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万見
- PDB-8ynt: Cryo-EM structure of SNAP-94847-bound MCHR1, S2 state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ynt
タイトルCryo-EM structure of SNAP-94847-bound MCHR1, S2 state
要素
  • Antibody 1B3 Fab heavy chain
  • Antibody 1B3 Fab light chain
  • Glue molecule 4-9
  • Melanin-concentrating hormone receptor 1,Soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


melanin-concentrating hormone receptor activity / neuropeptide receptor activity / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / positive regulation of calcium ion transport / feeding behavior / non-motile cilium / neuropeptide binding / ciliary membrane / hormone binding / Peptide ligand-binding receptors ...melanin-concentrating hormone receptor activity / neuropeptide receptor activity / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / positive regulation of calcium ion transport / feeding behavior / non-motile cilium / neuropeptide binding / ciliary membrane / hormone binding / Peptide ligand-binding receptors / generation of precursor metabolites and energy / neuropeptide signaling pathway / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / cilium / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Melanin-concentrating hormone receptor 1 / Melanin-concentrating hormone receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Soluble cytochrome b562 / Melanin-concentrating hormone receptor 1 / Soluble cytochrome b562 / Melanin-concentrating hormone receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Ye, X. / Liu, G. / Li, X. / Liu, H. / Gong, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0904100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)T2221005 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural insights into physiological activation and antagonism of melanin-concentrating hormone receptor MCHR1.
著者: Xiaofan Ye / Guibing Liu / Xiu Li / Binbin He / Yuyong Tao / Jiasheng Guan / Yuguang Mu / Haiping Liu / Weimin Gong /
履歴
登録2024年3月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_admin / entity ...em_admin / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _em_admin.last_update / _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody 1B3 Fab heavy chain
L: Antibody 1B3 Fab light chain
N: Glue molecule 4-9
R: Melanin-concentrating hormone receptor 1,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,3825
ポリマ－144,9034
非ポリマー4791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 Antibody 1B3 Fab heavy chain


分子量: 25540.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Antibody 1B3 Fab light chain


分子量: 23796.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Glue molecule 4-9


分子量: 30972.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Melanin-concentrating hormone receptor 1,Soluble cytochrome b562 / G-protein coupled receptor 24 / MCH-1R / MCH receptor 1 / MCH-R1 / MCHR-1 / G-protein coupled ...G-protein coupled receptor 24 / MCH-1R / MCH receptor 1 / MCH-R1 / MCHR-1 / G-protein coupled receptor 24 / MCH-1R / MCH1R / MCHR / SLC-1 / Somatostatin receptor-like protein / Cytochrome b-562


分子量: 64594.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (大腸菌)
遺伝子: GPR24, MCHR1, GPR24, SLC1, cybC, cybC, c5335
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5IFH6, UniProt: Q99705, UniProt: P0ABE7, UniProt: Q8CVG7
#5: 化合物 ChemComp-A1D6T / ~{N}-[3-[1-[[4-[3,4-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]methyl]piperidin-4-yl]-4-methyl-phenyl]-2-methyl-propanamide / SNAP-94847


分子量: 478.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32F2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SNAP-94847-MCHR1-Fab1B3-glue complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268193 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027593
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.38510344
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.6072661
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381186
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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