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万見
- PDB-8yez: Human PIEZO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yez
タイトルHuman PIEZO1
要素Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human PIEZO1
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of myotube differentiation / lamellipodium membrane ...mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / positive regulation of myotube differentiation / lamellipodium membrane / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L9Q / Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, M.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structure of human PIEZO1 and its slow-inactivating channelopathy mutants.
著者: Yuanyue Shan / Xinyi Guo / Mengmeng Zhang / Meiyu Chen / Ying Li / Mingfeng Zhang / Duanqing Pei /
要旨: PIEZO channels transmit mechanical force signals to cells, allowing them to make critical decisions during development and in pathophysiological conditions. Their fast/slow inactivation modes have ...PIEZO channels transmit mechanical force signals to cells, allowing them to make critical decisions during development and in pathophysiological conditions. Their fast/slow inactivation modes have been implicated in mechanopathologies but remain poorly understood. Here, we report several near-atomic resolution cryo-EM structures of fast-inactivating wild-type human PIEZO1 (hPIEZO1) and its slow-inactivating channelopathy mutants with or without its auxiliary subunit MDFIC. Our results suggest that hPIEZO1 has a more flattened and extended architecture than curved mouse PIEZO1 (mPIEZO1). The multi-lipidated MDFIC subunits insert laterally into the hPIEZO1 pore module like mPIEZO1, resulting in a more curved and extended state. Interestingly, the high-resolution structures suggest that the pore lipids, which directly seal the central hydrophobic pore, may be involved in the rapid inactivation of hPIEZO1. While the severe hereditary erythrocytosis mutant R2456H significantly slows down the inactivation of hPIEZO1, the hPIEZO1-R2456H-MDFIC complex shows a more curved and contracted structure with an inner helix twist due to the broken link between the pore lipid and R2456H. These results suggest that the pore lipids may be involved in the mechanopathological rapid inactivation mechanism of PIEZO channels.
#1: ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure of human PIEZO1 and its slow inactivating channelopathy mutants.
著者: Shan, Y. / Guo, X. / Zhang, M. / Chen, M. / Li, Y. / Zhang, M.F. / Pei, D.
履歴
登録2024年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
B: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
C: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)865,7589
ポリマ－861,2823
非ポリマー4,4766
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / Membrane protein induced by beta-amyloid treatment / Mib / Protein FAM38A


分子量: 287094.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIEZO1, FAM38A, KIAA0233 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92508
#2: 化合物
ChemComp-L9Q / (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-stearoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / [S,(-)]-1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-D-グリセロ-ル3-(りん酸2-アミノエチル)


分子量: 746.050 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H80NO8P
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human PIEZO1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI MORGAGNI
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161218 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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