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万見
- PDB-8xoi: Cryo-EM structure of GPR30-Gq complex structure in the presence o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xoi
タイトルCryo-EM structure of GPR30-Gq complex structure in the presence of fulvestrant
要素
  • G-protein coupled estrogen receptor 1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha-q
  • scFv16
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / estrogen / GPR30 / Gq / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte activation / nuclear fragmentation involved in apoptotic nuclear change / positive regulation of cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / negative regulation of cell cycle process / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / keratin filament / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / negative regulation of lipid biosynthetic process / apoptotic chromosome condensation / steroid hormone binding ...negative regulation of leukocyte activation / nuclear fragmentation involved in apoptotic nuclear change / positive regulation of cardiac vascular smooth muscle cell differentiation / negative regulation of cell cycle process / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / keratin filament / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / negative regulation of lipid biosynthetic process / apoptotic chromosome condensation / steroid hormone binding / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to mineralocorticoid stimulus / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / dendritic spine membrane / positive regulation of neurotransmitter secretion / cellular response to peptide hormone stimulus / positive regulation of neurogenesis / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / G protein-coupled estrogen receptor activity / negative regulation of fat cell differentiation / dendritic spine head / nuclear estrogen receptor activity / presynaptic active zone / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / steroid hormone receptor signaling pathway / neuronal action potential / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / axon terminus / regulation of cytosolic calcium ion concentration / steroid binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / dendritic shaft / cellular response to estradiol stimulus / G protein-coupled receptor activity / mitochondrial membrane / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of protein localization to plasma membrane / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / cytoplasmic vesicle membrane / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / trans-Golgi network / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / recycling endosome / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / negative regulation of inflammatory response / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / vasodilation / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / nuclear envelope / cellular response to tumor necrosis factor / nervous system development / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
: / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit ...: / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / G-protein coupled estrogen receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, H. / Xu, P. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural and functional evidence that GPR30 is not a direct estrogen receptor.
著者: Heng Liu / Shimeng Guo / Antao Dai / Peiyu Xu / Xin Li / Sijie Huang / Xinheng He / Kai Wu / Xinyue Zhang / Dehua Yang / Xin Xie / H Eric Xu /
履歴
登録2024年1月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha-q
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
E: scFv16
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
R: G-protein coupled estrogen receptor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,8225
ポリマ－156,8225
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha-q


分子量: 41632.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38744.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#3: 抗体 scFv16


分子量: 26293.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768
#5: タンパク質 G-protein coupled estrogen receptor 1 / Chemoattractant receptor-like 2 / Flow-induced endothelial G-protein coupled receptor 1 / FEG-1 / G ...Chemoattractant receptor-like 2 / Flow-induced endothelial G-protein coupled receptor 1 / FEG-1 / G protein-coupled estrogen receptor 1 / G-protein coupled receptor 30 / GPCR-Br / IL8-related receptor DRY12 / Lymphocyte-derived G-protein coupled receptor / LYGPR / Membrane estrogen receptor / mER


分子量: 42291.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPER1, CEPR, CMKRL2, DRY12, GPER, GPR30
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99527

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1GPR30-Gq complexCOMPLEXall0RECOMBINANT
2GPR30-GqCOMPLEX#1-#2, #4-#51RECOMBINANT
3ScFv16COMPLEX#31RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 536691 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039010
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47312195
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.371214
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0391379
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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