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- PDB-8xks: The cryo-EM structure of Orf2971-FtsHi motor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xks
タイトルThe cryo-EM structure of Orf2971-FtsHi motor complex
要素
  • (AAA+ ATPase domain-containing ...) x 2
  • 4Fe-4S ferredoxin-type domain-containing protein
  • ADP-ribosylglycohydrolase
  • Acyl carrier protein
  • Ctap1
  • Fatty acid desaturase domain-containing protein
  • FaxL
  • Fhl2
  • Flagellar associated protein
  • Moc13
  • Moc25
  • Moc29
  • Moc31
  • Moc34
  • Moc45
  • PcyA1
  • Tic22
  • Uncharacterized 341.7 kDa protein in psbD-psbC intergenic region
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Chlamydomonas reinhardtii / protein transportation / chloroplast / lipid synthesis / Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid transmembrane transporter activity / protein import into chloroplast stroma / phytochromobilin biosynthetic process / chloroplast inner membrane / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / cobalt ion binding / ATP-dependent peptidase activity / acyl carrier activity ...fatty acid transmembrane transporter activity / protein import into chloroplast stroma / phytochromobilin biosynthetic process / chloroplast inner membrane / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / poly(ADP-ribose) glycohydrolase / poly(ADP-ribose) glycohydrolase activity / cobalt ion binding / ATP-dependent peptidase activity / acyl carrier activity / fatty acid transport / chloroplast / metalloendopeptidase activity / protein transport / oxidoreductase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Tic22-like / Tic22-like family / Fatty acid desaturase / Acyl carrier protein, chloroplastic / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / : ...Tic22-like / Tic22-like family / Fatty acid desaturase / Acyl carrier protein, chloroplastic / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / : / Peptidase M41 / Peptidase M41-like / Peptidase family M41 / : / Acyl carrier protein (ACP) / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ARACHIDONIC ACID / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-SQD / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...ARACHIDONIC ACID / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-SQD / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AAA+ ATPase domain-containing protein / ADP-ribosylhydrolase ARH3 / Uncharacterized protein / Fatty acid desaturase domain-containing protein / Uncharacterized protein / AAA+ ATPase domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized 341.7 kDa protein in psbD-psbC intergenic region / Acyl carrier protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, N. / Li, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2024
タイトル: Architecture of the ATP-driven motor for protein import into chloroplasts.
著者: Ning Wang / Jiale Xing / Xiaodong Su / Junting Pan / Hui Chen / Lifang Shi / Long Si / Wenqiang Yang / Mei Li /
要旨: Thousands of nuclear-encoded proteins are transported into chloroplasts through the TOC-TIC translocon that spans the chloroplast envelope membranes. A motor complex pulls the translocated proteins ...Thousands of nuclear-encoded proteins are transported into chloroplasts through the TOC-TIC translocon that spans the chloroplast envelope membranes. A motor complex pulls the translocated proteins out of the TOC-TIC complex into the chloroplast stroma by hydrolyzing ATP. The Orf2971-FtsHi complex has been suggested to serve as the ATP-hydrolyzing motor in Chlamydomonas reinhardtii, but little is known about its architecture and assembly. Here, we report the 3.2-Å resolution structure of the Chlamydomonas Orf2971-FtsHi complex. The 20-subunit complex spans the chloroplast inner envelope, with two bulky modules protruding into the intermembrane space and stromal matrix. Six subunits form a hetero-hexamer that potentially provides the pulling force through ATP hydrolysis. The remaining subunits, including potential enzymes/chaperones, likely facilitate the complex assembly and regulate its proper function. Taken together, our results provide the structural foundation for a mechanistic understanding of chloroplast protein translocation.
履歴
登録2023年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ctap1
B: Fhl2
C: 4Fe-4S ferredoxin-type domain-containing protein
D: AAA+ ATPase domain-containing protein
E: Uncharacterized 341.7 kDa protein in psbD-psbC intergenic region
F: AAA+ ATPase domain-containing protein
G: AAA+ ATPase domain-containing protein
H: Flagellar associated protein
I: Tic22
J: FaxL
K: Fatty acid desaturase domain-containing protein
L: Moc25
M: Moc29
N: Moc34
O: Moc45
P: PcyA1
Q: ADP-ribosylglycohydrolase
R: Acyl carrier protein
S: Moc13
T: Moc31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,509,08129
ポリマ－1,503,75320
非ポリマー5,3289
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 17種, 17分子 ABCEHIJKLMNOPQRST

#1: タンパク質 Ctap1


分子量: 107778.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#2: タンパク質 Fhl2


分子量: 109355.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#3: タンパク質 4Fe-4S ferredoxin-type domain-containing protein / Moc50


分子量: 50682.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DGW6
#5: タンパク質 Uncharacterized 341.7 kDa protein in psbD-psbC intergenic region / ORF2971 / ORFB


分子量: 342116.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q32065
#7: タンパク質 Flagellar associated protein / Ctap7


分子量: 71675.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DHV6
#8: タンパク質 Tic22


分子量: 36869.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CYB6
#9: タンパク質 FaxL


分子量: 39091.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DM81
#10: タンパク質 Fatty acid desaturase domain-containing protein / FAD6a


分子量: 70334.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DQ46
#11: タンパク質 Moc25


分子量: 29084.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CY83
#12: タンパク質 Moc29


分子量: 34185.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CZ99
#13: タンパク質 Moc34


分子量: 34163.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E633
#14: タンパク質 Moc45


分子量: 48618.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DVJ8
#15: タンパク質 PcyA1


分子量: 61329.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HUP3
#16: タンパク質 ADP-ribosylglycohydrolase / ArhL


分子量: 51410.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DLI2
#17: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP2


分子量: 12519.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6UKY5
#18: タンパク質 Moc13


分子量: 15265.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ISA4
#19: タンパク質 Moc31


分子量: 31085.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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AAA+ ATPase domain-containing ... , 2種, 3分子 DFG

#4: タンパク質 AAA+ ATPase domain-containing protein / Fhl1


分子量: 128535.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DZD9
#6: タンパク質 AAA+ ATPase domain-containing protein / Fhl3a


分子量: 114826.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DLF7

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糖 , 1種, 2分子

#22: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 5種, 7分子

#20: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#21: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#24: 化合物 ChemComp-ACD / ARACHIDONIC ACID


分子量: 304.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complex of Orf2971-FtsHi motor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127613 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0169087
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.03893764
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.1269567
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05210304
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00812118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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