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- PDB-8yin: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in YF23... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yin
タイトルCryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in YF23694-bound state
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 6
  • COR1 isoform 1
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • QCR6 isoform 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex / mitochondria / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / respiratory chain complex III / cellular respiration / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / proton transmembrane transport / aerobic respiration ...: / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / respiratory chain complex III / cellular respiration / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / proton transmembrane transport / aerobic respiration / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PH / Chem-8PE / Chem-9PE / : / Chem-CN3 / Chem-CN5 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-UQ6 / Cytochrome b / quinol--cytochrome-c reductase ...Chem-6PH / Chem-8PE / Chem-9PE / : / Chem-CN3 / Chem-CN5 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-UQ6 / Cytochrome b / quinol--cytochrome-c reductase / : / : / : / : / : / : / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Ye, Y. / Li, Z.W. / Yang, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM Structures Reveal the Unique Binding Modes of Metyltetraprole in Yeast and Porcine Cytochrome Complex Enabling Rational Design of Inhibitors.
著者: Yu-Xia Wang / Ying Ye / Zhi-Wen Li / Guang-Rui Cui / Xing-Xing Shi / Ying Dong / Jia-Jia Jiang / Jia-Yue Sun / Ze-Wei Guan / Nan Zhang / Qiong-You Wu / Fan Wang / Xiao-Lei Zhu / Guang-Fu Yang /
要旨: Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats ...Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats the G143A mutated isolate, which confers high resistance to strobilurin fungicides such as pyraclostrobin (PYR). The binding mode and antiresistance mechanism of MET remain unclear. Here, we determined the high-resolution structures of inhibitor-bound complex III (MET, 2.52 Å; PYR, 2.42 Å) and inhibitor-bound porcine complex III (MET, 2.53 Å; PYR, 2,37 Å) by cryo-electron microscopy. The distinct binding modes of MET and PYR were observed for the first time. Notably, the MET exhibited different binding modes in the two species. In , the binding site of MET was the same as PYR, serving as a -type inhibitor of the Q site. However, in porcine, MET acted as a dual-target inhibitor of both Q and Q. Based on the structural insights, a novel inhibitor (YF23694) was discovered and demonstrated excellent fungicidal activity against downy mildew and powdery mildew fungi. This work provides a new starting point for the design of the next generation of inhibitors to overcome the resistance.
履歴
登録2024年2月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COR1 isoform 1
C: Cytochrome b
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
H: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
N: Cytochrome b
F: QCR6 isoform 1
G: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
I: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
L: COR1 isoform 1
M: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
O: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
S: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
P: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Q: QCR6 isoform 1
R: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
T: Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
U: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
V: Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,34539
ポリマ－448,60420
非ポリマー11,74119
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ALCNDOFQ

#1: タンパク質 COR1 isoform 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 1 / mitochondrial


分子量: 47459.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3X1
#2: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0G3F5W7
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Complex III subunit 4 / Complex III subunit IV / Cytochrome b-c1 complex subunit 4


分子量: 27807.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A5B9RH60, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 QCR6 isoform 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / mitochondrial


分子量: 8983.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8ULB7

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Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 6種, 12分子 BMEPHSGRITUV

#3: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Complex III subunit 2 / Core protein II


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q625
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8ULJ0, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / mitochondrial / Complex III subunit 8 / Complex III subunit VIII


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PU80
#8: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / mitochondrial


分子量: 14452.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2H4
#9: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol- ...Complex III subunit 9 / Complex III subunit X / Cytochrome c1 non-heme 7.3 kDa protein / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 7.3 kDa protein


分子量: 6301.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available, replaced by P22289 temporarily.
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22289
#10: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 ...Complex III subunit 10 / Complex III subunit XI / Ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase subunit 10 / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8.5 kDa protein


分子量: 5879.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: The sequence of organism Saccharomyces cerevisiae is not available, replaced by P37299 temporarily.
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P37299

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非ポリマー , 8種, 19分子

#11: 化合物 ChemComp-6PH / (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 592.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H61O8P
#12: 化合物 ChemComp-CN3 / (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 834.862 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68O17P2
#13: 化合物 ChemComp-9PE / (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 593.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H60NO8P / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#15: 化合物 ChemComp-CN5 / (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 634.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H52O13P2
#16: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#17: 化合物 ChemComp-A1D6O / 1-[2-[(4,6-dimethyl-1,3-benzothiazol-2-yl)sulfanylmethyl]-3-methyl-phenyl]-4-methyl-1,2,3,4-tetrazol-5-one


分子量: 397.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N5OS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-8PE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in YF23694-bound state
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3, #2, #4-#5, #7-#8, #6, #9-#10 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS, 0.1% DDM
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 49.48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 1650

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 658118
3次元再構成解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120260 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6YMX

6ymx


Accession code: 6YMX / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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