5, #11, #6-#7, #14, #9, #13 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 91.875 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 896501 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2→172.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.849 / SU B: 4.167 / SU ML: 0.101 / ESU R: 0.168
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29883 --
obs0.29883 801996 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 44.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20.02 Å20 Å2
2---0.07 Å2-0 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 47948
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0130.01248830
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.0281.63566016
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.80156136
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.22922.0162490
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg19.448158474
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg19.79615330
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1370.26398
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0120.0236998
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.4363.50724634
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it10.2635.27130740
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it12.5084.99424196
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined22.14771.323198947
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11F129520
12A129520
21L153920
22G153920
31M143900
32H143900
41N147700
42I147700
51O156020
52Z156020
61P148500
62b148500
71Q155100
72J155100
81R151360
82K151360
91T131220
92V131220
101U133300.01
102Y133300.01
111a140360
112W140360
121C138500
122D138500
131B133180
132E133180
141X137420
142S137420
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.642 59255 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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