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万見
- PDB-8xwp: Cryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xwp
タイトルCryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Endothelin receptor type B
  • Endothelin-1
  • SCFV16
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ENDOTHELIN / RECEPTOR / Gi / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / aldosterone metabolic process / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation ...enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / aldosterone metabolic process / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / endothelin receptor activity / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / positive regulation of artery morphogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / body fluid secretion / neural crest cell fate commitment / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / positive regulation of renal sodium excretion / histamine secretion / leukocyte activation / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of penile erection / rough endoplasmic reticulum lumen / neuroblast migration / heparin metabolic process / posterior midgut development / developmental pigmentation / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of hormone secretion / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / Weibel-Palade body / response to leptin / endothelin receptor signaling pathway / response to ozone / podocyte differentiation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / renal sodium ion absorption / artery smooth muscle contraction / response to sodium phosphate / glomerular filtration / renal sodium excretion / protein transmembrane transport / enteric nervous system development / axonogenesis involved in innervation / positive regulation of cation channel activity / renin secretion into blood stream / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / melanocyte differentiation / : / regulation of pH / positive regulation of prostaglandin secretion / renal albumin absorption / regulation of epithelial cell proliferation / respiratory gaseous exchange by respiratory system / basal part of cell / cellular response to mineralocorticoid stimulus / peripheral nervous system development / positive regulation of smooth muscle contraction / response to salt / positive regulation of urine volume / positive regulation of hormone secretion / negative regulation of adenylate cyclase activity / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / negative regulation of blood coagulation / type 1 angiotensin receptor binding / embryonic heart tube development / : / dorsal/ventral pattern formation / axon extension / establishment of endothelial barrier / superoxide anion generation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of signaling receptor activity / cartilage development / middle ear morphogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of protein metabolic process / neural crest cell migration / cGMP-mediated signaling / prostaglandin biosynthetic process / cellular response to fatty acid / nitric oxide transport / positive regulation of heart rate / branching involved in blood vessel morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / G-protein alpha subunit, group I ...Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endothelin-1 / Endothelin receptor type B / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Tani, K. / Maki-Yonekura, S. / Kanno, R. / Negami, T. / Hamaguchi, T. / Hall, M. / Mizoguchi, A. / Humbel, B.M. / Terada, T. / Yonekura, K. / Doi, T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03210 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of endothelin ET receptor-G complex in a conformation stabilized by unique NPxxL motif.
著者: Kazutoshi Tani / Saori Maki-Yonekura / Ryo Kanno / Tatsuki Negami / Tasuku Hamaguchi / Malgorzata Hall / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Tohru Terada / Koji Yonekura / Tomoko Doi /
要旨: Endothelin type B receptor (ETR) plays a crucial role in regulating blood pressure and humoral homeostasis, making it an important therapeutic target for related diseases. ETR activation by the ...Endothelin type B receptor (ETR) plays a crucial role in regulating blood pressure and humoral homeostasis, making it an important therapeutic target for related diseases. ETR activation by the endogenous peptide hormones endothelin (ET)-1-3 stimulates several signaling pathways, including G, G, G, G, and β-arrestin. Although the conserved NPxxY motif in transmembrane helix 7 (TM7) is important during GPCR activation, ETR possesses the lesser known NPxxL motif. In this study, we present the cryo-EM structure of the ETR-G complex, complemented by MD simulations and functional studies. These investigations reveal an unusual movement of TM7 to the intracellular side during ETR activation and the essential roles of the diverse NPxxL motif in stabilizing the active conformation of ETR and organizing the assembly of the binding pocket for the α5 helix of G protein. These findings enhance our understanding of the interactions between GPCRs and G proteins, thereby advancing the development of therapeutic strategies.
履歴
登録2024年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Endothelin receptor type B
L: Endothelin-1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
C: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
D: SCFV16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,6516
ポリマ－156,6516
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABC

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40414.047 Da / 分子数: 1 / Mutation: S47N, G203A, E245A, A326S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63096
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37671.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 抗体 , 3種, 3分子 RLD

#1: タンパク質 Endothelin receptor type B / ET-B / ET-BR / Endothelin receptor non-selective type


分子量: 38808.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDNRB, ETRB
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24530
#2: タンパク質・ペプチド Endothelin-1 / Preproendothelin-1 / PPET1


分子量: 2497.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EDN1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05305
#6: 抗体 SCFV16


分子量: 29398.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 3.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1038215 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029266
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.45712555
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.2843317
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381433
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031579

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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