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- EMDB-39430: Cryo-EM structure of SNAP-94847-bound MCHR1, S2 state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39430
タイトルCryo-EM structure of SNAP-94847-bound MCHR1, S2 state
マップデータ
試料
  • 複合体: SNAP-94847-MCHR1-Fab1B3-glue complex
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1B3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1B3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glue molecule 4-9
    • タンパク質・ペプチド: Melanin-concentrating hormone receptor 1,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: ~{N}-[3-[1-[[4-[3,4-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]methyl]piperidin-4-yl]-4-methyl-phenyl]-2-methyl-propanamide
キーワードGPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


melanin-concentrating hormone receptor activity / neuropeptide receptor activity / hormone binding / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / positive regulation of calcium ion transport / neuropeptide binding / feeding behavior / non-motile cilium / ciliary membrane / neuropeptide signaling pathway ...melanin-concentrating hormone receptor activity / neuropeptide receptor activity / hormone binding / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / positive regulation of calcium ion transport / neuropeptide binding / feeding behavior / non-motile cilium / ciliary membrane / neuropeptide signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / generation of precursor metabolites and energy / electron transport chain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / cilium / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / signaling receptor binding / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Melanin-concentrating hormone receptor 1 / Melanin-concentrating hormone receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Melanin-concentrating hormone receptor 1 / Soluble cytochrome b562 / Melanin-concentrating hormone receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Ye X / Liu G / Li X / Liu H / Gong W
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0904100 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)T2221005 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: Structural insights into physiological activation and antagonism of melanin-concentrating hormone receptor MCHR1.
著者: Xiaofan Ye / Guibing Liu / Xiu Li / Binbin He / Yuyong Tao / Jiasheng Guan / Yuguang Mu / Haiping Liu / Weimin Gong /
履歴
登録2024年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年1月8日-
現状2025年1月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39430.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39430.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-3.4031675 - 5.284138
平均 (標準偏差)0.0011545644 (±0.07546056)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39430_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39430_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SNAP-94847-MCHR1-Fab1B3-glue complex

全体名称: SNAP-94847-MCHR1-Fab1B3-glue complex
要素
  • 複合体: SNAP-94847-MCHR1-Fab1B3-glue complex
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1B3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody 1B3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glue molecule 4-9
    • タンパク質・ペプチド: Melanin-concentrating hormone receptor 1,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: ~{N}-[3-[1-[[4-[3,4-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]methyl]piperidin-4-yl]-4-methyl-phenyl]-2-methyl-propanamide

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超分子 #1: SNAP-94847-MCHR1-Fab1B3-glue complex

超分子名称: SNAP-94847-MCHR1-Fab1B3-glue complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Antibody 1B3 Fab heavy chain

分子名称: Antibody 1B3 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 25.540424 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NIYYSSMHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGS TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARPWYPWSYW SGLDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NIYYSSMHWV RQAPGKGLEW VASISPYSGS TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARPWYPWSYW SGLDYWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC GSLEHHHHHH

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分子 #2: Antibody 1B3 Fab light chain

分子名称: Antibody 1B3 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.796396 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QPWSWGSALI TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDSQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSVS SAVAWYQQKP GKAPKLLIYS ASSLYSGVPS RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QPWSWGSALI TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDSQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGECG GS

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分子 #3: Glue molecule 4-9

分子名称: Glue molecule 4-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 30.972234 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EIAALEKEIA ALEKEIAALE KGSGSQVQLQ ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GRTISRYAMS WFRQAPGKER EFVAVARRSG DGAFYADSV QGRFTVSRDD AKNTVYLQMN SLKPEDTAVY YCAIDSDTFY SGSYDYWGQG TQVTVSSGAS GSASSGEVQL Q ESGGGLVQ ...文字列:
EIAALEKEIA ALEKEIAALE KGSGSQVQLQ ESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GRTISRYAMS WFRQAPGKER EFVAVARRSG DGAFYADSV QGRFTVSRDD AKNTVYLQMN SLKPEDTAVY YCAIDSDTFY SGSYDYWGQG TQVTVSSGAS GSASSGEVQL Q ESGGGLVQ PGGSLRLSCT ASGVTISALN AMAMGWYRQA PGERRVMVAA VSERGNAMYR ESVQGRFTVT RDFTNKMVSL QM DNLKPED TAVYYCHVLE DRVDSFHDYW GQGTQVTVSS LEHHHHHH

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分子 #4: Melanin-concentrating hormone receptor 1,Soluble cytochrome b562

分子名称: Melanin-concentrating hormone receptor 1,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.594367 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDMGQ PGNGSAFLLA PNGSHAPDHD VTQQRDEENL YFQGVDMSVG AMKKGVGRAV GLGGGSGCQA TEEDPLPNCG ACAPGQGGR RWRLPQPAWV EGSSARLWEQ ATGTGWMDLE ASLLPTGPNA SNTSDGPDNL TSAGSPPRTG SISYINIIMP S VFGTICLL ...文字列:
DYKDDDDMGQ PGNGSAFLLA PNGSHAPDHD VTQQRDEENL YFQGVDMSVG AMKKGVGRAV GLGGGSGCQA TEEDPLPNCG ACAPGQGGR RWRLPQPAWV EGSSARLWEQ ATGTGWMDLE ASLLPTGPNA SNTSDGPDNL TSAGSPPRTG SISYINIIMP S VFGTICLL GIIGNSTVIF AVVKKSKLHW CNNVPDIFII NLSVVDLLFL LGMPFMIHQL MGNGVWHFGE TMCTLITAMD AN SQFTSTY ILTAMAIDRY LATVHPISST KFRKPSVATL VICLLWALSF ISITPVWLYA RLIPFPGGAV GCGIRLPNPD TDL YWFTLY QFFLAFALPF VVITAAYVRI LQRMKRQLAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQK ASGS GSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLLI RLRTKRVTRT AIAICLVFFV CWAPY YVLQ LTQLSISRPT LTFVYLYNAA ISLGYANSCL NPFVYIVLCE TFRKRLVLSV KIAALKEKIA ALKEKIAALK EAEEKR ASR LEEELRRRLT EAAAHHHHHH HH

UniProtKB: Melanin-concentrating hormone receptor 1, Melanin-concentrating hormone receptor 1, Soluble cytochrome b562, Soluble cytochrome b562, Melanin-concentrating hormone receptor 1

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分子 #5: ~{N}-[3-[1-[[4-[3,4-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]methyl]piperidin...

分子名称: ~{N}-[3-[1-[[4-[3,4-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]methyl]piperidin-4-yl]-4-methyl-phenyl]-2-methyl-propanamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1D6T
分子量理論値: 478.573 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 268193
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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