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- PDB-8y5g: Cryo-EM structure of E.coli spermidine transporter PotABC with sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y5g
タイトルCryo-EM structure of E.coli spermidine transporter PotABC with spermidine
要素(Spermidine/putrescine ...) x 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type polyamine transporter / ABC-type putrescine transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit / PotA, ATP-binding domain / : / : / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component ...Spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit / PotA, ATP-binding domain / : / : / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMIDINE / Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA / Spermidine/putrescine ABC transporter permease PotB / Spermidine/putrescine transport system permease protein PotC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Qiao, Z. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural insights into polyamine spermidine uptake by the ABC transporter PotD-PotABC.
著者: Zhu Qiao / Phong Hoa Do / Joshua Yi Yeo / Rya Ero / Zhuowen Li / Liying Zhan / Sandip Basak / Yong-Gui Gao /
要旨: Polyamines, characterized by their polycationic nature, are ubiquitously present in all organisms and play numerous cellular functions. Among polyamines, spermidine stands out as the predominant type ...Polyamines, characterized by their polycationic nature, are ubiquitously present in all organisms and play numerous cellular functions. Among polyamines, spermidine stands out as the predominant type in both prokaryotic and eukaryotic cells. The PotD-PotABC protein complex in , belonging to the adenosine triphosphate-binding cassette transporter family, is a spermidine-preferential uptake system. Here, we report structural details of the polyamine uptake system PotD-PotABC in various states. Our analyses reveal distinct "inward-facing" and "outward-facing" conformations of the PotD-PotABC transporter, as well as conformational changes in the "gating" residues (F222, Y223, D226, and K241 in PotB; Y219 and K223 in PotC) controlling spermidine uptake. Therefore, our structural analysis provides insights into how the PotD-PotABC importer recognizes the substrate-binding protein PotD and elucidates molecular insights into the spermidine uptake mechanism of bacteria.
履歴
登録2024年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA
B: Spermidine/putrescine ABC transporter permease PotB
C: Spermidine/putrescine transport system permease protein PotC
D: Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,4269
ポリマ－140,1844
非ポリマー2425
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Spermidine/putrescine ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA


分子量: 41022.773 Da / 分子数: 1 / 変異: E173Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: potA, C2M16_24850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K3TLI6, ABC-type polyamine transporter
#2: タンパク質 Spermidine/putrescine ABC transporter permease PotB


分子量: 30813.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: potB, EAI46_21425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3L9I213
#3: タンパク質 Spermidine/putrescine transport system permease protein PotC


