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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xmb | ||||||
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タイトル | NTP-bound Pol IV transcription elongation complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA/RNA / Transcription / elongation / Pol IV / RNA polymerase / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding ...: / stomatal complex patterning / siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing / RNA polymerase IV complex / retrotransposon silencing by siRNA-directed DNA methylation / RNA polymerase V complex / nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / stomatal complex development / siRNA transcription / DNA/RNA hybrid binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / siRNA processing / RNA polymerase complex / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of immune response / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / defense response to fungus / transcription-coupled nucleotide-excision repair / heterochromatin / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Huang, K. / Fang, C.L. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Transcription of the Plant RNA polymerase IV is prone to backtracking 著者: Huang, K. / Fang, C.L. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 940.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 118.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 186.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase IV subunit ... , 2種, 2分子 AG
#1: タンパク質 | 分子量: 168101.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NRPD1, NRPD1a, RMD3, RPD1, SDE4, SMD2, At1g63020, F16M19.19, F16P17.19 発現宿主: ![]() ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 19873.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8LE42 |
-DNA-directed RNA polymerases IV and V subunit ... , 2種, 2分子 BD
#2: タンパク質 | 分子量: 132848.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9LK40, DNA-directed RNA polymerase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 22447.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6DBA5 |
-DNA-directed RNA polymerases II, IV and V subunit ... , 7種, 7分子 CFHIJKL
#3: タンパク質 | 分子量: 35503.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q39211 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 16670.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9FJ98 |
#8: タンパク質 | 分子量: 16626.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9M1A8 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13297.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6NLH0 |
#10: タンパク質 | 分子量: 8323.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8LFJ6 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13582.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q38859 |
#12: タンパク質 | 分子量: 5905.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9FLM8 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 EM
#5: タンパク質 | 分子量: 24340.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O81098 |
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#13: タンパク質 | 分子量: 129494.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: O82504, RNA-directed RNA polymerase |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NQ
#14: DNA鎖 | 分子量: 6211.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#16: DNA鎖 | 分子量: 9938.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 O
#15: RNA鎖 | 分子量: 4794.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
#17: 化合物 | ChemComp-ZN / #18: 化合物 | #19: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: NTP-bound Pol IV transcription elongation complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.65 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89938 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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