[日本語] English
万見
- PDB-8yjp: Cryo-EM structure of human apo GPR156 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yjp
タイトルCryo-EM structure of human apo GPR156
要素Probable G-protein coupled receptor 156
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / class C / GPR156 / cryo-EM / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilium bundle organization / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPR156, 7TM domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-MW9 / Probable G-protein coupled receptor 156
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Ma, X.Y. / Chen, L.N. / Liao, M.H. / Zhang, L.Y. / Xi, K. / Guo, J.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into the activation mechanism of GPR156 in maintaining auditory function.
著者: Xiangyu Ma / Li-Nan Chen / Menghui Liao / Liyan Zhang / Kun Xi / Jiamin Guo / Cangsong Shen / Dan-Dan Shen / Pengjun Cai / Qingya Shen / Jieyu Qi / Huibing Zhang / Shao-Kun Zang / Ying-Jun ...著者: Xiangyu Ma / Li-Nan Chen / Menghui Liao / Liyan Zhang / Kun Xi / Jiamin Guo / Cangsong Shen / Dan-Dan Shen / Pengjun Cai / Qingya Shen / Jieyu Qi / Huibing Zhang / Shao-Kun Zang / Ying-Jun Dong / Luwei Miao / Jiao Qin / Su-Yu Ji / Yue Li / Jianfeng Liu / Chunyou Mao / Yan Zhang / Renjie Chai /
要旨: The class C orphan G-protein-coupled receptor (GPCR) GPR156, which lacks the large extracellular region, plays a pivotal role in auditory function through G. Here, we firstly demonstrate that GPR156 ...The class C orphan G-protein-coupled receptor (GPCR) GPR156, which lacks the large extracellular region, plays a pivotal role in auditory function through G. Here, we firstly demonstrate that GPR156 with high constitutive activity is essential for maintaining auditory function, and further reveal the structural basis of the sustained role of GPR156. We present the cryo-EM structures of human apo GPR156 and the GPR156-G complex, unveiling a small extracellular region formed by extracellular loop 2 (ECL2) and the N-terminus. The GPR156 dimer in both apo state and G protein-coupled state adopt a transmembrane (TM)5/6-TM5/6 interface, indicating the high constitutive activity of GPR156 in the apo state. Furthermore, C-terminus in G-bound subunit of GPR156 plays a dual role in promoting G protein binding within G-bound subunit while preventing the G-free subunit from binding to additional G protein. Together, these results explain how GPR156 constitutive activity is maintained through dimerization and provide a mechanistic insight into the sustained role of GPR156 in maintaining auditory function.
履歴
登録2024年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable G-protein coupled receptor 156
B: Probable G-protein coupled receptor 156
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,53315
ポリマ－76,9442
非ポリマー6,58813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Probable G-protein coupled receptor 156 / G-protein coupled receptor PGR28 / GABAB-related G-protein coupled receptor


分子量: 38472.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPR156, GABABL, PGR28 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFN8
#2: 化合物
ChemComp-MW9 / (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-stearoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phospho-(1'-rac-glycerol) / (2S)-3-(1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-L-グリセロ-3-ホスホオキシ)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 777.060 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81O10P
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: GPR156 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 52 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 164823 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0045066
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7016915
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.008824
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047872
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006768

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る