分子量: 27526.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: potC, potC_1, ydcV_1, ydcV_2, ydcV_3, A5U30_002795, A6592_15955, A8499_002947, A8502_000627, A9X72_15255, AC065_02240, ACN81_08955, ACU57_04400, AM464_23655, APX88_13960, AW118_12280, ...遺伝子: potC, potC_1, ydcV_1, ydcV_2, ydcV_3, A5U30_002795, A6592_15955, A8499_002947, A8502_000627, A9X72_15255, AC065_02240, ACN81_08955, ACU57_04400, AM464_23655, APX88_13960, AW118_12280, AWP47_13345, B6R12_000504, B6R15_001757, B6R17_004874, B6R31_003316, B6R48_003778, B6R87_003691, BANRA_01659, BB540_14945, BER14_10380, BG944_003572, BGM66_002096, BHS81_07005, BJI68_20815, BJJ90_15600, BK292_02680, BK383_03465, BKL28_002184, BMT50_26175, BMT91_12665, BR158_001801, BTB68_003120, BTQ06_08260, BUO55_004571, BvCmsKKP061_02954, BvCmsSIP010_04198, BXT93_13675, BZL69_25605, C0P57_004319, C1Q91_003202, C2121_002292, C2M16_24840, C2R31_002383, C3F40_06350, C9E67_18010, C9Z68_07505, CCS08_25890, CCU84_001209, CDL36_24675, CF22_003052, CG692_05800, CG704_04285, CG831_001507, CIG67_22120, CQB02_10350, CR538_15455, CR539_10315, CR628_002750, CRM83_08715, CTR35_002409, CV83915_00460, CWS33_18945, CX938_002470, CY655_06775, D1912_28130, D3C88_20205, D3G36_11685, D4M65_04975, D4N09_21675, D6T60_02655, D9D43_24810, D9E34_12200, D9E49_04970, D9H94_04140, D9J03_17690, D9J61_03865, DD762_03445, DIV22_29215, DNQ45_21635, DNX30_11960, DS732_10685, DTL43_16090, DTL90_00550, DTM45_18130, E0I52_23200, E5H86_12355, E6D34_10760, EA239_00295, EAI46_30040, EB534_RS22165, EC95NR1_05521, ECs1500, EIA08_03100, EIZ93_12975, EN85_002805, EPS97_06545, ERS085406_04756, ERS139208_03584, EWK56_20235, ExPECSC038_03525, F7F11_10145, F7N46_02625, F9413_19575, F9461_13420, F9B07_16725, FA868_17035, FEJ01_12390, FGG80_05290, FHD44_11240, FHQ97_21900, FIJ20_07135, FJQ40_01115, FKO60_09525, FN993_001406, FOI11_007325, FOI11_14295, FPI65_06715, FPS11_22520, FTV92_08150, FV293_24155, FVB16_27920, FWK02_08455, FZN31_14455, FZU14_20790, G3V95_08225, G4A38_16225, G4A47_15585, G5603_00425, G9448_04955, GAI89_13105, GAJ12_13755, GAJ26_15290, GGB84_000449, GIB53_10960, GJ11_06755, GKF52_06310, GKF66_05355, GKF89_00460, GNW61_10815, GOP14_002872, GOP25_17230, GP711_16650, GP975_14170, GQA06_13340, GQM04_12265, GQM13_14165, GQM17_13975, GQM21_19785, GQN34_10420, GQW07_08705, GRO95_22425, GRW05_02585, GRW24_14635, GRW56_11570, GRW56_16825, GRW57_26905, GSM54_00955, GUC01_01505, GUI33_16895, H0O53_11640, H0O72_17025, H0P11_10035, H5Z35_002280, H6Y26_000713, HCQ42_003698, HEP30_012130, HEP34_001040, HHH44_002983, HI055_001520, HIE29_000017, HJQ60_002258, HJY54_000267, HKA49_003618, HLQ92_15560, HLV18_17555, HLX92_03865, HLZ50_01995, HMW38_03190, HV109_14435, HV146_09425, HV209_29260, HVV39_00230, HVW04_05415, HVW43_06265, HVY77_15600, HVZ29_08880, HVZ30_12220, HVZ71_14730, HX136_15475, I6H00_08375, I6H02_24695, IFB95_003731, IUD45_003266, J0541_003204, J4S20_003290, J5U05_002926, J7T50_002317, JFD_01769, JFD_02101, JNP96_10885, NCTC10082_00605, NCTC10089_02970, NCTC10090_00713, NCTC10418_04452, NCTC10429_05323, NCTC10487_03421, NCTC10767_05082, NCTC10865_03646, NCTC10974_03368, NCTC11126_00875, NCTC11127_00498, NCTC11181_00131, NCTC11341_04943, NCTC12950_03259, NCTC13127_04034, NCTC4450_04160, NCTC7922_00686, NCTC7927_03349, NCTC8009_05603, NCTC8333_03555, NCTC8450_03471, NCTC8500_03286, NCTC8621_03201, NCTC8622_05764, NCTC8959_00861, NCTC8960_00798, NCTC9001_00967, NCTC9045_03511, NCTC9050_05374, NCTC9071_02741, NCTC9075_03982, NCTC9077_03719, NCTC9081_03564, NCTC9111_03066, NCTC9706_00377, NCTC9775_05882, NCTC9777_03004, NEP60_22985, OS110_10890, RG28_17070, SAMEA3472044_03469, SAMEA3472056_01827, SAMEA3752557_01590, SAMEA3753106_00761, TUM18780_24840, WR15_27305
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TDI7
#4: タンパク質 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA


分子量: 40820.609 Da / 分子数: 1 / 変異: E173Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: potA, C2M16_24850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K3TLI6, ABC-type polyamine transporter

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非ポリマー , 2種, 5分子

#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ABC transporter / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 147.3 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98494 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0110025
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.92513585
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.7291332
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0571594
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071717

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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