[日本語] English
万見
- EMDB-38696: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38696
タイトルCryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1
マップデータCryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9
試料
  • 複合体: ADP-DNA-MuB conformation1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent target DNA activator B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードMuB / MuB-ADP / Ring / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA transposition / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / DNA integration / host cell cytoplasm / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
B transposition protein, C-terminal / B transposition protein, C-terminal domain superfamily / Mu B transposition protein, C terminal / : / : / AAA domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent target DNA activator B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Mu (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.32 Å
データ登録者Zhao X / Zhang K / Li S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Elucidating the Architectural dynamics of MuB filaments in bacteriophage Mu DNA transposition.
著者: Xiaolong Zhao / Yongxiang Gao / Qingguo Gong / Kaiming Zhang / Shanshan Li /
要旨: MuB is a non-specific DNA-binding protein and AAA+ ATPase that significantly influences the DNA transposition process of bacteriophage Mu, especially in target DNA selection for transposition. While ...MuB is a non-specific DNA-binding protein and AAA+ ATPase that significantly influences the DNA transposition process of bacteriophage Mu, especially in target DNA selection for transposition. While studies have established the ATP-dependent formation of MuB filament as pivotal to this process, the high-resolution structure of a full-length MuB protomer and the underlying molecular mechanisms governing its oligomerization remain elusive. Here, we use cryo-EM to obtain a 3.4-Å resolution structure of the ATP(+)-DNA(+)-MuB helical filament, which encapsulates the DNA substrate within its axial channel. The structure categorizes MuB within the initiator clade of the AAA+ protein family and precisely locates the ATP and DNA binding sites. Further investigation into the oligomeric states of MuB show the existence of various forms of the filament. These findings lead to a mechanistic model where MuB forms opposite helical filaments along the DNA, exposing potential target sites on the bare DNA and then recruiting MuA, which stimulates MuB's ATPase activity and disrupts the previously formed helical structure. When this happens, MuB generates larger ring structures and dissociates from the DNA.
履歴
登録2024年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38696.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38696.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.4081897 - 0.6272531
平均 (標準偏差)-0.00049446727 (±0.02031324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 monomer

ファイルemd_38696_additional_1.map
注釈CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 monomer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9

ファイルemd_38696_additional_2.map
注釈CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9

ファイルemd_38696_half_map_1.map
注釈CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9

ファイルemd_38696_half_map_2.map
注釈CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation1 with D9
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : ADP-DNA-MuB conformation1

全体名称: ADP-DNA-MuB conformation1
要素
  • 複合体: ADP-DNA-MuB conformation1
    • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent target DNA activator B
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

-
超分子 #1: ADP-DNA-MuB conformation1

超分子名称: ADP-DNA-MuB conformation1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)

-
分子 #1: ATP-dependent target DNA activator B

分子名称: ATP-dependent target DNA activator B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Escherichia phage Mu (ファージ)
分子量理論値: 35.153133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNISDIRAGL RTLVENEETT FKQIALESGL STGTISSFIN DKYNGDNERV SQMLQRWLEK YHAVAELPEP PRFVETQTVK QIWTSMRFA SLTESIAVVC GNPGVGKTEA AREYRRTNNN VWMITITPSC ASVLECLTEL AFELGMNDAP RRKGPLSRAL R RRLEGTQG ...文字列:
MNISDIRAGL RTLVENEETT FKQIALESGL STGTISSFIN DKYNGDNERV SQMLQRWLEK YHAVAELPEP PRFVETQTVK QIWTSMRFA SLTESIAVVC GNPGVGKTEA AREYRRTNNN VWMITITPSC ASVLECLTEL AFELGMNDAP RRKGPLSRAL R RRLEGTQG LVIIDEADHL GAEVLEELRL LQESTRIGLV LMGNHRVYSN MTGGNRTVEF ARLFSRIAKR TAINKTKKAD VK AIADAWQ INGEKELELL QQIAQKPGAL RILNHSLRLA AMTAHGKGER VNEDYLRQAF RELDLDVDIS TLLRN

UniProtKB: ATP-dependent target DNA activator B

-
分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 18 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9510 / 平均電子線量: 60.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D9 (2回x9回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91427
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る