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万見
- PDB-8xvd: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xvd
タイトルCryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2
要素ATP-dependent target DNA activator B
キーワードVIRAL PROTEIN / ADP-MuB complex / D10 symmetry / Ring
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA transposition / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / DNA integration / host cell cytoplasm / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
B transposition protein, C-terminal / B transposition protein, C-terminal domain superfamily / Mu B transposition protein, C terminal / : / : / AAA domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ATP-dependent target DNA activator B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Mu (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å
データ登録者Zhao, X. / Zhang, K. / Li, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Elucidating the Architectural dynamics of MuB filaments in bacteriophage Mu DNA transposition.
著者: Xiaolong Zhao / Yongxiang Gao / Qingguo Gong / Kaiming Zhang / Shanshan Li /
要旨: MuB is a non-specific DNA-binding protein and AAA+ ATPase that significantly influences the DNA transposition process of bacteriophage Mu, especially in target DNA selection for transposition. While ...MuB is a non-specific DNA-binding protein and AAA+ ATPase that significantly influences the DNA transposition process of bacteriophage Mu, especially in target DNA selection for transposition. While studies have established the ATP-dependent formation of MuB filament as pivotal to this process, the high-resolution structure of a full-length MuB protomer and the underlying molecular mechanisms governing its oligomerization remain elusive. Here, we use cryo-EM to obtain a 3.4-Å resolution structure of the ATP(+)-DNA(+)-MuB helical filament, which encapsulates the DNA substrate within its axial channel. The structure categorizes MuB within the initiator clade of the AAA+ protein family and precisely locates the ATP and DNA binding sites. Further investigation into the oligomeric states of MuB show the existence of various forms of the filament. These findings lead to a mechanistic model where MuB forms opposite helical filaments along the DNA, exposing potential target sites on the bare DNA and then recruiting MuA, which stimulates MuB's ATPase activity and disrupts the previously formed helical structure. When this happens, MuB generates larger ring structures and dissociates from the DNA.
履歴
登録2024年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent target DNA activator B
B: ATP-dependent target DNA activator B
C: ATP-dependent target DNA activator B
D: ATP-dependent target DNA activator B
E: ATP-dependent target DNA activator B
F: ATP-dependent target DNA activator B
G: ATP-dependent target DNA activator B
H: ATP-dependent target DNA activator B
I: ATP-dependent target DNA activator B
J: ATP-dependent target DNA activator B
K: ATP-dependent target DNA activator B
L: ATP-dependent target DNA activator B
M: ATP-dependent target DNA activator B
N: ATP-dependent target DNA activator B
O: ATP-dependent target DNA activator B
P: ATP-dependent target DNA activator B
Q: ATP-dependent target DNA activator B
R: ATP-dependent target DNA activator B
S: ATP-dependent target DNA activator B
T: ATP-dependent target DNA activator B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)711,60740
ポリマ－703,06320
非ポリマー8,54420
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent target DNA activator B / Gene product 04 / gp04 / Gene product B / gpB / MuB


分子量: 35153.133 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage Mu (ファージ) / 遺伝子: B, Mup04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P03763, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 in Bacteriophage Mu DNA Transposition
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 60.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9510

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67932 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00438140
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.85351580
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.73423460
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0475940
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0066600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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