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万見
- PDB-8y65: Cryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to subst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y65
タイトルCryo-EM structure of human urate transporter GLUT9 bound to substrate urate
要素Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GLUT9 / Urate
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC2A9 causes hypouricemia renal 2 (RHUC2) / fructose transmembrane transporter activity / hexose transmembrane transporter activity / monosaccharide transmembrane transport / fructose transmembrane transport / hexose transmembrane transport / carbohydrate:proton symporter activity / Cellular hexose transport / glucose transmembrane transporter activity / urate transport ...Defective SLC2A9 causes hypouricemia renal 2 (RHUC2) / fructose transmembrane transporter activity / hexose transmembrane transporter activity / monosaccharide transmembrane transport / fructose transmembrane transport / hexose transmembrane transport / carbohydrate:proton symporter activity / Cellular hexose transport / glucose transmembrane transporter activity / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose transporter GLUT / Sugar/inositol transporter / Sugar transport proteins signature 2. / Sugar transport proteins signature 1. / Major facilitator, sugar transporter-like / Sugar (and other) transporter / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
URIC ACID / Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Pan, X.J. / Shen, Z.L. / Xu, L. / Huang, G.X.Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32322039 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271252 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for urate recognition and apigenin inhibition of human GLUT9.
著者: Zilin Shen / Li Xu / Tong Wu / Huan Wang / Qifan Wang / Xiaofei Ge / Fang Kong / Gaoxingyu Huang / Xiaojing Pan /
要旨: Urate, the physiological form of uric acid and a potent antioxidant in serum, plays a pivotal role in scavenging reactive oxygen species. Yet excessive accumulation of urate, known as hyperuricemia, ...Urate, the physiological form of uric acid and a potent antioxidant in serum, plays a pivotal role in scavenging reactive oxygen species. Yet excessive accumulation of urate, known as hyperuricemia, is the primary risk factor for the development of gout. The high-capacity urate transporter GLUT9 represents a promising target for gout treatment. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human GLUT9 in complex with urate or its inhibitor apigenin at overall resolutions of 3.5 Å and 3.3 Å, respectively. In both structures, GLUT9 exhibits an inward open conformation, wherein the substrate binding pocket faces the intracellular side. These structures unveil the molecular basis for GLUT9's substrate preference of urate over glucose, and show that apigenin acts as a competitive inhibitor by occupying the substrate binding site. Our findings provide critical information for the development of specific inhibitors targeting GLUT9 as potential therapeutics for gout and hyperuricemia.
履歴
登録2024年2月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3832
ポリマ－63,2151
非ポリマー1681
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Solute carrier family 2, facilitated glucose transporter member 9 / Glucose transporter type 9 / GLUT-9 / Urate transporter


分子量: 63215.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC2A9, GLUT9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NRM0
#2: 化合物 ChemComp-URC / URIC ACID / 7,9-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6,8(3H)-TRIONE / 尿酸


分子量: 168.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GLUT9 in complex with urate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 6
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影平均露光時間: 2.56 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 810830 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0023655
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5754989
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.938498
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04592
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005618

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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