[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM Structures Reveal the Unique Binding Modes of Metyltetraprole in Yeast and Porcine Cytochrome Complex Enabling Rational Design of Inhibitors.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 146, Issue 49, Page 33903-33913, Year 2024
掲載日2024年12月11日
著者Yu-Xia Wang / Ying Ye / Zhi-Wen Li / Guang-Rui Cui / Xing-Xing Shi / Ying Dong / Jia-Jia Jiang / Jia-Yue Sun / Ze-Wei Guan / Nan Zhang / Qiong-You Wu / Fan Wang / Xiao-Lei Zhu / Guang-Fu Yang /
PubMed 要旨Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats ...Cytochrome (complex III) represents a significant target for the discovery of both drugs and fungicides. Metyltetraprole (MET) is commonly classified as a quinone site inhibitor (QI) that combats the G143A mutated isolate, which confers high resistance to strobilurin fungicides such as pyraclostrobin (PYR). The binding mode and antiresistance mechanism of MET remain unclear. Here, we determined the high-resolution structures of inhibitor-bound complex III (MET, 2.52 Å; PYR, 2.42 Å) and inhibitor-bound porcine complex III (MET, 2.53 Å; PYR, 2,37 Å) by cryo-electron microscopy. The distinct binding modes of MET and PYR were observed for the first time. Notably, the MET exhibited different binding modes in the two species. In , the binding site of MET was the same as PYR, serving as a -type inhibitor of the Q site. However, in porcine, MET acted as a dual-target inhibitor of both Q and Q. Based on the structural insights, a novel inhibitor (YF23694) was discovered and demonstrated excellent fungicidal activity against downy mildew and powdery mildew fungi. This work provides a new starting point for the design of the next generation of inhibitors to overcome the resistance.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:39601138
手法EM (単粒子)
解像度2.37 - 2.74 Å
構造データ

39291

8yhq

EMDB-39291, PDB-8yhq:
Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in pyraclostrobin-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

39323

8yin

EMDB-39323, PDB-8yin:
Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in YF23694-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.74 Å

60256

8zmt

EMDB-60256, PDB-8zmt:
Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae bc1 complex in Metyltetraprole-bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

60317

8zos

EMDB-60317, PDB-8zos:
Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound porcine bc1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

60320

8zow

EMDB-60320, PDB-8zow:
Cryo-EM structure of Metyltetraprole-bound porcine bc1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

60323

8zp0

EMDB-60323, PDB-8zp0:
Cryo-EM structure of YF23694-bound porcine bc1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

化合物

ChemComp-6PH:
(1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

ChemComp-9PE:
(1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / リン脂質*YM

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-8PE:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / リン脂質*YM

ChemComp-CN5:
(5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate

ChemComp-UQ6:
5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL

PDB-1d6k:
NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE 5S RRNA E-LOOP/L25 COMPLEX

ChemComp-7PH:
(1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

ChemComp-CN3:
(2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate

PDB-1d6o:
NATIVE FKBP

PDB-1d6p:
HUMAN LYSOZYME L63 MUTANT LABELLED WITH 2',3'-EPOXYPROPYL N,N'-DIACETYLCHITOBIOSE

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex / mitochondria / ELECTRON TRANSPORT / PROTEIN BINDING / Pyraclostrobin / Metyltetraprole / Inhibitor

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る